Circulation non déclarée du virus de la fièvre de la vallée du Rift pendant l’épisode El Niño 2023–2024 détectée par une surveillance en abattoirs dans le sud du Kenya

Pourquoi les infections animales cachées comptent pour les humains

La plupart d’entre nous n’entendent parler des flambées épidémiques que lorsque les hôpitaux commencent à se remplir ou que des images dramatiques passent aux informations. Mais de nombreux virus dangereux couvent d’abord discrètement chez les animaux, se propageant sous le radar jusqu’à ce que la combinaison de conditions météorologiques et de mouvements permette leur passage à l’homme. Cette étude porte sur la fièvre de la vallée du Rift, une maladie transmise par les moustiques qui affecte à la fois le bétail et les humains, et pose une question simple mais troublante : le virus pourrait-il circuler inaperçu chez les animaux alors même que les rapports officiels disent que tout est calme ?

Tempêtes, moustiques et une menace silencieuse

Le virus de la fièvre de la vallée du Rift est étroitement lié au climat. De fortes pluies forment des mares propices à la reproduction des moustiques, et ces insectes peuvent ensuite infecter les bovins, moutons et chèvres. Les animaux malades peuvent avorter ou mourir, et les personnes peuvent être infectées par des piqûres de moustiques ou par contact avec le sang et les organes animaux. Lors du puissant épisode El Niño 2023–2024, le Kenya a connu de graves inondations, et les scientifiques s’attendaient à des signes nets de fièvre de la vallée du Rift dans le sud du pays. Pourtant, aucune flambée n’a été officiellement signalée là-bas. Les chercheurs ont supposé que cela ne signifiait pas forcément l’absence du virus ; il pouvait circuler à bas bruit chez les animaux sans signes cliniques évidents.

Transformer les abattoirs en postes d’observation

Contrôler les animaux vivants sur de vastes paysages semi-arides est coûteux et difficile, surtout là où les troupeaux se déplacent largement et où les services vétérinaires sont peu nombreux. L’équipe a donc utilisé les abattoirs comme points pratiques où convergent des animaux en provenance de nombreux villages. Sur 13 mois, ils ont prélevé des échantillons sur 955 bovins, moutons et chèvres amenés à l’abattage dans plusieurs établissements du sud du Kenya. Ils ont prélevé du sang au moment de l’abattage et enregistré l’âge, l’origine et les éventuels dommages visibles aux organes constatés lors de l’inspection sanitaire. Les tests de laboratoire ont recherché deux types d’anticorps contre le virus de la fièvre de la vallée du Rift : l’un signe d’une exposition ancienne, l’autre indiquant une infection récente.

Preuves d’une « saison silencieuse » d’infection

Les résultats ont dessiné un tableau très différent du silence officiel. Environ un animal sur dix portait des anticorps témoignant d’une exposition passée, et cette proportion a fortement augmenté après les pluies d’El Niño, atteignant près d’un animal sur quatre en mai 2024. Six animaux présentaient des signes d’infection récente, répartis sur plusieurs mois et espèces. Tous étaient des adultes qui semblaient en bonne santé avant l’abattage et ne présentaient pas de lésions caractéristiques sur leurs organes. En moyenne, l’équipe a estimé qu’environ 1,6 % des animaux de la zone sont infectés chaque année, la transmission s’intensifiant après les fortes pluies. Cela indique que le virus continue de circuler à bas niveau même en l’absence d’« épidémies d’avortements » ou de mortalités massives et lorsque aucune flambée n’est signalée.

Des motifs en fonction du lieu, de l’âge et des lésions

Comme les animaux provenaient de nombreux endroits, les scientifiques ont aussi vérifié si certains villages constituaient des points chauds cachés. Ils ont cartographié les origines des animaux et comparé les niveaux d’infection, mais n’ont trouvé aucun regroupement spatial marqué pour les infections passées, même si la plupart des infections récentes étaient liées à la zone de Kimana. De même, les animaux plus âgés avaient tendance à montrer davantage d’expositions passées, mais l’âge seul n’expliquait pas entièrement les schémas une fois le moment et le site d’abattage pris en compte. Les inspecteurs ont noté qu’environ 15 % de l’ensemble des animaux présentaient une sorte de lésion d’organe, souvent au foie, aux poumons ou aux reins. Cependant, ces lésions n’étaient généralement pas spécifiques à la fièvre de la vallée du Rift. À part un lien statistique entre des kystes pulmonaires et une exposition passée — qui reflète probablement des environnements partagés plutôt qu’une connexion directe — l’équipe n’a pas trouvé de signes visuels fiables pouvant remplacer des tests de laboratoire appropriés.

Repenser notre surveillance des maladies d’origine animale

L’étude montre que se fier uniquement aux maladies apparentes et aux signalements passifs peut manquer une grande partie de l’activité de la fièvre de la vallée du Rift chez le bétail. Des animaux adultes peuvent être infectés tout en paraissant sains, circuler dans les marchés et les réseaux de transport, et traverser des frontières régionales ou nationales en transportant le virus. En transformant les abattoirs en points de surveillance de routine — où des prélèvements sanguins sont analysés et où des informations de base comme l’âge et l’origine sont consignées — les autorités peuvent détecter une transmission subtile et pérenne et repérer l’augmentation du risque après de grands événements climatiques comme El Niño. Pour le grand public, le message est que mieux surveiller la santé animale, notamment dans des lieux quotidiens comme les abattoirs, constitue une ligne de défense cruciale capable de protéger à la fois les moyens de subsistance et la santé humaine dans un monde qui se réchauffe et devient plus imprévisible.

Citation: Gerken, K.N., Rereu, A., Mutai, V. et al. Unreported Rift Valley fever virus circulation during 2023–2024 El Niño event detected by slaughterhouse-based surveillance in southern Kenya. Sci Rep 16, 14123 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-44706-y

Mots-clés: Fièvre de la vallée du Rift, surveillance en abattoir, bétail au Kenya, maladie transmise par les moustiques, inondations El Niño