Étude prospective multicentrique de la transcriptomique des muqueuses des voies respiratoires supérieures révèle deux endotypes majeurs chez les patients COVID-19 en état critique

Pourquoi cela compte pour les patients et leurs familles

Même après des années d'expérience avec la COVID-19, les médecins peinent encore à expliquer pourquoi certaines personnes infectées par le variant Omicron deviennent gravement malades alors que d'autres non. Cette étude se concentre sur l'épithélium nasal et des voies aériennes supérieures chez des patients suffisamment malades pour nécessiter des soins intensifs, en posant une question simple mais importante : existe-t-il différents « types » de réactions immunitaires au niveau des voies aériennes, et ces schémas invisibles pourraient-ils un jour orienter des traitements plus personnalisés ?

Regarder à l'intérieur du nez, pas seulement dans le sang

La plupart des examens hospitaliers pour la COVID-19 sévère se basent sur des prises de sang, des examens d'imagerie et les niveaux d'oxygène. Pourtant, le virus s'installe et se multiplie d'abord dans le nez et la gorge, où le système immunitaire déclenche ses premières défenses. Dans cette étude multicentrique française, les chercheurs ont prélevé des écouvillons nasaux standard chez 94 adultes admis en réanimation pour une pneumonie liée à Omicron potentiellement mortelle entre le printemps 2022 et l'été 2023. À partir de ces prélèvements, ils ont extrait et séquencé les messages génétiques humains, appelés ARN, pour voir quels gènes liés à l'immunité étaient activés ou silencieux dans l'épithélium des voies aériennes. En utilisant une méthode mathématique de regroupement axée sur des molécules de signalisation cellulaires appelées cytokines, ils ont classé les patients uniquement sur la base de ces signatures immunitaires aériennes.

Deux « types » immunitaires cachés dans les voies aériennes

Parmi 56 patients dont les données étaient de haute qualité, l'analyse a révélé deux schémas immunitaires distincts dans les voies respiratoires supérieures, que l'équipe a nommés Profils Transcriptomiques Immunitaires Respiratoires de la COVID-19, ou CITRP-1 et CITRP-2. Les deux groupes étaient comparables en âge, comorbidités, statut vaccinal, charge virale et gravité clinique à l'arrivée en réanimation. Pourtant, leur activité immunitaire au niveau des voies aériennes était très différente. Les patients du groupe CITRP-2 présentaient une réponse inflammatoire beaucoup plus marquée, avec une activité plus élevée de gènes associés aux défenses précoces et rapides et à certains lymphocytes T auxiliaires qui favorisent des inflammations de type allergique ou asthmatique. En revanche, le groupe CITRP-1 montrait un profil aérien plus atténué et moins inflammatoire, malgré une sévérité clinique équivalente.

Quand les défenseurs deviennent nuisibles

Le schéma hyperactif du CITRP-2 était centré sur un type de globule blanc appelé neutrophile, qui se précipite sur les sites d'infection et libère des granules toxiques et des pièges en filet pour tuer les microbes. Des voies génétiques liées à la dégranulation des neutrophiles, à l'engloutissement des germes et à des détecteurs de constituants viraux étaient toutes plus actives dans ce groupe. L'activité associée aux réponses dites Th2, impliquant des molécules proches de celles observées dans les allergies et l'asthme, était également augmentée. Un signal notable, produit à des niveaux particulièrement élevés, était une chimiokine attractrice de neutrophiles. À l'aide d'outils computationnels, les auteurs ont estimé que les patients CITRP-2 avaient plus de neutrophiles et moins de lymphocytes T tueurs du virus dans leur tissu nasal que les patients CITRP-1, suggérant une bascule vers une première ligne de défense chaude et dominée par les neutrophiles, susceptible d'endommager les structures délicates des voies aériennes tout en tentant d'éliminer le virus.

Même tableau au chevet, biologie différente

De manière surprenante, ces différences immunitaires marquées ne se traduisaient pas par des différences évidentes au chevet. Les taux de ventilation mécanique, de soutien des organes, de complications comme la pneumonie associée au ventilateur, la durée de séjour en soins intensifs et la mortalité à 28 jours étaient similaires entre les deux endotypes. La seule valeur de laboratoire routinière qui différait clairement était un nombre de lymphocytes sanguins plus bas dans le groupe CITRP-2 plus inflammatoire. Les auteurs notent que, puisque tous les patients de cette étude étaient déjà en état critique, il peut être plus difficile de lier les profils immunitaires aux issues que si des patients moins gravement atteints avaient été inclus. Néanmoins, le fait que deux groupes biologiquement distincts apparaissent presque identiques avec les outils cliniques standard souligne l'ampleur des informations importantes encore invisibles en pratique courante.

Vers des traitements plus adaptés pour la COVID-19 sévère

Le message central de l'étude est que la COVID-19 sévère due à Omicron en réanimation n'est pas une maladie unique, même lorsque les patients paraissent très semblables. On observe au moins deux profils immunitaires distincts au niveau des voies aériennes : l'un relativement contenu, et l'autre dominé par une inflammation intense à médiation neutrophile et Th2 qui peut contribuer elle-même aux lésions pulmonaires. Aujourd'hui, la plupart des patients en état critique reçoivent le même ensemble d'anti-inflammatoires. Les auteurs soutiennent que les soins futurs devraient tendre vers l'adaptation des thérapies à ces endotypes immunitaires cachés — par exemple en modulant sélectivement l'activité des neutrophiles ou des cytokines spécifiques dans le sous-groupe le plus inflammatoire. Bien que des études plus larges et supplémentaires soient nécessaires, notamment en incluant des personnes moins sévèrement atteintes, ce travail montre qu'un simple prélèvement nasal pourrait un jour aider les cliniciens à choisir le bon traitement ciblant l'immunité pour le bon patient au bon moment.

Citation: Bay, P., Boizeau, L., Préau, S. et al. Prospective multicentre study of upper respiratory mucosal transcriptomics reveals two major endotypes of critically ill COVID-19 patients. Commun Med 6, 238 (2026). https://doi.org/10.1038/s43856-026-01474-0

Mots-clés: COVID-19, variant Omicron, réponse immunitaire, neutrophiles, médecine personnalisée