La azitromicina empírica altera el microbioma y el resistoma de las vías respiratorias superiores sin beneficio antiinflamatorio en COVID-19

Por qué importa esto para el uso cotidiano de antibióticos

Durante los primeros meses de la pandemia de COVID-19, muchas personas recibieron el antibiótico azitromicina con la esperanza de que pudiera atenuar la inflamación dañina o ayudar a combatir el virus. Este estudio plantea una pregunta aparentemente sencilla pero crucial: ¿qué hizo en realidad todo ese uso adicional de antibióticos dentro de las narices y gargantas de los pacientes, donde el virus se instala primero? Al seguir a más de mil adultos hospitalizados, los investigadores muestran que la azitromicina alteró de forma notable la comunidad microbiana de las vías respiratorias superiores y aumentó los genes de resistencia a los antibióticos, sin aportar el beneficio antiinflamatorio esperado.

Cómo se diseñó el estudio

Los científicos se basaron en un proyecto nacional de EE. UU. que siguió a 1.164 adultos hospitalizados con COVID-19 en 20 hospitales entre 2020 y 2021. Los pacientes quedaron, de forma natural, en tres grupos: los tratados empíricamente con azitromicina, los que recibieron otros antibióticos y los que no recibieron antibióticos. A partir de hisopos nasales recogidos repetidamente durante un mes, el equipo empleó una técnica llamada metatranscriptómica para leer qué microbios estaban activos y qué genes de resistencia se expresaban. También secuenciaron genes relacionados con la respuesta inmune en sangre y células nasales para ver si la azitromicina cambiaba las respuestas inflamatorias de los pacientes.

Qué pasó con los pequeños habitantes de las vías respiratorias

En apenas un día desde el inicio de la azitromicina, la cantidad total de bacterias en la nariz descendió, y esta reducción siguió siendo evidente tras unos cinco días de tratamiento. Pero la pérdida no fue uniforme. Microbios que normalmente viven de forma inofensiva en las vías respiratorias superiores, como Neisseria y Fusobacterium, tendieron a disminuir. Mientras tanto, especies que pueden causar enfermedad, incluidos ciertos Staphylococcus y Klebsiella, se volvieron más comunes. Los hongos también aumentaron en abundancia durante el mismo periodo, lo que sugiere que cuando los vecinos bacterianos son reducidos, otros organismos pueden ocupar el nicho vacante.

Cambios ocultos en los genes de resistencia

Más allá de contar qué microbios estaban presentes, los investigadores se centraron en el “resistoma”: el conjunto de genes que permiten a las bacterias resistir antibióticos. La azitromicina pertenece a una familia de fármacos llamados macrólidos, y el equipo halló que los genes que confieren resistencia a macrólidos y fármacos estrechamente relacionados se expandieron con rapidez. Tras solo unos días de tratamiento, el número de genes distintos de resistencia a macrólidos que se estaban expresando activamente fue aproximadamente un 50 a 70 por ciento mayor en los pacientes tratados con azitromicina que en aquellos que no recibieron antibióticos u otros fármacos. La proporción del resistoma total ocupada por estos genes de resistencia a macrólidos casi se duplicó y, de forma llamativa, estos cambios persistieron durante una semana o más después de interrumpir el antibiótico.

Qué microbios portan las nuevas defensas

Al correlacionar los genes de resistencia con las bacterias presentes, el estudio vinculó estas herramientas de defensa contra macrólidos tanto a conocidos patógenos como a compañeros normalmente inofensivos. Patógenos potenciales como Staphylococcus y Streptococcus se asociaron fuertemente con genes clave de resistencia como ermA y msrA, lo que implica que las bacterias comunes causantes de neumonía pueden volverse más difíciles de tratar tras la exposición a azitromicina. Al mismo tiempo, residentes cotidianos de la nariz, incluidos Corynebacterium y Dolosigranulum, también mostraron vínculos con genes de resistencia, lo que sugiere que las vías respiratorias superiores pueden servir como un reservorio silencioso donde la resistencia a antibióticos se acumula y potencialmente se propaga.

No hay indicios del efecto calmante esperado

La azitromicina tiene reputación de reducir la inflamación en enfermedades pulmonares crónicas, por lo que muchos clínicos esperaban que pudiera mitigar las respuestas inmunitarias descontroladas observadas en la COVID-19 grave. Sin embargo, cuando los investigadores compararon los patrones de actividad de genes inmunitarios en la sangre y las células nasales de pacientes que sí y que no recibieron azitromicina, no hallaron diferencias significativas. Los niveles virales de SARS-CoV-2 en la nariz también fueron similares entre los grupos. En otras palabras, si bien el fármaco remodeló claramente el microbioma y el resistoma, no pareció aliviar la inflamación dañina ni reducir la cantidad de virus en pacientes hospitalizados.

Qué significa esto para los pacientes y la salud pública

En conjunto, estos hallazgos dibujan un panorama de precaución. En esta amplia cohorte de personas hospitalizadas con una infección viral, el uso empírico de azitromicina no proporcionó beneficios antiinflamatorios o antivirales medibles, pero sí favoreció el crecimiento y la actividad de genes de resistencia en las vías respiratorias superiores y desplazó el equilibrio microbiano hacia especies potencialmente más dañinas. Para pacientes individuales, eso puede aumentar el riesgo de infecciones bacterianas posteriores que sean más difíciles de tratar. A nivel poblacional, este uso contribuye al problema más amplio de la resistencia a los antibióticos. El trabajo subraya un mensaje sencillo para clínicos y público: ante enfermedades virales como la COVID-19, usar antibióticos “por si acaso” puede tener efectos adversos duraderos, y una gestión cuidadosa es esencial para proteger la eficacia de estos fármacos cuando realmente se necesitan.

Cita: Glascock, A., Maguire, C., Phan, H.V. et al. Empiric azithromycin alters the upper respiratory microbiome and resistome without anti-inflammatory benefit in COVID-19. Nat Microbiol 11, 1100–1112 (2026). https://doi.org/10.1038/s41564-026-02285-8

Palabras clave: azitromicina, COVID-19, microbioma respiratorio, resistencia a los antibióticos, gestión de antibióticos