Épidémiologie et évolution génétique des espèces d’Anaplasma chez les rongeurs du sud‑est de la Chine

Germes cachés chez les souris et rats communs

La plupart d’entre nous associent les maladies transmises par les tiques et les rongeurs aux forêts et aux zones rurales, loin de la vie citadine. Cette étude montre qu’un germe peu connu transmis par les tiques, Anaplasma phagocytophilum, circule discrètement chez des rongeurs sauvages et commensaux dans la province du Fujian, au sud‑est de la Chine. Comme ce microbe peut infecter les humains et les animaux domestiques, comprendre où il se cache et comment il se propage chez les rongeurs fournit un système d’alerte précoce pour les futures maladies humaines et animales d’élevage.

Où l’étude a eu lieu et ce qui a été collecté

Les chercheurs se sont appuyés sur une décennie de surveillance des rongeurs, de 2015 à 2024, couvrant 22 comtés et districts du Fujian, une province côtière humide, riche en forêts et propice aux tiques. Ils ont examiné 966 animaux appartenant à 17 espèces de rongeurs, y compris des rats domestiques connus ainsi que des espèces de campagne vivant dans les collines, les zones agricoles et les montagnes. Des échantillons de foie, de poumon et de rein ont été soigneusement prélevés, congelés, puis testés ultérieurement pour la présence d’ADN d’Anaplasma à l’aide de méthodes génétiques sensibles. En parallèle des analyses en laboratoire, l’équipe a enregistré le lieu de capture de chaque animal, son espèce, son sexe, son âge approximatif et s’il provenait d’un domicile, d’un champ, d’une colline ou d’une zone montagneuse.

Comment le germe a été détecté et retracé

Pour détecter la bactérie, l’équipe a d’abord utilisé un test de dépistage ciblant un gène de la protéine de choc thermique (groEL) commun aux espèces d’Anaplasma. Tout échantillon positif a été soumis à un second test plus détaillé ciblant une portion du gène 16S rRNA, une « étiquette » génétique standard pour les bactéries. Les fragments d’ADN obtenus ont été séquencés puis comparés aux séquences connues dans les bases de données mondiales. À l’aide d’outils informatiques, les scientifiques ont construit des arbres généalogiques et des « cartographies » génétiques (réseaux d’haplotypes) pour voir comment les souches du Fujian se rattachent à celles trouvées chez d’autres animaux, tiques et régions dans le monde.

Qui était infecté, où et quand

Globalement, 4,35 % des rongeurs hébergeaient Anaplasma, et tous les animaux positifs étaient infectés par la même espèce, A. phagocytophilum. Les infections étaient plus fréquentes chez les rongeurs sauvages (environ 6 %) que chez ceux vivant autour des humains et dépendant de la nourriture humaine (environ 2 %). Certaines espèces fréquentant les champs et les collines, comme Rattus losea et Niviventer confucianus, présentaient des taux d’infection particulièrement élevés, tandis que d’autres espèces étaient rarement infectées. Le germe a été détecté dans presque toutes les villes étudiées, avec des taux particulièrement élevés à Fuzhou, Xiamen et Nanping, mais aucun des animaux testés provenant de Ningde n’était positif. Les rongeurs capturés dans les collines et les zones agricoles avaient beaucoup plus de risques d’être infectés que ceux piégés en milieu résidentiel, ce qui suggère que les environnements extérieurs favorables aux tiques sont essentiels au maintien de la bactérie.

Schémas de risque liés à l’âge, à la saison et à l’habitat

En combinant toutes les informations dans un modèle statistique, les chercheurs ont constaté que le paysage et la période de l’année avaient plus d’importance que le sexe ou le regroupement régional large. Les animaux prélevés dans les collines présentaient un risque d’infection supérieur de plus de dix fois à celui des animaux provenant des zones résidentielles, et les rongeurs des terres agricoles étaient également clairement plus à risque. Les jeunes individus (juvéniles) étaient significativement moins susceptibles d’être infectés que les plus âgés, ce qui correspond à l’idée que le risque s’accumule avec le temps à mesure que les rongeurs rencontrent davantage de tiques infectées. Fait intéressant, les rongeurs capturés présentaient une probabilité d’infection plus élevée en hiver qu’au printemps, un schéma qui contraste avec de nombreuses études sur les tiques mais qui pourrait refléter le moment et les lieux de prélèvement plutôt qu’une baisse réelle de la transmission en été.

Comment les souches du Fujian s’insèrent dans le contexte mondial

L’analyse génétique a dessiné le portrait d’un germe largement partagé et modérément diversifié. Toutes les souches identifiées se regroupaient au sein du clade connu d’A. phagocytophilum et étaient étroitement liées à des souches précédemment détectées chez des bovins et ovins en Iran, chez des tiques et des chiens au Japon, et chez des rongeurs à Taïwan et dans une autre province chinoise, le Henan. Lorsque les chercheurs ont condensé les séquences en types génétiques, ou haplotypes, ils ont trouvé sept variantes. L’une d’elles, nommée H1, dominait et était partagée entre le Fujian et plusieurs autres régions. Ce schéma suggère que des souches similaires associées aux rongeurs et aux tiques circulent sur de larges zones, possiblement facilitées par les déplacements d’animaux sauvages ou d’élevage et par l’expansion des espèces de tiques.

Ce que cela signifie pour les humains et les animaux

Pour un non‑spécialiste, le message principal est qu’une bactérie transmise par les tiques et capable d’infecter l’homme est bien établie dans les populations de rongeurs du sud‑est de la Chine, notamment dans les paysages extérieurs et vallonnés, et qu’elle est génétiquement liée à des souches trouvées ailleurs en Asie et au‑delà. Bien que l’étude n’ait pas suivi de patients humains, la présence d’A. phagocytophilum chez les rongeurs locaux, combinée au climat favorable aux tiques et aux forêts denses du Fujian, indique un potentiel réel de passage à l’homme et au bétail. Les auteurs soutiennent que la surveillance de routine et à long terme des rongeurs, des tiques et de l’environnement sera cruciale pour repérer les évolutions de la propagation de ce pathogène caché et pour orienter les mesures visant à réduire le risque de futures épidémies d’anaplasmose.

Citation: Zeng, Z., Hu, S., Wang, J. et al. Epidemiology and genetic evolution of Anaplasma species in rodents from southeastern China. Sci Rep 16, 11754 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-40394-w

Mots-clés: maladie transmise par les tiques, réservoirs chez les rongeurs, Anaplasma phagocytophilum, Fujian Chine, infection zoonotique