Des Lepus spp. sympatriques dans les Alpes centrales italiennes hébergent des microbiotes intestinaux sensiblement différents

Lièvres sur une montagne qui se réchauffe

Les Alpes italiennes se réchauffent, et deux types de lièvres partagent désormais plus souvent les mêmes pentes qu’auparavant. Ce chevauchement soulève une question simple mais importante : à mesure que ces animaux se rencontrent et que leurs aires de répartition remontent en altitude, la communauté de micro-organismes vivant dans leurs intestins change-t-elle aussi, au point d’influer sur leur santé et leur survie ?

Deux voisins lièvres

L’étude se concentre sur le lièvre variable, qui préfère les zones alpines froides et élevées, et le lièvre brun d’Europe, qui vit habituellement plus bas dans des espaces ouverts. Avec la hausse des températures, les lièvres bruns remontent vers des terrains autrefois dominés par le lièvre variable. Les chercheurs s’inquiètent : ce chevauchement accru pourrait entraîner une compétition alimentaire, un brassage génétique par hybridation et de nouveaux défis sanitaires. Parce que les microbes intestinaux aident les animaux à digérer, à combattre les maladies et à faire face au stress, comprendre comment ces communautés diffèrent entre les deux espèces peut révéler la manière dont chacune pourrait affronter un environnement en mutation.

Collecter des indices dans les crottes

Pour explorer ce monde caché, les chercheurs ont collecté des crottes fraîches des deux espèces le long d’une pente montagneuse dans le nord de l’Italie, de 1 000 à 2 500 mètres d’altitude. Ils ont utilisé des tests génétiques pour confirmer l’espèce d’origine des pelotes, puis ont séquencé des fragments d’ADN ciblés des bactéries et des champignons présents dans les excréments. Cela leur a permis de dresser un tableau détaillé des groupes microbiens présents, du nombre d’espèces et de la similarité ou non des communautés entre les deux hôtes et selon l’altitude.

Des mondes microbiens distincts

Les deux lièvres hébergent des communautés de bactéries et de champignons clairement distinctes, même lorsqu’ils vivent côte à côte. Les lièvres bruns portaient des bactéries intestinales dominées par des groupes couramment trouvés chez de nombreux herbivores, tandis que les lièvres variables présentaient une communauté bactérienne dominée par un autre groupe pouvant comprendre des membres bénins mais aussi potentiellement problématiques. Les communautés fongiques différaient également : certains champignons souvent associés aux herbes et aux cultures étaient plus fréquents chez le lièvre brun, tandis que des champignons tolérants au froid et susceptibles d’aider à l’équilibre énergétique étaient plus répandus chez le lièvre variable. Malgré ces contrastes de composition, les deux espèces affichaient un niveau global de richesse et de diversité microbienne comparable.

L’altitude compte davantage pour les champignons

En examinant le gradient d’altitude, l’équipe a observé une différence marquée entre bactéries et champignons. Les communautés bactériennes des deux espèces restaient relativement stables avec l’altitude, suggérant un noyau résilient de bactéries intestinales. En revanche, les champignons intestinaux variaient sensiblement entre les altitudes pour les deux lièvres. Chez le lièvre brun, ces changements étaient liés à la température, aux précipitations et à la diversité végétale, laissant entendre que les champignons ingérés depuis le sol et les plantes reflètent les conditions changeantes au sol. Beaucoup de ces champignons sont probablement transitaires plutôt que résidents permanents de l’intestin, mais ils retracent néanmoins le régime alimentaire et l’habitat de chaque animal.

Ce que cela signifie pour les lièvres alpins

Globalement, ce travail montre que, pour l’instant, le partage d’espace n’a pas estompé les différences microbiennes entre les deux espèces de lièvres. Chacune conserve sa communauté intestinale caractéristique, façonnée par son écologie et probablement par son alimentation, tandis que les champignons réagissent plus fortement à l’altitude et au climat que les bactéries. Ces résultats constituent un point de départ précieux pour suivre comment la vie microbienne du lièvre variable pourrait évoluer à mesure que le réchauffement se poursuit, que les lièvres bruns montent en altitude et que des réintroductions pour la chasse ont lieu. En suivant ces communautés microbiennes cachées sur davantage de zones et en incluant des individus hybrides, les scientifiques espèrent mieux évaluer la santé et le potentiel d’adaptation du lièvre variable face aux transformations de son monde alpin.

Citation: Marinangeli, L., Crestanello, B., Praeg, N. et al. Sympatric Lepus spp. in the central Italian Alps host significantly different gut microbiotas. Sci Rep 16, 15866 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-44592-4

Mots-clés: microbiote intestinal, lièvre variable, lièvre brun d’Europe, réchauffement des Alpes, conservation de la faune