Réponses hétérogènes des communautés microbiennes du sol et de leurs fonctions dans les zones humides côtières à la suite d’un dépôt d’azote à long terme

Pourquoi l’excès d’azote dans l’air a de l’importance

La combustion des combustibles fossiles et l’utilisation d’engrais renvoient davantage d’azote dans l’atmosphère, et une grande partie retombe finalement sur la Terre. Les zones humides côtières, qui stockent d’importantes quantités de carbone et abritent une biodiversité riche, se trouvent directement sur la trajectoire de cette retombée invisible. Cette étude pose une question apparemment simple mais aux grandes implications : lorsque ces zones humides sont exposées pendant des années à différents types et niveaux d’azote, comment les microbes cachés du sol réagissent‑ils — et qu’est‑ce que cela signifie pour les gaz contribuant au réchauffement climatique et pour la pollution nutritive ?

Tester des « douches » d’azote à long terme

Pour explorer ces effets, les chercheurs ont mené une expérience de terrain de sept ans dans une zone humide côtière du delta du fleuve Jaune, en Chine. Ils ont simulé le dépôt atmosphérique d’azote en ajoutant régulièrement trois types d’engrais apportant soit de l’ammonium, soit du nitrate, soit un mélange des deux, et ce à des doses faibles, moyennes et élevées. L’équipe a ensuite prélevé des échantillons de sol et utilisé le séquençage de l’ADN pour profiler trois grands groupes de micro‑organismes : les procaryotes (bactéries et archées), les champignons et un groupe de prédateurs unicellulaires appelés Cercozoa. Ils ont également employé des puces génétiques à haut débit et le traçage isotopique pour mesurer l’abondance des gènes impliqués dans les cycles du carbone, de l’azote, du phosphore et du soufre, ainsi que pour suivre directement les taux de transformation de l’azote dans le sol.

Des communautés souterraines en mutation

L’apport d’azote a clairement remodelé la communauté souterraine, mais tous les microbes n’ont pas réagi de la même façon. Globalement, les procaryotes et les Cercozoa ont vu leur diversité augmenter, tandis que les communautés fongiques sont restées étonnamment stables. La forme chimique de l’azote a pesé davantage que la quantité ajoutée : ammonium versus nitrate a fortement influencé les types de procaryotes et de Cercozoa présents et la façon dont leurs communautés se sont assemblées, alors que les communautés fongiques ont à peine bougé. Les Cercozoa se sont révélés particulièrement sensibles, affichant des changements marqués de diversité et de structure, ce qui suggère que ces petits prédateurs peuvent servir d’indicateurs précoce des changements environnementaux dans les zones humides côtières.

Réseaux de coopération et de tension

Les microbes du sol ne vivent pas en espèces isolées ; ils forment des réseaux complexes de coopération, de compétition et de prédation. En construisant

Citation: Sun, M., Li, M., Xie, B. et al. Heterogeneous responses of soil microbial communities and functions in coastal wetlands to long-term nitrogen deposition. npj Biofilms Microbiomes 12, 93 (2026). https://doi.org/10.1038/s41522-026-00947-3

Mots-clés: dépôt d’azote, zones humides côtières, microbes du sol, gaz à effet de serre, réseaux microbiens