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circRNA配列とネットワーク情報を融合してcircRNAの細胞内局在を予測する
小さなRNAループとその“住所”が重要な理由
すべてのヒト細胞の内部では多数のRNA分子が活発に働き、どの遺伝子がオン・オフされるかを制御しています。その中に環状RNA(circRNA)と呼ばれる、驚くほど安定でがんを含む多くの疾患と強く関連する特殊なループ状のRNAがあります。これらの分子の機能を理解するには基本的な事実を知る必要があります:それらが細胞のどこに存在するかです。しかし、従来の実験でcircRNAの“住所”を調べるのは時間がかかり、費用も高く、網羅的ではありません。本研究は、配列情報とそれらが関わる複雑な生物学的ネットワークの情報を組み合わせることで、circRNAが細胞内のどこに存在するかを予測する新しい計算手法「CircLoc」を提案します。
キーワード: 環状RNA, 細胞内局在, 計算生物学, 機械学習, RNAネットワーク