Évolution et dynamique de spillover de la fièvre jaune à l’interface forêt–urbain au Brésil

Pourquoi une flambée dans un parc forestier compte pour la vie citadine

On imagine souvent la fièvre jaune comme une maladie des jungles éloignées, et pourtant cette étude suit une flambée explosive qui s’est déroulée dans un petit parc forestier entouré par les gratte-ciel de São Paulo, au Brésil. En observant simultanément moustiques, singes et virus, les chercheurs montrent comment un agent mortel peut s’embraser aux portes d’une mégapole, ce qui accélère sa propagation, et comment une alerte précoce fournie par la faune pourrait protéger animaux et humains.

Une petite île forestière dans une mer de bâtiments

L’équipe s’est concentrée sur le Parque Estadual Alberto Löfgren (PEAL), un îlot de 186 hectares de forêt atlantique inséré dans la métropole de São Paulo, qui compte plus de 23 millions d’habitants. À la fin de 2017, le premier singe hurleur brun trouvé mort dans le parc a signalé l’arrivée de la fièvre jaune. Les hurleurs sont particulièrement vulnérables au virus, mourant souvent avant que des cas humains ne soient détectés à proximité. En quelques mois seulement, presque toute la population de hurleurs du parc a été décimée, transformant ce refuge vert en un laboratoire naturel pour comprendre le comportement du virus là où la forêt rencontre la ville.

Suivre les moustiques des cimes aux niveaux du sol

Pour comprendre comment le virus se déplaçait, les chercheurs ont réalisé des prospections intensives de moustiques sur 39 sites dans et autour des lieux où l’on avait trouvé des carcasses de singes, échantillonnant à la fois au niveau du sol et dans la canopée. Ils ont collecté plus de deux mille moustiques appartenant à 24 espèces. Une seule espèce, Haemagogus leucocelaenus, un moustique forestier, portait systématiquement le virus de la fièvre jaune. Ces moustiques ont été retrouvés non seulement dans les cimes, où ils se nourrissent normalement sur les singes, mais aussi près du sol, où ils peuvent piquer les humains. L’étude a montré que des températures plus chaudes augmentaient fortement l’abondance de ces moustiques, tandis que les précipitations jouaient un rôle plus faible et moins net.

Lire les indices viraux dans l’ADN et les restes d’animaux

Au-delà du dénombrement des insectes, les scientifiques ont utilisé le séquençage génétique à haut débit pour lire les virus présents dans des pools de moustiques et dans des tissus de singes. Cette approche « métagénomique », qui ne présuppose pas quel agent pathogène est présent, a permis d’obtenir des génomes quasi complets de la fièvre jaune à la fois chez les hôtes et les vecteurs, même à partir de carcasses de singes vieilles de plusieurs jours. Au total, l’équipe a reconstruit 88 génomes du virus de la fièvre jaune provenant du parc et des environs. De façon surprenante, chez un hurleur ils ont aussi détecté un génome quasi complet du virus de l’hépatite A étroitement lié à une souche humaine de São Paulo, laissant supposer une contamination par les eaux usées humaines et montrant que la faune peut être exposée simultanément à plusieurs infections liées aux humains.

Une seule lignée virale, propagation rapide et issue funeste

En plaçant les génomes viraux sur des arbres évolutifs et en les combinant avec les données de l’épidémie, les chercheurs ont découvert que plusieurs lignées virales étaient entrées dans la région, mais qu’une seule a prospéré à l’intérieur du parc. Cette lignée réussie est arrivée durant une période de chaleur lorsque les moustiques Haemagogus étaient particulièrement abondants, déclenchant une chaîne de transmission brève mais intense. En utilisant un modèle informatique basé sur l’individu pour simuler l’infection et la mort de chaque hurleur, informé par des études en laboratoire sur la vitesse à laquelle moustiques et singes deviennent infectieux, ils ont estimé que chaque paire singe–moustique infectée donnait en moyenne lieu à environ huit nouvelles infections chez les singes. Ce nombre de reproduction de base, autour de 8,2, est plus élevé que les estimations typiques pour des flambées urbaines classiques reposant sur des moustiques urbains comme Aedes aegypti. L’efficacité brutale de la transmission dans ce petit fragment forestier a finalement entraîné l’extinction locale des hurleurs sur place.

Transformer la perte de faune en dispositif d’alerte précoce

Ce travail montre que les fortes poussées de fièvre jaune aux lisières forestières ne sont pas aléatoires ; elles surviennent lorsque singes hautement sensibles, moustiques forestiers efficaces et conditions météorologiques favorables coïncident dans de petites parcelles d’habitat proches des humains. Parce que les morts de singes précèdent souvent les cas humains, une surveillance systématique des primates non humains, couplée au suivi des moustiques et au séquençage moderne, peut offrir des jours ou des semaines d’avertissement précieux pour lancer des campagnes de vaccination. Les auteurs soutiennent que l’investissement dans une surveillance à facettes multiples — allant du signalement citoyen de singes morts à l’amélioration des pièges à moustiques dans la canopée — sera crucial pour empêcher que de futures flambées forestières ne débordent dans des villes densément peuplées, protégeant à la fois la faune vulnérable et les populations humaines voisines.

Citation: Telles-de-Deus, J., Claro, I.M., Bertanhe, M. et al. Evolution and spillover dynamics of yellow fever at the forest–urban interface in Brazil. Nat Microbiol 11, 877–891 (2026). https://doi.org/10.1038/s41564-026-02302-w

Mots-clés: fièvre jaune, maladie transmise par des moustiques, interface forêt–urbain, primates non humains, spillover zoonotique