Une GWAS comparative de la couleur des yeux selon des contextes génétiques clairs et foncés définis par le polymorphisme HERC2 rs12913832 dans une cohorte canadienne d’ascendance européenne

Pourquoi votre couleur des yeux n’est pas aussi simple que bleu ou marron

La couleur des yeux semble simple — bleu, marron, vert, noisette — mais en réalité c’est l’un des traits visibles les plus complexes produits par nos gènes. Cette étude pose une question apparemment simple : pourquoi certaines personnes ont‑elles une couleur des yeux qui ne correspond pas à ce que prédit leur « gène principal » de la couleur des yeux ? En analysant l’ADN de milliers de Canadiens d’ascendance européenne, les chercheurs montrent que de nombreux autres gènes influent discrètement pour rendre les yeux plus clairs ou plus foncés, aidant à expliquer pourquoi les yeux réels existent en une multitude de nuances et d’anneaux plutôt qu’en catégories nettes.

La règle génétique habituelle, et ses nombreuses exceptions

Depuis plus d’une décennie, un seul marqueur génétique — appelé rs12913832, situé dans une région d’ADN entre les gènes HERC2 et OCA2 — est considéré comme l’interrupteur principal pour bleu contre marron. Les personnes ayant deux copies d’une version (l’allèle G) sont généralement prédites comme ayant les yeux bleus, tandis que celles ayant au moins une copie de l’autre version (A) sont attendues avec des yeux marron ou noisette. Pourtant, des travaux antérieurs dans une grande cohorte de santé canadienne (CanPath) ont révélé qu’un tiers des personnes ayant le fond génétique « yeux bleus » GG déclaraient des yeux non bleus, et près d’un cinquième de celles avec AA ou AG déclaraient autre chose que marron ou noisette. Ces discordances suggèrent l’intervention d’un plus grand nombre de gènes qui modulent subtilement la quantité de pigment déposée dans l’iris.

À la recherche de modificateurs cachés de la couleur des yeux

L’équipe a divisé plus de 5 400 participants de CanPath en deux groupes selon ce marqueur clé : un groupe « fond yeux bleus » avec le génotype GG, et un groupe « fond yeux marron » avec AA ou AG. Dans chaque groupe, ils se sont concentrés sur les personnes dont la couleur d’yeux auto‑déclarée contredisait les attentes — par exemple des individus GG avec des yeux verts ou marron, ou des AA/AG avec des yeux bleus ou verts. À l’aide d’une étude d’association pangénomique, ils ont scruté des millions de variants génétiques à travers le génome, en contrôlant soigneusement l’ascendance, l’âge et le sexe. Ils ont ensuite combiné les résultats de deux plateformes de génotypage différentes, appliqué des méthodes de cartographie fine pour restreindre les variants probablement causaux, et vérifié les résultats dans un échantillon indépendant où des photographies haute résolution fournissaient des mesures précises de la couleur de l’iris.

Gènes qui assombrissent les contextes génétiques « yeux bleus »

Chez les personnes dont l’ADN indique fortement des yeux bleus (GG) mais qui déclarent des couleurs plus foncées, l’étude a mis en évidence des variants dans plusieurs gènes liés au pigment : SLC45A2, TYRP1, TYR, SLC24A4 et TSPAN10. Ces gènes participent à la synthèse ou à la régulation de la mélanine, le pigment qui absorbe la lumière dans l’iris. Certaines versions de ces variants étaient associées à un passage du bleu pâle vers des tons plus foncés — bleu foncé, vert ou marron — contrecarrant ainsi le signal habituel de clarté fourni par rs12913832. La cartographie fine a isolé des changements spécifiques, comme un variant fonctionnel connu dans le gène TYR qui modifie l’enzyme clé de la synthèse de la mélanine, la tyrosinase. Dans un jeu de données indépendant basé sur l’imagerie, plusieurs de ces variants corrélaient aussi avec des changements subtils mesurés de la couleur de l’iris, en particulier le long de l’axe bleu‑vers‑jaune.

Gènes qui éclaircissent les contextes génétiques « yeux marron »

Pour les personnes dont le fond génétique indique des yeux marron (AA/AG) mais qui déclarent des teintes plus claires, un autre ensemble de modificateurs est apparu. Des variants dans IRF4, TYRP1 et à plusieurs positions au sein de la région OCA2–HERC2 étaient associés à des yeux plus clairs que prévu. Certains de ces changements réduisent probablement l’activité d’OCA2, un régulateur clé de la production de mélanine dans les cellules pigmentaires, ou modifient IRF4, un régulateur qui influence les enzymes pigmentaires. Ensemble, ces altérations peuvent tirer la couleur des yeux du marron foncé vers le vert, le noisette ou même le bleu. Dans l’échantillon de réplication indépendant, ces variants étaient fortement associés à des scores de « clarté » supérieurs de l’iris et, dans le cas de rs12913832 lui‑même et d’un variant d’IRF4, à une hétérochromie centrale — des yeux dont les anneaux internes et externes diffèrent de couleur.

Ce que cela signifie pour notre compréhension de la couleur des yeux

Pour le non‑spécialiste, le message clé est qu’il n’existe pas un « gène de la couleur des yeux ». Au lieu de cela, un interrupteur puissant établit un point de départ, mais de nombreux gènes additionnels ajustent la quantité de pigment produite, la façon dont il est stocké et son organisation, créant parfois des anneaux ou des nuances mixtes qui rendent les étiquettes simples inadaptées. Ce travail identifie des changements d’ADN précis qui assombrissent les yeux chez des personnes génétiquement prédisposées aux yeux bleus, et d’autres qui éclaircissent les yeux chez celles prédisposées aux yeux marron. Au‑delà d’une meilleure précision pour les outils médico‑légaux et médicaux, l’étude souligne que notre couleur des yeux est le résultat visible de l’action combinée de nombreux gènes — une des raisons pour lesquelles la couleur que vous voyez dans le miroir peut être plus unique que ne le laisse prévoir n’importe quel tableau de prédiction.

Citation: Abbatangelo, C.L., Durazo, F.L., Edwards, M. et al. A comparative GWAS of eye colour in light and dark eye genetic backgrounds defined by HERC2 rs12913832 polymorphism in a Canadian cohort of European ancestry. Sci Rep 16, 14610 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-44580-8

Mots-clés: génétique de la couleur des yeux, pigmentation de l’iris, étude d’association pangénomique, HERC2 OCA2, phénotypage ADN médico-légal