Une phylogénie datée et complète des plantes vasculaires de Chine révèle un hotspot mondial de biodiversité caché

Pourquoi ce jardin caché compte

La Chine abrite une étonnante diversité de plantes, depuis des « fossiles vivants » anciens jusqu’à des espèces apparues très récemment. Pourtant, jusqu’à présent, les scientifiques ne disposaient pas d’un tableau complet de la manière dont cette richesse botanique est répartie à travers le pays ni de son origine. Cette étude assemble des données génétiques, des calibrages fossiles et des cartes massives de répartition pour révéler non seulement quand les plantes de Chine ont évolué, mais aussi où vivent aujourd’hui les espèces les plus irremplaçables. Le travail met au jour un résultat surprenant : la Chine centrale, une région plus connue pour ses villes denses et ses terres agricoles que pour la nature sauvage, s’avère être un trésor mondial d’espèces végétales uniques qui disparaît rapidement.

Retracer les arbres familiaux à travers les temps profonds

Les chercheurs ont constitué l’arbre évolutif le plus complet à ce jour pour les plantes vasculaires de Chine — plantes dotées de tissus spécialisés pour transporter l’eau, comme les arbres, arbustes et fougères. À partir de l’ADN de près de 18 000 espèces et de cinq gènes, ils ont construit un arbre daté qui indique quand chaque lignée s’est séparée de ses parentes. Ils ont ensuite croisé cet arbre avec plus de 1,4 million de relevés de répartition des plantes à travers la Chine. Cela leur a permis d’identifier les espèces présentes uniquement en Chine (endémiques), l’ancienneté de ces lignées et les zones où se concentrent à la fois les reliques anciennes et les espèces récemment apparues.

Comment les glaciations et les montagnes ont façonné la flore actuelle

Les chronologies évolutives montrent que de nombreux genres végétaux chinois sont apparus pendant l’Oligocène et le Miocène, il y a des dizaines de millions d’années, lorsque le soulèvement tectonique et les variations du régime de mousson ont remodelé le climat asiatique. Une phase particulièrement importante de diversification a eu lieu il y a environ 19 millions d’années, surtout dans les montagnes surélevées du Hengduan, dans le sud-ouest de la Chine. Plus récemment, durant les glaciations du Pléistocène au cours des derniers millions d’années, des cycles répétés de refroidissement et de réchauffement ont poussé les populations de plantes à monter et descendre les versants et à se déplacer vers le nord et le sud. Ces oscillations climatiques ont favorisé une vague de nouvelles espèces, particulièrement dans le sud de la Chine, lorsque des populations isolées ont divergé et parfois s’hybrident de nouveau lors des changements de conditions.

Où vivent aujourd’hui reliques anciennes et nouveaux arrivants

En superposant les âges évolutifs sur la géographie, l’équipe a identifié trois centres majeurs où les plantes endémiques de Chine sont particulièrement concentrées : les montagnes Hengduan, la Chine centrale et la région frontière du Yunnan, Guizhou et Guangxi. Les montagnes Hengduan se distinguent par leurs nombreuses lignées jeunes et récemment diversifiées, en faisant un berceau d’espèces nouvelles. En revanche, la Chine centrale et la région Yunnan–Guizhou–Guangxi hébergent des lignées plus anciennes et de longue durée, y compris des arbres reliques emblématiques tels que le ginkgo et le métaséquoia. En utilisant une méthode qui pondère à la fois la rareté d’une lignée et la quantité d’histoire évolutive qu’elle représente, les auteurs ont également cartographié « l’endémisme phylogénétique » et montré que les centres définis par le simple nombre d’espèces et ceux définis par l’unicité évolutive ne se recouvrent que partiellement, soulignant des valeurs de conservation différentes.

Un hotspot caché au cœur d’une région dominée par l’homme

Lorsque les chercheurs ont comparé ces centres aux aires protégées existantes et aux hotspots mondiaux reconnus jusqu’alors, un écart frappant est apparu. Les hotspots montagneux de l’ouest de la Chine correspondent bien aux grandes réserves naturelles et aux priorités globales, mais la Chine centrale non. Cette région, qui s’étend sur environ 1,54 million de kilomètres carrés à travers des provinces telles que le Hubei, le Hunan et le Jiangxi, contient plus de 14 000 espèces de plantes vasculaires, dont au moins 2 024 n’existent nulle part ailleurs. Pourtant, plus de 93 % de sa forêt subtropicale sempervirente d’origine a été perdue au profit des villes, de l’agriculture et des infrastructures, et seulement environ 7 % de la région est formellement protégée. Malgré la présence de reliques anciennes et d’espèces plus récentes — et le soutien d’une faune riche comme des amphibiens et des mammifères emblématiques — la Chine centrale est restée largement invisible dans la planification de la conservation à l’échelle mondiale.

Des mesures pour sauver un musée vivant

Selon des critères internationaux stricts, une région qualifie de hotspot de biodiversité si elle combine un nombre exceptionnel d’espèces végétales uniques avec une perte importante d’habitat naturel. La Chine centrale répond clairement à ces critères, et pourtant elle n’est pas actuellement reconnue au même titre que des hotspots mieux connus comme l’Himalaya ou l’Indo–Birmanie. Les auteurs soutiennent que la désignation officielle de la Chine centrale comme hotspot mondial de biodiversité élèverait son profil et attirerait des efforts indispensables pour protéger les poches forestières restantes, étendre et connecter les parcs nationaux et encourager une conservation menée localement dans les paysages de production. Leur travail montre que, pour protéger la vie sur Terre, la conservation doit considérer non seulement le nombre d’espèces présentes dans un lieu, mais aussi la quantité d’histoire évolutive que ces espèces incarnent — et que certains des patrimoines biologiques les plus précieux du monde peuvent se cacher au vu de tous dans des régions fortement peuplées.

Citation: Feng, YL., Hu, HH., Liu, B. et al. A comprehensive dated phylogeny of China’s vascular plants reveals a hidden global biodiversity hotspot. Nat Ecol Evol 10, 794–806 (2026). https://doi.org/10.1038/s41559-026-03025-1

Mots-clés: hotspots de biodiversité, flore chinoise, endémisme, évolution des plantes, planification de la conservation