Révéler le chevauchement saisonnier des niches alimentaires entre grands carnivores sympatriques grâce au métabarcoding d’ADN

Pourquoi cette histoire de lions et d’hyènes compte

Quand nous imaginons les savanes africaines, nous pensons souvent aux lions rugissants, aux hyènes rieuses et aux vastes troupeaux d’ongulés. Mais à mesure que les activités humaines, le bétail et les pressions climatiques transforment ces paysages, la façon dont ces grands carnivores partagent leur nourriture peut déterminer l’avenir de la faune et des moyens de subsistance locaux. Cette étude explore une source d’information inhabituelle — les excréments de carnivores — pour révéler ce que mangent réellement lions et hyènes tachetées pendant les saisons humides et sèches en Namibie, et ce que cela implique pour leur coexistence entre eux et avec les humains.

Suivre les empreintes dans un parc aride

Les chercheurs ont travaillé dans le Grand paysage d’Etosha, au centre-nord de la Namibie, une région semi-aride qui comprend un grand parc national, une réserve privée de gibier et des terres communales voisines où les habitants élèvent bétail, chèvres et moutons. Dans ce mosaïque, des herbivores sauvages comme le zèbre, le springbok, le gnou et le gemsbok vivent aux côtés du bétail et des grands prédateurs. Parce que ces carnivores sont de plus en plus confinés aux zones protégées, comprendre comment ils exploitent les proies dans ce paysage partagé est essentiel pour gérer les conflits et conserver à la fois les prédateurs et leur base de nourriture.

Lire les régimes alimentaires à partir de l’ADN dans le scat

Plutôt que de trier os et poils à l’œil, l’équipe a eu recours au métabarcoding d’ADN, une technique qui lit de petits fragments génétiques laissés dans les fèces. Ils ont collecté 164 crottes de lions et d’hyènes entre 2021 et 2024 ; 98 contenaient suffisamment d’ADN de proie pour être analysées. À l’aide d’un court marqueur génétique utilisable chez les vertébrés, ils ont apparié les séquences aux bases de référence pour identifier les animaux consommés. Cette approche offre une résolution plus fine que les méthodes traditionnelles et peut détecter des proies qui laissent peu de restes durs, tout en confirmant si un échantillon provenait d’un lion ou d’une hyène.

Qui mange qui selon les saisons

Les analyses génétiques ont révélé 19 espèces de proies vertébrées au total, principalement de grands ongulés. Les lions consommaient le plus souvent le gemsbok, l’éland, le zèbre des plaines et le gnou bleu, avec des schémas similaires en saisons humide et sèche. Les hyènes tachetées se concentraient elles aussi sur de grands ongulés, notamment le zèbre des plaines, le gemsbok et le springbok, incluant même le rhinocéros noir en voie critique d’extinction dans leur régime. Des hyènes ont été trouvées ayant consommé des bovins et des chèvres près de la bordure nord-est du parc, soulignant des points de collision entre prédateurs sauvages et moyens de subsistance humains. Malgré de petites différences dans les espèces les plus consommées, les tests statistiques n’ont révélé aucun changement saisonnier marqué dans le régime alimentaire pour l’un ou l’autre prédateur.

Partager le buffet plutôt que le diviser

Pour évaluer la spécialisation ou l’amplitude des régimes, les chercheurs ont calculé la « largeur » alimentaire et le degré de chevauchement des menus. Lions et hyènes se sont révélés des mangeurs flexibles utilisant une gamme de proies, les lions montrant globalement des régimes légèrement plus larges, en particulier en saison sèche dans certaines zones. Pour les deux espèces, les régimes étaient plus larges en saison humide, quand les herbivores nouveau-nés sont abondants et que les animaux se dispersent à partir des points d’eau permanents, obligeant probablement les prédateurs à être moins sélectifs. Les mesures de chevauchement ont montré un partage modéré à élevé des proies, la plupart des espèces consommées par les hyènes apparaissant aussi dans les régimes des lions. Plutôt que de se répartir les proies par type, les deux carnivores semblent exploiter en grande partie le même buffet, probablement aidés par le charognage et le vol de prises l’un à l’autre.

Ce que cela signifie pour la faune et les populations humaines

Pour un lecteur généraliste, la conclusion principale est que les lions et les hyènes tachetées de ce milieu aride namibien ne séparent pas leurs ressources alimentaires autant qu’on pourrait s’y attendre pour des rivaux acharnés. Ils chassent et charognent en grande partie dans le même réservoir d’ongulés, ajustant légèrement la variété des proies selon les saisons. Ce fort chevauchement signifie que les variations du nombre d’ongulés sauvages ou de l’utilisation du paysage — liées à la sécheresse, aux maladies ou aux pressions humaines — pourraient affecter les deux espèces simultanément. La présence de bétail dans le régime des hyènes signale des points chauds de conflits homme–faune qui nécessitent une gestion attentive. En utilisant les traces d’ADN dans les fèces, les chercheurs peuvent désormais suivre ces modes alimentaires avec une grande précision au fil du temps, offrant un outil important pour protéger les prédateurs, leurs proies et les populations humaines qui partagent leurs paysages.

Citation: Patterson, J.R., Périquet-Pearce, S., Melton, M.H. et al. Revealing seasonal dietary niche overlap among sympatric large carnivores using DNA metabarcoding. Sci Rep 16, 13590 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-43423-w

Mots-clés: Lions africains, hyènes tachetées, chevauchement alimentaire, métabarcoding d’ADN, Etosha Namibie