Diversité génétique et phylogéographie de Chimaera monstrosa (Linnaeus, 1758) en mer Méditerranée : éclairages issus de l’analyse de l’ADN mitochondrial COI

Poisson des grands fonds ancien avec une histoire contemporaine de conservation

Cachée à des centaines de mètres sous la surface, une espèce peu connue appelée poisson‑lapin ou chimère glisse le long du fond marin en Méditerranée et dans l’Atlantique. Bien qu’elle évoque un mélange entre un requin et une créature mythique, cet animal est bien réel et figure sur les listes d’espèces menacées. L’étude a exploré les relations entre ses populations dans des parties éloignées de la mer, en utilisant de petites différences dans leur ADN pour comprendre où vivent des groupes séparés et comment ils pourraient nécessiter une protection.

Une habitante discrète des profondeurs

Chimaera monstrosa, l’espèce au cœur de ce travail, appartient à l’une des plus anciennes lignées de vertébrés à mâchoires. Ces poissons des grands fonds ont un squelette cartilagineux souple et des caractéristiques inhabituelles, comme un organe préhensile sur la tête du mâle et de longues poches ovipares coriaces. Ils vivent entre environ 200 et plus de 1 600 mètres de profondeur et se rencontrent dans tout le Nord‑Est de l’Atlantique et la mer Méditerranée. Parce qu’ils vivent loin de la surface et n’apparaissent que rarement dans les filets de pêche, les scientifiques savent étonnamment peu de choses sur la connectivité entre les populations ou sur l’impact des activités humaines.

Combler une lacune sur la carte sous‑marine

Des études génétiques antérieures avaient suggéré que les chimères de l’Atlantique et de la Méditerranée formaient des groupes distincts, mais des échantillons de la Méditerranée orientale, y compris des côtes de Türkiye, faisaient défaut. Dans cette étude, les chercheuses et chercheurs ont profité de captures accidentelles rares dans les chalutages de fond au large de la baie d’İskenderun, dans la partie orientale du bassin. Ils ont prélevé de petits échantillons musculaires sur cinq poissons‑lapins qui n’ont malheureusement pas survécu à la remontée rapide depuis les grandes profondeurs, puis ont extrait leur ADN au laboratoire. L’équipe s’est concentrée sur un marqueur génétique couramment utilisé dans les centrales énergétiques cellulaires, une région qui joue le rôle de code barre pour comparer des individus issus de différents lieux.

Lire l’histoire des déplacements génétiques

Les nouvelles séquences d’ADN provenant des eaux turques ont été analysées avec 60 séquences correspondantes d’études antérieures couvrant la Méditerranée et l’Atlantique. À l’aide de méthodes d’arbre phylogénétique et d’un diagramme montrant comment les variantes génétiques se ramifient et se répartissent, les chercheuses et chercheurs ont évalué la place des chimères turques. Les cinq individus se situaient nettement au sein du groupe méditerranéen existant et partageaient même des types génétiques identiques avec des poissons d’Italie, d’Israël et d’autres parties du bassin. En revanche, aucun des poissons méditerranéens ne partageait ces types avec des individus atlantiques. Des tests statistiques ont montré que la majorité des différences génétiques se répartissent entre les deux bassins plutôt qu’à l’intérieur d’eux, même si les différences globales à cette région d’ADN restent relativement faibles.

Ce que ces schémas disent sur la mer

Le réseau génétique a révélé environ 30 variantes distinctes parmi toutes les chimères échantillonnées, indiquant une diversité riche mais des différences modestes entre variantes. Ce schéma, ainsi que la façon dont les variantes sont regroupées, suggère une histoire où les populations de différentes régions ont été partiellement séparées pendant de longues périodes tout en conservant de nombreuses lignées génétiques étroitement apparentées. La frontière entre l’Atlantique et la Méditerranée, en particulier autour du détroit de Gibraltar, semble agir comme une porte partielle limitant les échanges. Au fil des cycles glaciaires et des changements des conditions marines, cette porte, conjointement avec des différences de température et de profondeur, a probablement contribué à façonner les lignées atlantiques et méditerranéennes actuelles. Les auteurs soulignent toutefois que leurs tests statistiques doivent être vus comme des résumés descriptifs plutôt que comme une preuve d’un scénario simple de boom ou d’effondrement des populations passées.

Pourquoi ces résultats importent pour la protection

Même si seuls cinq nouveaux individus ont été ajoutés, ils proviennent d’un tronçon de côte jusque‑là non échantillonné et comblent un angle mort important dans la carte génétique de l’espèce. Les résultats montrent que les chimères de la Méditerranée turque appartiennent à la lignée méditerranéenne plus large et ne forment pas une branche locale unique. Plus important pour la conservation, toutes les lignes de preuve indiquent une séparation claire entre chimères méditerranéennes et atlantiques. Cela signifie que chaque bassin représente probablement une unité biologique distincte qui pourrait réagir différemment à la pression de la pêche, à la dégradation de l’habitat et au changement climatique. Les auteurs préconisent que ces unités soient considérées séparément dans les futures évaluations de risque et que des échantillonnages plus larges, notamment avec des outils génétiques plus détaillés, soient nécessaires pour affiner cette image et guider la protection efficace de ces anciens habitants des grands fonds.

Citation: Başusta, N., Saglam, N. Genetic diversity and phylogeography of Chimaera monstrosa (Linnaeus, 1758) in the Mediterranean Sea: insights from COI mitochondrial DNA analysis. Sci Rep 16, 15797 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-45984-2

Mots-clés: chimère, poisson des grands fonds, mer Méditerranée, génétique des populations, conservation marine