Assemblage du génome au niveau chromosomique de la roussette de Leschenault (Rousettus leschenaultii)

Chauves‑souris, gènes et monde en mutation

La roussette de Leschenault est une chauve‑souris frugivore qui se réfugie dans des grottes, traverse les parcs urbains et contribue à disperser des graines dans les paysages tropicaux. Ses effectifs, autrefois considérés comme stables, sont désormais en déclin. Pour comprendre comment cet animal adaptable fait face aux changements environnementaux — et comment le protéger au mieux — les chercheurs ont besoin d’un plan génétique détaillé. Cette étude livre exactement cela : une carte de l’ADN de haute qualité, au niveau chromosomique, ouvrant une fenêtre sur son évolution, sa santé et son avenir.

Pourquoi cette roussette de grotte compte

La roussette de Leschenault vit en colonies immenses pouvant compter des milliers d’individus, depuis les forêts d’Asie du Sud‑Est jusqu’aux milieux urbains. Elle joue un rôle discret mais essentiel dans les écosystèmes en dispersant les graines et en pollinisant les plantes lorsqu’elle se nourrit de fruits et de fleurs. Elle présente aussi des traits inhabituels pour une roussette, comme une croissance rapide des ailes après la naissance et une forme d’écholocation fondée sur des clics de langue. Des évaluations récentes de son statut de conservation l’ont fait passer de « préoccupation mineure » à « quasi menacée », posant des questions urgentes : comment cette espèce s’est‑elle adaptée si largement, et quelles vulnérabilités cachées pourraient se cacher dans son génome ?

Construire un plan génétique

Pour répondre à ces questions, les chercheurs ont d’abord prélevé des tissus sur une chauve‑souris morte naturellement dans une grotte du Yunnan, en Chine. À partir de cet échantillon musculaire, ils ont extrait l’ADN et l’ont lu en combinant plusieurs méthodes de séquençage de pointe. Le séquençage à lectures courtes a fourni de nombreux fragments précis mais petits, tandis que le séquençage à longues lectures a capturé des segments beaucoup plus longs aidant à combler les lacunes. Une troisième méthode, appelée Hi‑C, a enregistré quelles portions d’ADN se trouvent à proximité les unes des autres dans le noyau cellulaire, fournissant des indices sur l’ordre des fragments dans les chromosomes complets.

Des fragments aux chromosomes complets

Des outils informatiques ont ensuite assemblé ces données. Les longues lectures ont formé l’ossature de l’assemblage, tandis que des algorithmes ont identifié et retiré les segments dupliqués qui apparaissent parce que l’animal possède deux copies de chaque chromosome. Les profils de contacts Hi‑C ont agi comme un guide de puzzle 3D, aidant à ordonner et orienter les morceaux d’ADN en chromosomes entiers. Le résultat final est un génome d’environ 1,95 milliard de lettres d’ADN, soigneusement organisé en 17 chromosomes non sexuels plus X et Y. Les contrôles de qualité ont montré que plus de 96 % des gènes mammifères attendus étaient présents et correctement assemblés, et que presque toutes les lectures de séquençage pouvaient être alignées sur cette référence, indiquant une grande précision.

Répétitions, gènes et motifs cachés

L’équipe est allée au‑delà du simple alignement de lettres d’ADN. Elle a répertorié les séquences répétées — segments qui se copient et se déplacent dans le génome — et constaté qu’elles représentent un peu plus d’un tiers de l’ADN de la roussette. Les chercheurs ont ensuite prédit 19 625 gènes et aligné près de 98 % d’entre eux sur des bases de données protéiques et de familles de gènes existantes. Cette annotation étendue révèle quels gènes sont probablement impliqués dans l’immunité, le sens de l’odorat, le métabolisme et d’autres fonctions, et permet des comparaisons directes avec d’autres chauves‑souris et mammifères. En alignant ce nouveau génome avec un génome de roussette de Leschenault publié précédemment et avec un parent proche, la roussette égyptienne, les auteurs ont confirmé que la structure chromosomique globale est cohérente et que les principaux chromosomes sexuels sont correctement identifiés.

Une plateforme solide pour de futures découvertes

Le nouvel assemblage du génome de cette roussette est plus précis et plus complet que les versions antérieures, en faisant une référence fiable pour de nombreuses voies de recherche. Les chercheurs peuvent désormais rechercher des signatures génétiques expliquant comment l’espèce tolère différents climats, utilise le son et l’odorat pour se repérer, ou réagit aux maladies. Les biologistes de la conservation peuvent suivre l’évolution des populations et vérifier si des changements génétiques délétères s’accumulent à mesure que les habitats rétrécissent. En somme, l’étude fournit une base génétique puissante pour comprendre une chauve‑souris écologiquement importante à un moment où sa survie ne peut plus être tenue pour acquise.

Citation: Chen, L., Yang, G., Hou, S. et al. A chromosome-level genome assembly of the Leschenault’s rousette (Rousettus leschenaultii). Sci Data 13, 673 (2026). https://doi.org/10.1038/s41597-026-07043-3

Mots-clés: génomique des chauves‑souris, assemblage chromosomique, conservation des roussettes, séquençage du génome, adaptation évolutive