KIMMDY: эмулятор биомолекулярных реакций

Наблюдая за тем, как молекулы образуют и разрывают связи

Жизнь зависит от бесчисленных крошечных химических реакций внутри наших клеток, но на практике подробно наблюдать ход этих реакций почти невозможно. Эксперименты дают только размытые усреднённые данные, а компьютерные модели испытывают трудности при одновременном отслеживании движения больших биомолекул и процессов образования и разрыва химических связей на длительных временных интервалах. В этой статье представлена KIMMDY — новая разновидность симулятора, которая не пытается отслеживать каждую квантовую деталь реакции, а эмулирует, как реакции разворачиваются в сложной биологической среде. Он открывает окно в то, как ткани стареют под нагрузкой, как ДНК повреждается светом и как конкурирующие реакционные пути формируют биологию.

Цитирование: Hartmann, E., Buhr, J., Riedmiller, K. et al. KIMMDY: a biomolecular reaction emulator. Nat Commun 17, 3500 (2026). https://doi.org/10.1038/s41467-026-71955-2

Ключевые слова: биомолекулярные симуляции, кинетика реакций, молекулярное моделирование, повреждение ДНК, механохимия