Sérogroupes, profils de résistance aux antibiotiques et facteurs de virulence des Escherichia coli producteurs de toxine Shiga non O157 provenant d’ovins et de caprins

Pourquoi les animaux d’élevage comptent pour votre assiette

Beaucoup de personnes consomment la viande et le lait de moutons et de chèvres sans réaliser que ces animaux peuvent héberger discrètement des bactéries intestinales nocives. Cette étude examine un type dangereux d’Escherichia coli, un germe lié aux intoxications alimentaires, chez les moutons et les chèvres en Afrique du Sud. En déterminant où ces bactéries se trouvent, quel est leur niveau de risque et si les antibiotiques restent efficaces, la recherche fournit des indications pertinentes pour les agriculteurs, les consommateurs et les responsables de la santé publique.

Germes qui passent des animaux aux humains

Escherichia coli, ou E. coli, vit normalement sans danger dans les intestins des humains et des animaux, mais certaines souches produisent des toxines Shiga qui peuvent provoquer de violentes crampes d’estomac, des diarrhées sanglantes et, dans de rares cas, une insuffisance rénale. Ces E. coli producteurs de toxine Shiga, appelés STEC, se transmettent souvent des animaux aux humains via la viande, le lait ou l’eau contaminés. Si les bovins sont bien connus comme réservoirs, on sait beaucoup moins de choses sur les moutons et les chèvres, en particulier dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. Cette étude s’est concentrée sur ces petits animaux d’élevage et leur environnement afin de comprendre la fréquence d’occurrence des STEC et le degré de dangerosité de ces souches.

Ce que les scientifiques ont collecté et testé

Les chercheurs se sont rendus dans deux types d’exploitations de la province du North West en Afrique du Sud : une ferme communautaire de village et une ferme commerciale. Ils ont collecté 207 échantillons, comprenant des crottes fraîches provenant de 114 moutons et 58 chèvres, du fumier des enclos et de l’eau des abreuvoirs et des puits voisins. En laboratoire, ils ont enrichi les échantillons en bouillon, cultivé les bactéries sur des milieux sélectifs et utilisé des tests basés sur l’ADN pour confirmer quelles colonies étaient des E. coli et lesquelles portaient les gènes de la toxine Shiga. Ils ont aussi recherché d’autres caractéristiques favorisant l’adhérence au tube digestif et la pathogénicité, et classé les souches selon des structures de surface appelées sérogroupes O associées aux maladies humaines.

Motifs cachés de risque chez les moutons et les chèvres

Sur l’ensemble des échantillons, 112 ont été confirmés comme E. coli et 26 d’entre eux portaient des gènes de toxine Shiga, les qualifiant de STEC. Toutes les souches STEC de cette étude portaient le gène de toxine stx1 et une part plus réduite avait aussi stx2 ou un gène d’attachement appelé eae, des combinaisons susceptibles d’accroître la gravité de la maladie. Le sérogroupe le plus fréquent était O128, suivi de O26, O121 et O103, tous des types non O157 néanmoins importants en pathologie humaine. Le groupe bien connu O157 n’a pas été détecté. Les STEC ont été plus souvent identifiés chez les moutons que chez les chèvres et plus fréquemment chez les animaux plus âgés et les femelles, ce qui reflète probablement la durée de leur présence dans le troupeau et leurs pratiques d’élevage. Ces tendances suggèrent que des petits ruminants apparemment sains peuvent servir de réservoirs silencieux pour des souches susceptibles d’atteindre la chaîne alimentaire.

Les antibiotiques perdent de leur efficacité

L’équipe a ensuite évalué si les antibiotiques courants restent efficaces contre ces souches. À l’aide de tests standard par diffusion, ils ont constaté des niveaux élevés de résistance à l’ampicilline et une résistance notable à l’érythromycine et à la streptomycine, ainsi qu’une résistance partielle à la ceftriaxone, au méropénem et à la gentamicine. Presque toutes les isolats STEC résistaient à au moins un médicament, et environ un sur dix était résistant à trois classes d’antibiotiques ou plus, ce qui les qualifie de multirésistants. Lorsqu’ils ont recherché des gènes de résistance dans l’ADN bactérien, ils ont trouvé qu’un gène appelé blaSHV, capable d’inactiver certains antibiotiques bêta‑lactamines, était très fréquent. D’autres gènes de résistance apparaissaient moins souvent, mais leur présence montre que ces germes possèdent des outils génétiques pouvant réduire l’efficacité de médicaments importants.

Ce que cela signifie pour la sécurité alimentaire et la santé

En termes clairs, cette étude montre que certains moutons et certaines chèvres en Afrique du Sud portent des souches d’E. coli susceptibles de rendre les personnes gravement malades et de devenir de plus en plus difficiles à traiter avec les antibiotiques de routine. Bien qu’une fraction seulement des échantillons contienne ces bactéries à haut risque, leur combinaison de gènes de toxine, de sérogroupes associés à la maladie et de gènes de résistance suscite des inquiétudes. Étant donné l’interconnexion étroite entre les humains, les animaux et l’environnement, les auteurs préconisent une approche One Health qui surveille ces germes chez le bétail, améliore l’hygiène à la ferme et à l’abattage, et oriente un usage plus judicieux des antibiotiques. Cela peut aider à rendre la viande et le lait plus sûrs et à préserver l’efficacité des antibiotiques lorsque leur recours est réellement nécessaire.

Citation: Howard, J., Thekisoe, O., Ramatla, T. et al. Serogroups, antibiotic resistance profiles and virulence factors of non-O157 Shiga-toxin producing Escherichia coli from ovine and caprine. Sci Rep 16, 14798 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-44661-8

Mots-clés: Escherichia coli producteur de toxine Shiga, moutons et chèvres, résistance aux antibiotiques, agents pathogènes d’origine alimentaire, One Health