Les alphacoronavirus de chauve‑souris à museau en cœur utilisent CEACAM6 humain pour pénétrer dans les cellules

Pourquoi les virus de chauve‑souris nous concernent tous

Après la COVID‑19, beaucoup se demandent d’où pourrait venir la prochaine pandémie. Cette étude prend de l’avance en examinant des coronavirus peu connus vivant chez les chauve‑souris et pose une question simple mais cruciale : l’un d’eux est‑il déjà capable d’entrer dans des cellules humaines ? En identifiant des virus « préadaptés » de cette manière, les chercheurs espèrent repérer des menaces potentielles assez tôt pour déployer vaccins, antiviraux et dispositifs de surveillance avant qu’une épidémie ne démarre.

À la recherche dans un univers viral dense

Les alphacoronavirus forment un large groupe de virus qui infectent principalement des chauve‑souris, des rongeurs et des animaux domestiques, mais quelques‑uns provoquent déjà des rhumes chez l’humain. Tester chaque souche connue en laboratoire serait impossible, les chercheurs ont donc utilisé un raccourci computationnel. À partir de plus de 2 700 séquences de la protéine spike — la partie du virus qui s’accroche aux cellules — ils ont retenu 40 séquences qui capturent le mieux la diversité génétique globale du groupe. Ils ont ensuite utilisé ces spikes pour fabriquer des « pseudovirus » inoffensifs qui s’illuminent lorsqu’ils pénètrent avec succès dans des cellules, permettant de tester rapidement quels récepteurs, et chez quelles espèces, chaque virus peut utiliser.

La plupart des virus de chauve‑souris ne peuvent pas utiliser nos portes habituelles

Les coronavirus humains déjà connus, comme les virus du rhume 229E et NL63 ou le SARS‑CoV‑2, utilisent une poignée de molécules bien étudiées à la surface de nos cellules comme points d’entrée, notamment les protéines ACE2, APN et DPP4. Lorsque l’équipe a testé leur panel de 40 virus contre des bibliothèques de ces récepteurs provenant de nombreux mammifères, elle a constaté que très peu d’alphacoronavirus pouvaient les utiliser, et presque aucun ne reconnaissait les versions humaines. Cela suggère que les « poignées de porte » classiques des coronavirus sont l’exception plutôt que la règle dans cette branche de l’arbre viral. Pour la plupart des alphacoronavirus de chauve‑souris, une autre voie d’entrée, inconnue, doit donc exister.

Un virus de chauve‑souris à museau en cœur trouve une nouvelle poignée humaine

Un virus a pourtant émergé. Une souche appelée CcCoV‑KY43, initialement identifiée chez des chauve‑souris à museau en cœur au Kenya, a pu pénétrer deux lignées cellulaires humaines dérivées du poumon et de l’intestin. Pour comprendre comment, les chercheurs ont utilisé la pointe du spike du virus — le domaine de liaison au récepteur — comme appât contre un large panel de 759 protéines de surface humaines. Trois candidats étroitement liés sont apparus, tous issus de la famille CEACAM, qui aide normalement les cellules à adhérer entre elles et est abondante sur les surfaces muqueuses. Des expériences complémentaires ont réduit la liste à un partenaire clé : une protéine appelée CEACAM6. Lorsque des cellules humaines habituellement résistantes furent modifiées pour produire CEACAM6, elles sont devenues infectables par le spike du virus de chauve‑souris. Bloquer ou réduire CEACAM6 a fortement diminué l’infection, confirmant que cette protéine sert de porte d’entrée au virus.

À quoi ressemble cette étreinte moléculaire

Pour voir exactement comment fonctionne cette interaction, l’équipe a cristallisé le domaine de liaison du virus avec CEACAM6 et résolu la structure. Ils ont découvert que trois boucles minuscules sur le spike viral saisissaient l’extrémité du domaine externe de CEACAM6, formant une interface compacte dominée par des contacts hydrophobes (répulsifs à l’eau). Il s’agit de la même région de CEACAM6 qui contacte habituellement ses protéines partenaires, ce qui signifie que le virus a évolué pour imiter ou perturber les interactions normales cellule‑cellule. Des changements subtils de quelques acides aminés à cette interface suffisaient à renforcer ou affaiblir l’entrée virale, expliquant pourquoi des proches parents comme CEACAM5 se lient plus faiblement et ne fonctionnent pas comme récepteurs efficaces.

Quelle est la diffusion de ce trait à risque ?

L’histoire ne s’arrête pas à un seul virus. Deux coronavirus supplémentaires de la même espèce de chauve‑souris dans une autre région du Kenya, et plusieurs virus apparentés chez des rhinolophes en Chine et en Russie, se sont également révélés utiliser des protéines de type CEACAM6 comme portes d’entrée. Certains pouvaient utiliser le CEACAM6 humain, d’autres seulement les versions de chauve‑souris, selon des détails de séquence finement ajustés chez le virus et l’hôte. En examinant les arbres évolutifs, les auteurs concluent que la capacité d’utiliser CEACAM6 est probablement apparue au moins deux fois, indépendamment, dans différentes lignées d’alphacoronavirus. Fait important, en dépistant des échantillons sanguins de plusieurs centaines de personnes vivant près des colonies de chauve‑souris kényanes, ils n’ont trouvé que des signes isolés d’anticorps reconnaissant ces virus de chauve‑souris, ce qui milite contre une transmission humaine importante et continue, même si des infections rares ou de courte durée ne peuvent être exclues.

Ce que cela signifie pour les futures épidémies

Concrètement, ce travail montre que certains coronavirus de chauve‑souris savent déjà ouvrir une « porte » particulière sur les cellules pulmonaires humaines, sans pour autant avoir causé de maladie reconnue à ce jour. CEACAM6 est largement présent dans les voies respiratoires humaines et semble être utilisé par un ensemble d’alphacoronavirus répartis géographiquement, notamment en Afrique de l’Est et dans certaines régions d’Eurasie. Cette combinaison — accès prêt à l’emploi à nos cellules et large distribution chez la faune — identifie ces virus comme des candidats à surveiller. En identifiant le récepteur exact et en cartographiant quelles souches virales peuvent l’utiliser, l’étude fournit des cibles concrètes pour la surveillance, l’évaluation du risque et, à terme, pour des vaccins ou antiviraux, faisant passer la préparation pandémique d’une approche intuitive à une démarche plus systématique et fondée sur des preuves.

Citation: Gallo, G., Di Nardo, A., Lugano, D. et al. Heart-nosed bat alphacoronaviruses use human CEACAM6 to enter cells. Nature 653, 180–189 (2026). https://doi.org/10.1038/s41586-026-10394-x

Mots-clés: coronavirus de chauve‑souris, CEACAM6, transmission zoonotique, récepteurs viraux, préparation pandémique