Cambios en los perfiles de resistencia a antimicrobianos de Escherichia coli y en el metagenoma en granjas de cerdos neerlandesas tras intervenciones sobre el uso de antimicrobianos

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Los antibióticos mantienen a los animales de granja sanos, pero su uso intensivo también puede favorecer bacterias que dejan de responder a los tratamientos. Este estudio siguió a granjas de cerdos neerlandesas que usaban muchos antibióticos y que participaron en un programa de asesoramiento para reducir su uso. Al monitorizar tanto bacterias intestinales comunes como todos los genes de resistencia presentes en el estiércol, los investigadores plantearon una pregunta simple pero crucial: si los ganaderos usan menos antibióticos, ¿disminuye realmente la resistencia en la granja y con qué rapidez?

Una mirada más cercana a la vida en granjas de alto consumo

El equipo de investigación trabajó con 45 granjas comerciales de cerdos en los Países Bajos que trataban a sus animales con antibióticos por encima de la media nacional. Algunas explotaciones criaban lechones destetados recientemente; otras criaban cerdos más adultos destinados al matadero. Durante aproximadamente uno o dos años, veterinarios y asesores orientaron al equipo de gestión de cada granja. Juntos diseñaron cambios prácticos —como mejorar el alojamiento, la higiene o las rutinas de tratamiento— destinados a prevenir enfermedades y reducir la necesidad de antibióticos, en vez de limitarse a decir a los ganaderos “usen menos”.

Cómo midió el equipo la resistencia

Para comprender lo que ocurría por debajo de la superficie, los científicos recogieron estiércol fresco de las naves al inicio y al final del periodo de intervención. En el laboratorio estudiaron la resistencia a antimicrobianos de dos maneras. Primero, aislaron Escherichia coli, una bacteria intestinal muy común, y probaron cuántas de esas cepas podían crecer en presencia de distintos antibióticos. Segundo, emplearon un enfoque metagenómico: en lugar de centrarse en una sola especie, secuenciaron todo el ADN de las muestras de estiércol agrupadas para contabilizar los genes de resistencia presentes en toda la comunidad microbiana, a menudo llamada “resistoma”. Esto les permitió ver no solo E. coli resistentes, sino también el reservorio más amplio de genes que podrían propagarse a otras bacterias.

Qué cambió cuando bajó el uso de antibióticos

En las granjas, el uso de antibióticos descendió durante el estudio, confirmando que el asesoramiento y las medidas adaptadas a cada granja ayudaron a reducir los tratamientos. Los datos metagenómicos mostraron que el número total de genes de resistencia en las comunidades intestinales de los cerdos también disminuyó con el tiempo, especialmente los genes que protegen a las bacterias frente a tetraciclinas y aminoglucósidos, dos familias importantes de antibióticos. En las granjas con lechones destetados, también se redujeron genes vinculados a los antibióticos beta-lactámicos. Para algunos tipos de antibióticos, como los relacionados con la colistina, no se detectaron genes de resistencia. En contraste, la resistencia medida directamente en E. coli fue más heterogénea: para la mayoría de antibióticos los cambios fueron pequeños, y en algún caso la resistencia fue ligeramente mayor al final del estudio, aunque esos fármacos se usaban rara vez o nunca en cerdos.

Relacionando el uso en la granja con la resistencia microbiana

Para profundizar, los investigadores compararon cuánto de cada clase de antibiótico había utilizado una granja en los seis meses previos al muestreo con los niveles de resistencia que midieron. Encontraron relaciones claras: un mayor uso de tetraciclinas iba acompañado de más resistencia a tetraciclinas, tanto en las pruebas con E. coli como en el conjunto de genes de resistencia. Aparecieron conexiones similares entre el uso de macrólidos y los genes de resistencia correspondientes, entre el uso de beta-lactámicos y ciertas E. coli resistentes a beta-lactámicos, y entre el uso de colistina y E. coli resistentes a colistina. Estos patrones se mantuvieron incluso tras corregir por grupo de edad de los cerdos, estación y tendencias temporales generales, lo que sugiere que las prácticas actuales de uso de antibióticos en una granja moldean su panorama de resistencia, aunque no son el único factor.

Por qué la historia no es simple ni inmediata

Los hallazgos también muestran que la resistencia no desaparece en cuanto baja el uso de antibióticos. Las historias de tratamientos pasados, la higiene de la granja, las condiciones de alojamiento y la propia biología de los genes de resistencia influyen. Algunos genes de resistencia pueden permanecer de forma estable en bacterias intestinales durante largos periodos con poco coste para los microbios, por lo que pueden persistir incluso cuando disminuye la presión selectiva. El periodo de seguimiento del estudio —aproximadamente uno o dos años— puede no ser suficiente para observar el efecto completo de la reducción del uso de antibióticos, especialmente a lo largo de varias generaciones de cerdos. Aun así, el descenso sostenido en el número total de genes de resistencia sugiere que la comunidad microbiana está cambiando lentamente en una dirección más favorable para la salud.

Qué significa esto para animales, ganaderos y personas

En términos claros, el estudio muestra que una mejor gestión del uso de antibióticos en granjas de cerdos puede reducir de forma medible el conjunto de genes de resistencia en un periodo relativamente corto, aunque las bacterias más visibles, como E. coli, no se vuelvan inmediatamente totalmente susceptibles. Formar a los ganaderos para mejorar la salud del rebaño y depender menos de tratamientos rutinarios conduce a menos genes de resistencia circulando en los intestinos y el estiércol de los animales, lo que a su vez reduce el riesgo de que bacterias difíciles de tratar se propaguen desde las granjas al entorno y, eventualmente, a las personas. Hacen falta estudios a más largo plazo, pero este trabajo refuerza un mensaje clave: un uso más inteligente de antibióticos en las granjas es una medida práctica y alcanzable para proteger tanto el bienestar animal como la salud humana frente a la creciente amenaza de la resistencia a los antimicrobianos.

Cita: Luiken, R., Prinsen, H., Dasari, S.N. et al. Changes in antimicrobial resistance profiles of Escherichia coli and the metagenome on Dutch pig farms after antimicrobial usage interventions. npj Antimicrob Resist 4, 26 (2026). https://doi.org/10.1038/s44259-026-00200-z

Palabras clave: resistencia a antimicrobianos, granjas de cerdos, gestión de antibióticos, Escherichia coli, metagenómica