基于 DNA 和 RNA 的扩增子测序：重度早幼儿龋患儿上皮下及牙本质病变牙菌斑的配对分析

为什么幼儿严重蛀牙很重要

幼儿期的龋齿远不只是美容问题。重度早幼儿龋（S-ECC）可以毁坏乳牙，导致剧烈疼痛，影响睡眠和进食，甚至需要在全身麻醉下治疗。本研究提出了一个简单但关键的问题：哪些微生物不仅存在于龋洞中，而且在深层真正损害儿童的牙齿？它们与牙面表层寄居的微生物有何不同？

超越常见嫌疑者

几十年来，一个主要“罪魁祸首”——变异链球菌（Streptococcus mutans）被认为是龋齿的元凶。但牙医和科学家现在知道，龋齿是由整套细菌群落驱动的，这些细菌以糖为食并产生酸。在 S-ECC 中，蛀蚀从外层釉质快速蔓延到较软的内层牙本质，基本上从内部掏空牙齿。本研究团队关注儿童（六岁以下）牙齿中那一深层受损区，比较严重龋坏牙齿牙本质内的细菌与邻近牙面——即齿颈上菌斑（supragingival plaque）上的细菌。

分层取样：来自小患者的微量样本

研究者与 13 名需要在全身麻醉下拔除多颗牙以治疗 S-ECC 的儿童合作。从每位儿童的同一颗牙上采集两份样本：来自外表面的菌斑和拔牙后从牙本质深处刮取的菌斑。随后他们使用现代基因技术读取细菌标志基因 16S rRNA 的两种形式。一种来自 DNA，可显示哪些物种存在（无论存活与否）；另一种来自 RNA，RNA 在体内易降解且仅由代谢活跃的细胞产生，因此可反映哪些细菌当前处于活跃、代谢“启动”状态。

更简单但更严酷的牙本质深层环境

当团队比较表面和牙本质深层的微生物群落时，发现深层病变的细菌种类总体更少，但在不同儿童之间表现得更为相似。换言之，随着蛀蚀向内侵袭，群落变得多样性降低且趋于一致，更有利于少数耐受力强的微生物生存。这些幸存者适应了黑暗、保护性且缺氧的微环境，并长期浸泡在由持续糖分分解产生的酸中。相比之下，表面菌斑包含更丰富、多样的物种组合，且在儿童间差异更大，反映了口腔中不断变化的条件。

哪些细菌真正造成损害？

通过比较 RNA 与 DNA，研究者能够区分仅仅存在的细菌与那些特别活跃的细菌。若干已知与龋病相关的类群（包括 Streptococcus 和 Prevotella）在牙本质中富集，但它们的 RNA 水平表明在该处仅呈中等活性。相比之下，Lactobacillus 组的细菌——尤其是鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus casei）——在牙本质中既表现出更高的丰度，又显示出显著偏高的 RNA/ DNA 比率，提示强烈的代谢活性。另一种物种，Oribacterium sp. HMT-078，也在深层病变中持续富集并更为活跃。综上，研究结果指向 L. casei 与该类 Oribacterium 为在极酸性条件下溶解牙本质、维持病变环境的关键参与者。

对保护幼齿的启示

对非专业读者来说，结论是：婴幼儿最严重的那类龋齿看来并非由任何常见的龋病细菌单独造成，而是由一群专门适应牙本质深处极酸环境的微生物驱动。鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus casei）及其相关物种似乎是特别活跃的罪魁，与其他产酸菌协同作用。了解在牙齿崩解处哪些细菌最活跃，有助于指导未来的策略——从有针对性的预防和饮食建议，到旨在破坏这些深层嗜酸群落、在它们摧毁儿童牙齿之前制止其发展的新型治疗方法。

引用: Naumann, A.A., Elmorr, E.M., Lamont, E.I. et al. DNA and RNA-based amplicon sequencing of paired supragingival and dentin lesion plaque in children with severe early childhood caries. Int J Oral Sci 18, 19 (2026). https://doi.org/10.1038/s41368-025-00421-4

关键词: 早幼儿龋, 口腔微生物组, 牙本质菌斑, 鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus casei）, 儿童龋齿