Épidémiologie génomique de l’épidémie de mpox de 2025 en Sierra Leone

Pourquoi cette flambée concerne tout le monde

Au début de 2025, la Sierra Leone est soudainement devenue le foyer d’une vague d’infections à mpox qui s’est propagée à travers l’Afrique et a envoyé des cas jusqu’en Europe et aux États-Unis. Le mpox, autrefois considéré comme une infection rare principalement liée au contact avec des animaux sauvages, se transmet désormais entre humains d’une manière qui peut rapidement submerger les systèmes de santé. Cette étude montre comment les scientifiques ont utilisé les génomes viraux, en quelque sorte les empreintes génétiques du pathogène, conjointement aux données de cas pour retracer le démarrage de l’épidémie, ses zones de propagation et pourquoi les systèmes d’alerte précoces ont manqué tant d’infections.

Comment une étincelle discrète est devenue un feu national

Les chercheurs ont séquencé 338 échantillons du virus mpox prélevés chez des patients dans 14 districts de Sierra Leone entre janvier et août 2025. En comparant ces génomes avec des milliers d’autres issus d’Afrique de l’Ouest et d’ailleurs, ils ont découvert que presque tous appartenaient à une seule nouvelle branche, qu’ils nomment lignée G.1. Cette branche remonte finalement à des virus qui circulaient au Nigeria depuis 2014 et qui avaient alimenté des flambées internationales antérieures. Des indices génétiques suggèrent que G.1 a commencé à se propager vers la fin septembre 2024, plusieurs mois avant que la Sierra Leone ne confirme son premier cas, ce qui signifie que l’épidémie a connu une longue phase « cachée » pendant que les personnes s’infectaient déjà les unes les autres.

Comment le virus a filé à travers une capitale dense

L’un des constats les plus nets est que la région capitale densément peuplée, Western Area Urban, a servi de principal moteur de l’épidémie. L’équipe a utilisé la chronologie et la similitude des génomes viraux pour reconstruire les déplacements des infections d’un district à l’autre. Leurs modèles indiquent que Western Area Urban a semé la plupart du reste du pays, envoyant des vagues répétées d’infections vers des lieux comme Port Loko, Kenema et Bo. Une fois établies dans ces districts, des chaînes de transmission locales ont pu persister pendant des mois, notamment au début de l’épidémie, alors que les tests et l’isolement montaient encore en puissance. Ce schéma illustre comment une seule introduction dans une ville fortement connectée peut déclencher une flambée de grande ampleur.

Ce que révèlent les mutations du virus sur la propagation

L’étude s’est aussi penchée sur les types de changements génétiques présents dans le virus. Beaucoup des mutations observées dans G.1 correspondent à un motif créé par une protéine de défense humaine appelée APOBEC3, qui laisse une marque distincte sur l’ADN viral. Un fort cumul de ces changements indique que le virus s’est transmis de personne à personne de façon répétée, plutôt que de ne passer que sporadiquement des animaux aux humains. En revanche, un petit groupe d’anciens virus mpox détectés en Guinée et au Liberia, incluant un cas en Sierra Leone, présentait beaucoup moins de ces modifications, ce qui suggère des épisodes ponctuels de passage animal–humain plutôt qu’une transmission humaine soutenue. Ensemble, ces signaux confirment que la crise de 2025 a été portée par une circulation continue entre humains.

Infections cachées et rôle des mesures de contrôle

En combinant modèles statistiques et données de séquençage, les chercheurs ont estimé qu’environ un cas sur trois seulement avait fait l’objet d’un séquençage génomique, et que les comptes officiels de cas avaient probablement manqué près de la moitié de tous les cas de mpox dans le pays. Ils ont calculé que le nombre d’infections doublait à peu près toutes les trois semaines au début, ce qui correspondait à la hausse rapide des cas signalés. Plus tard en 2025, à mesure que les campagnes de vaccination se déployaient, que l’isolement des cas devenait plus strict et que le traçage des contacts s’améliorait, le nombre et la durée des chaînes de transmission locales ont fortement diminué. L’épidémie a ensuite décliné au lieu de s’installer dans une circulation lente et persistante, comme cela s’est produit dans certains pays voisins où des réservoirs animaux continuent de réintroduire le virus.

Ce que cela signifie pour les futures flambées

Pour les non-spécialistes, le message central est que le suivi des flambées grâce aux génomes viraux permet de savoir quand une crise a commencé, quelle en était l’ampleur réelle et quels lieux en sont les moteurs discrets. Dans l’épidémie de mpox en Sierra Leone, une nouvelle lignée transmise entre humains a couvé inaperçue pendant des mois dans une capitale surpeuplée avant d’exploser à l’échelle nationale et d’exporter des infections à l’étranger. Au moment où le monde a commencé à prêter attention, des milliers de personnes avaient déjà été infectées. Les auteurs soutiennent que renforcer les capacités de laboratoire locales, élargir l’accès rapide et équitable aux tests et aux vaccins, et relier les données génétiques à la surveillance sur le terrain sont des étapes essentielles pour permettre aux pays de repérer ces étincelles suffisamment tôt pour prévenir la prochaine flambée nationale.

Citation: Campbell, A.K.O., Sandi, J.D., Omah, I.F. et al. Genomic epidemiology of the 2025 mpox epidemic in Sierra Leone. Nat Med 32, 1917–1926 (2026). https://doi.org/10.1038/s41591-026-04385-8

Mots-clés: mpox, épidémie en Sierra Leone, surveillance génomique, transmission virale, réponse de santé publique