CODE más allá de FAIR: una hoja de ruta para software de investigación reutilizable

Por qué importa el código invisible detrás de la ciencia

Detrás de casi todo avance científico moderno, desde cartografiar galaxias hasta decodificar el ADN, hay software que silenciosamente realiza el trabajo pesado. Sin embargo, ese código a menudo se trata como algo secundario: oculto, frágil y difícil de reutilizar o comprobar por otros. Este artículo sostiene que, si queremos una ciencia confiable y reproducible, debemos considerar el software de investigación como un producto científico fundamental, no como una herramienta desechable. Los autores proponen una hoja de ruta práctica, llamada CODE, para ayudar a investigadores e instituciones a transformar los scripts aislados de hoy en piezas fiables y compartibles para los descubrimientos del mañana.

Cómo la ciencia llegó a depender del software

En apenas unas décadas, el software se ha convertido en algo central para casi todas las disciplinas de investigación. Los estudios muestran que cerca de la mitad de los artículos científicos mencionan ahora software, ya sea para analizar datos, controlar instrumentos, simular sistemas complejos o incluso como producto principal de la investigación. A diferencia de un artículo terminado o de un conjunto de datos estático, el software es un objeto “vivo”: cambia a medida que se corrigen errores, se añaden funciones y nuevas personas contribuyen. Múltiples versiones del mismo programa coexisten, y cada una depende de un entorno delicado de sistemas operativos y bibliotecas. Un pequeño cambio en ese entorno puede alterar los resultados —o romper el código por completo. Esta naturaleza viva e interdependiente implica que los principios tradicionales de intercambio de datos, diseñados para archivos estáticos, no son suficientes para hacer que el software sea verdaderamente reutilizable.

De FAIR a CODE: una nueva forma de pensar las herramientas de investigación

En la última década, los principios FAIR —Encontrable, Accesible, Interoperable, Reutilizable— han transformado la manera en que los científicos gestionan los datos. Los intentos por extender FAIR al software han avanzado de forma importante, pero los autores sostienen que el software necesita orientaciones más específicas. Basándose en décadas de experiencia de las comunidades de software libre y de código abierto, proponen una hoja de ruta gradual organizada en torno a cuatro pilares que conforman el acrónimo CODE: Open (Abrir), Document (Documentar), Execute (Ejecutar), Collaborate (Colaborar). En lugar de exigir prácticas perfectas desde el inicio, la hoja de ruta está estratificada para que los investigadores con poca formación formal en ingeniería de software puedan adoptar mejores hábitos paso a paso, mientras que los equipos más avanzados puedan aspirar a niveles superiores de robustez y apertura.

Hacer que el código sea abierto, comprensible y ejecutable

Bajo el pilar “Open”, los autores instan a los científicos a dejar de enviar archivos zip por correo y, en su lugar, publicar su código fuente en plataformas públicas de desarrollo que registren el historial y soporten la colaboración. Subrayan la importancia del archivado a largo plazo en infraestructuras dedicadas, como archivos globales de código fuente, para que los proyectos sigan disponibles incluso si una plataforma de alojamiento cierra. Licencias claras de código abierto y una autoría explícita son esenciales para que otros sepan qué pueden hacer legalmente y a quién acreditar. El pilar “Document” se centra en hacer el software comprensible: usar nombres significativos, añadir comentarios que expliquen el razonamiento en lugar de repetir el código, proporcionar ejemplos y tutoriales sencillos, y redactar documentación de referencia separada para las partes del programa con las que los usuarios realmente interactúan.

Asegurar que los resultados puedan reproducirse y compartirse

El pilar “Execute” aborda una frustración común: código que técnicamente existe pero no puede ejecutarse en otro lugar. La hoja de ruta insta a los autores a listar el hardware y el software de los que depende su programa, ofrecer entornos de computación reutilizables cuando sea posible (a través de contenedores o gestores de paquetes especializados), suministrar conjuntos de pruebas para que los usuarios puedan comprobar si el software se comporta correctamente en sus propias máquinas y compartir casos de uso reales y ejecutables que reflejen análisis típicos. El último pilar, “Collaborate”, fomenta el compromiso abierto y continuo: responder a informes de errores y solicitudes de funciones, explicar si y cómo se aceptan contribuciones externas, ser honestos sobre los límites del soporte y, cuando corresponda, construir una comunidad mediante tutoriales, talleres y mentoría. Juntos, estos pasos transforman el código de investigación aislado en una herramienta compartida que muchos pueden confiar y mejorar.

El papel de todos en el apoyo a mejor software de investigación

El artículo deja claro que los investigadores individuales no pueden resolver el problema del software por sí solos. Las instituciones deben invertir en ingenieros de software de investigación dedicados, reconocer el software en los procesos de contratación y promoción, y proporcionar plataformas de alojamiento de código bien gestionadas. Se insta a los financiadores a apoyar el mantenimiento a largo plazo de herramientas ampliamente usadas, no solo la creación de nuevas, y a fomentar la licencia de código abierto como predeterminada para ayudar a abordar la crisis de reproducibilidad. Las bibliotecas pueden ampliar su papel tradicional ayudando a archivar software, gestionar identificadores y curar catálogos que faciliten encontrar programas importantes. Finalmente, se hace un llamado a los editores para que exijan que el código detrás de los resultados publicados se comparta realmente, esté vinculado al artículo y sea cada vez más sujeto a revisión, al igual que el propio artículo.

Lo que esta hoja de ruta significa para el futuro de la ciencia

En términos sencillos, la conclusión de los autores es que la buena ciencia ahora depende del buen software, y el buen software no surge por accidente. Su hoja de ruta CODE ofrece un camino realista desde el mosaico actual de scripts ocultos hacia un ecosistema donde el código de investigación sea abierto, bien explicado, ejecutable en otros entornos y mejorado por muchas manos. Siguiendo estos pasos —y con universidades, financiadores, bibliotecas y revistas desempeñando su papel— la ciencia puede acercarse a un mundo en el que los resultados no solo impresionen al anunciarse, sino que también sean verificables, reutilizables y duraderos durante años.

Cita: Di Cosmo, R., Granger, S., Hinsen, K. et al. CODE beyond FAIR: a roadmap for reusable research software. Sci Data 13, 514 (2026). https://doi.org/10.1038/s41597-026-06705-6

Palabras clave: software de investigación, código abierto, reproducibilidad, sostenibilidad del software, ciencia abierta