2025 年塞拉利昂猴痘流行的基因组流行病学

为什么这次疫情事关所有人

2025 年初，塞拉利昂突然成为一波猴痘感染浪潮的中心，这波浪潮蔓延到非洲其他地区，甚至扩散到欧洲和美国。猴痘曾被视为主要与接触野生动物相关的罕见感染，如今却在人与人之间传播，能够迅速压垮卫生系统。本研究展示了科学家如何利用病毒基因组——也就是病原体的遗传指纹——结合病例数据，重建疫情如何开始、如何扩散以及为何早期预警系统漏掉了这么多感染。

沉寂的火星如何变成全国之火

研究人员测序了 2025 年 1 月至 8 月间在塞拉利昂 14 个地区从患者处采集的 338 份猴痘病毒样本。通过将这些基因组与来自西非及其他地区的数千个序列比对，他们发现几乎全部属于同一新分支，称为谱系 G.1。该分支最终可追溯到自 2014 年以来在尼日利亚流行并促成早期国际疫情的病毒。遗传学线索表明，G.1 大约在 2024 年 9 月下旬开始传播，比塞拉利昂确认为首例病例早了几个月，这意味着在确认病例之前，疫情已处于长时间的“隐匿”阶段，人群间已经在相互传染。

病毒如何在拥挤首都迅速蔓延

一个最清晰的发现是，人口密集的首都地区——西部城市区（Western Area Urban）充当了疫情的主要发动机。研究团队利用病毒基因组的时间信息与相似性重建了感染如何在各区之间移动。他们的模型显示，西部城市区向全国大部分地区播下了疫情种子，向波特洛科（Port Loko）、凯内马（Kenema）和博（Bo）等地反复输出感染浪潮。一旦在这些地区扎根，本地传播链特别是在疫情初期检测和隔离措施尚在加强时，可能持续数月。该模式反映出一次进入高度互联城市的单一引入，如何引燃广泛的暴发。

病毒突变揭示的传播信息

研究还仔细分析了病毒中发现的基因变化类型。G.1 中的许多突变符合由一种人类防御蛋白 APOBEC3 所产生的模式，这种蛋白会在病毒 DNA 上留下特征性印记。这类变化的大量积累表明病毒在不同人之间反复传播，而不是偶尔从动物跳到人类。相比之下，在几内亚和利比里亚检测到的一小群较旧的猴痘病毒（包括塞拉利昂的一例）显示出这些变化明显较少，指向偶发的动物到人类的溢出事件，而非持续的人际传播。综合这些信号可以确认，2025 年的危机是由持续的人际传播驱动的。

被忽视的感染与控制措施的作用

通过统计模型和测序数据的结合，研究人员估算大约只有三分之一的感染有基因组被测序，且官方病例统计可能漏报了全国约一半的猴痘病例。他们计算出疫情早期感染数大约每三周翻一番，这与报告病例的陡增相吻合。到 2025 年后期，随着疫苗接种活动的扩大、病例隔离更加严格以及接触者追踪的改善，本地传播链的数量和持续时间显著缩短。疫情随后出现下降，而没有像一些邻国那样因动物宿主持续重新引入病毒而转为缓慢持续的传播。

对未来疫情的启示

对非专业读者来说，核心信息是：通过病毒基因组追踪疫情可以揭示危机何时开始、实际规模以及哪些地方在背后推动传播。在塞拉利昂的猴痘疫情中，一个新的人人传播谱系在拥挤的首都悄然潜伏数月，随后席卷全国并传播到海外。当国际社会开始关注时，已有数千人被感染。作者主张，加强当地实验室能力、扩大公平快速的检测与疫苗可及性、并将基因数据与实地监测相结合，是各国及时发现此类火星并防止下一次全国性暴发的关键步骤。

引用: Campbell, A.K.O., Sandi, J.D., Omah, I.F. et al. Genomic epidemiology of the 2025 mpox epidemic in Sierra Leone. Nat Med 32, 1917–1926 (2026). https://doi.org/10.1038/s41591-026-04385-8

关键词: 猴痘, 塞拉利昂疫情, 基因组监测, 病毒传播, 公共卫生应对