Première détection d’un sous‑type H5N2 du virus Influenza A chez Charadrius collaris dans le Pantanal brésilien

Pourquoi cette histoire de virus aviaire compte

Dans les vastes zones humides du Pantanal brésilien, des scientifiques ont découvert une nouvelle pièce du puzzle mondial de la grippe aviaire. Ils ont identifié, pour la première fois, un type précis de virus de la grippe aviaire nommé H5N2 chez un petit limicole connu sous le nom de grand gravelot à collier. Cette découverte est importante non pas parce qu’elle indique une crise immédiate, mais parce qu’elle montre comment les virus voyagent discrètement avec les oiseaux migrateurs, se recombinent et évoluent, et parfois s’approchent des élevages et des humains.

Un gigantesque carrefour humide pour les oiseaux

Le Pantanal est la plus grande zone humide tropicale du monde, une vaste plaine inondable au cœur de l’Amérique du Sud. Il se situe sous deux grandes voies migratoires empruntées par des oiseaux qui parcourent des milliers de kilomètres entre l’Amérique du Nord, l’Amérique centrale et l’Amérique du Sud. Ces oiseaux s’arrêtent pour se reposer et se nourrir sur des bancs de sable exposés, des lagunes peu profondes et des champs inondés, souvent à proximité d’oiseaux résidents qui vivent dans la région toute l’année. Parce que tant d’espèces de provenances diverses s’y côtoient, le Pantanal devient un carrefour naturel non seulement pour les oiseaux, mais aussi pour les virus qu’ils transportent.

Comment l’équipe a cherché des infections cachées

Entre 2021 et 2023, les chercheurs ont mené 17 campagnes de terrain dans huit zones du Pantanal nord. À l’aide de filets et de captures actives, ils ont prélevé des échantillons sur 1 108 oiseaux individuels représentant 157 espèces, et ont également collecté 94 fientes fraîches au sol provenant de troupeaux. Sur chaque oiseau capturé, ils ont réalisé des écouvillonnages de la gorge et de la cloaque (l’orifice commun des voies digestives et respiratoires) et les ont conservés dans des tubes spéciaux pour préserver d’éventuels virus. Au laboratoire, ils ont utilisé un test moléculaire sensible appelé RT‑qPCR pour rechercher du matériel génétique des virus influenza A, puis ont approfondi les résultats positifs par séquençage détaillé.

Le premier cas H5N2 chez un oiseau du Pantanal

Parmi tous ces prélèvements, l’équipe n’a détecté le virus influenza A que chez un seul oiseau : un grand gravelot à collier capturé en août 2023 sur une plage de la baie de Chacororé. Le virus s’est avéré être du sous‑type H5N2, combinaison d’un type de protéine de surface (H5) et d’un autre (N2). Le séquençage a montré que ses gènes clés étaient étroitement liés à des virus H5N2 détectés il y a plus d’une décennie chez des canards sauvages en Colombie, ainsi qu’à d’autres souches d’Amérique du Nord et d’Asie. Il est important de noter que la composition en acides aminés à un « site de clivage » critique de l’enveloppe virale indiquait que cette souche est faiblement pathogène pour les oiseaux, ce qui concorde avec l’absence de mortalités massives ou de signes évidents de maladie dans le Pantanal.

Un virus voyageur et changeant de forme

En comparant chacun des huit segments génétiques du virus aux bases de données de séquences d’influenza, les chercheurs ont observé des signes de brassage génétique issu d’événements de recombinaison passés. Certains segments étaient les plus proches de virus de canards nord‑américains, d’autres de souches trouvées en Asie ou au Mexique. Ce motif en patchwork correspond à ce que les scientifiques savent de la grippe aviaire : lorsque différents virus infectent un même oiseau, ils peuvent échanger des segments, créant de nouvelles combinaisons. L’équipe a également recherché des mutations connues pour favoriser l’adaptation aux mammifères, notamment dans deux gènes clés, et n’en a pas trouvé. Cela renforce l’idée que cette souche H5N2 reste essentiellement virale pour les oiseaux, sans signe clair d’un risque accru pour l’homme ou d’autres mammifères.

Ce que cela signifie pour les élevages et les personnes

Le grand gravelot à collier est surtout un oiseau local, se déplaçant sur de plus courtes distances au sein du Pantanal et alentour selon les variations du niveau d’eau. Son infection suggère que les espèces résidentes peuvent servir de réservoirs locaux pour des virus introduits par des migrateurs de longue distance. Même si cette souche H5N2 particulière est faiblement pathogène et ne présente pas de marqueurs d’adaptation aux mammifères, sa présence révèle une circulation active de la grippe aviaire dans une région intérieure qui n’avait pas antérieurement signalé d’oiseaux sauvages infectés. L’étude souligne que la surveillance ne peut se concentrer uniquement sur les côtes et les élevages de volailles : les zones humides intérieures comme le Pantanal, où les oiseaux sauvages se rassemblent en grand nombre à proximité de communautés rurales et d’animaux domestiques, sont aussi des sites d’alerte précoce cruciaux dans l’effort mondial pour suivre et contenir la grippe aviaire.

Citation: Magalhães, T.B.S., da Rosa Bueno, E., de Assis Pereira, N. et al. First detection of an H5N2 subtype of Influenza A virus detected in Charadrius collaris from the Brazilian Pantanal. Sci Rep 16, 14496 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-42819-y

Mots-clés: grippe aviaire, oiseaux migrateurs, zones humides du Pantanal, virus H5N2, surveillance des maladies sauvages