Un génome ancien de Streptococcus pyogenes issu d’une momie bolivienne précolombienne

Pourquoi un mal de gorge ancien compte aujourd’hui

La plupart d’entre nous connaissent Streptococcus pyogenes comme l’agent responsable du mal de gorge et, dans de rares cas, de maladies nécrosantes ou du choc toxique. Cette étude pose une question étonnamment simple aux répercussions larges : depuis combien de temps ce microbe vit‑il avec nous, et à quoi ressemblait‑il avant que la médecine moderne et les voyages mondiaux ne transforment notre monde ? En lisant l’ADN préservé dans une momie bolivienne précolombienne, les chercheurs reconstituent l’un des plus anciens génomes connus de ce pathogène, éclairant la santé ancienne, les migrations humaines et les racines profondes des maladies infectieuses.

Une momie, une dent et une infection cachée

L’histoire commence par un jeune homme naturellement momifié des hautes terres boliviennes, enterré entre 1283 et 1383 ap. J.-C., des siècles avant l’arrivée des Européens en Amérique. Ses restes font partie d’une collection muséale à La Paz. La datation au radiocarbone a fixé son âge, tandis que les signaux chimiques de sa dent indiquaient un régime à forte base de maïs et peu de viande, cohérent avec une vie paysanne sédentarisée en haute altitude. Les scientifiques ont soigneusement foré une de ses dents, ciblant la pulpe interne où le sang circulait jadis et où les microbes présents dans son organisme pouvaient avoir été emprisonnés et préservés.

Reconstituer un microbe perdu depuis longtemps

À partir de ce minuscule échantillon, l’équipe a extrait tout l’ADN présent et l’a séquencé sans cibler d’organisme particulier. La majorité du matériel génétique provenait de bactéries, dont plusieurs espèces capables de provoquer des maladies. Parmi elles, Streptococcus pyogenes a été détecté à un niveau inhabituellement élevé pour un échantillon ancien. Grâce à des méthodes d’assemblage avancées, les chercheurs ont reconstitué un génome presque complet de cette bactérie, avec des standards de qualité comparables à ceux appliqués aux génomes microbiens modernes. Ils ont confirmé que l’ADN portait des signes subtils de dégradation chimique attendus après des siècles d’inhumation, ce qui renforce son authenticité comme véritable matériel ancien.

Ce que la souche ancienne pouvait faire

Avec le génome en main, les auteurs l’ont comparé à une vaste collection mondiale de souches modernes de S. pyogenes. Le microbe ancien possède bon nombre des mêmes outils génétiques qui permettent aux souches actuelles de se fixer dans la gorge, d’échapper au système immunitaire et d’endommager les tissus de l’hôte, notamment les protéines de surface caractéristiques M et T, une capsule glucidique glissante et des toxines puissantes lysant les cellules. Son profil génétique suggère qu’il était un « spécialiste de la gorge », plus enclin à provoquer une pharyngite qu’une infection cutanée, ce qui correspond aux conditions froides, sèches et surpeuplées des hautes terres andines favorisant les épidémies de mal de gorge. Fait intrigant, la souche porte aussi des gènes capables d’expulser certains antibiotiques, indiquant que des mécanismes de résistance existaient bien avant l’usage moderne des médicaments, probablement façonnés par la compétition naturelle entre microbes.

Toxines absentes et épidémies plus silencieuses

Malgré son arsenal étendu, cette souche ancienne manque plusieurs toxines surpuissantes qui, à l’époque moderne, sont associées à la scarlatine et aux formes invasives sévères. Ces toxines sont habituellement transportées par des éléments viraux qui s’intègrent dans le génome bactérien. La souche bolivienne contient de tels éléments viraux, mais ils semblent dépourvus de ces gènes toxiques particuliers. Cela suggère que, si la bactérie était clairement capable de provoquer des maladies, les formes les plus explosives et médiées par des toxines que nous redoutons aujourd’hui sont peut‑être devenues courantes seulement après des échanges génétiques ultérieurs entre bactéries et virus.

Une longue histoire pour un agent familier

En construisant un arbre généalogique incluant la souche ancienne, ses proches parentes et des espèces apparentées, les chercheurs estiment que tous les S. pyogenes connus partagent un ancêtre commun il y a environ 10 000 ans, la plupart des lignées modernes se diversifiant au cours des 5 500 dernières années à mesure que les populations humaines ont grandi, se sont regroupées et connectées. La souche bolivienne se situe à la base de la diversité actuelle, suggérant l’existence de lignées aujourd’hui disparues ou encore non échantillonnées. Pour les non‑spécialistes, la leçon principale est que le mal de gorge et les maladies apparentées ont des racines profondes dans l’histoire humaine, bien avant le contact colonial, et que l’ADN ancien peut révéler comment des microbes familiers ont évolué avec nous, influencés par nos modes de vie changeants et les ayant eux‑mêmes façonnés.

Citation: Valverde, G., Sarhan, M.S., Cook, R. et al. An ancient genome of Streptococcus pyogenes from a pre-Columbian Bolivian mummy. Nat Commun 17, 4516 (2026). https://doi.org/10.1038/s41467-026-71603-9

Mots-clés: ADN ancien, Streptococcus pyogenes, Amériques précolombiennes, microbiome de momie, évolution des agents pathogènes