O genoma T2T do porco Neijiang revela a história da domesticação e traços de germoplasma de raças locais do Sudoeste da China

Por que o genoma de um porco importa para as pessoas

Porcos não são apenas uma fonte importante de carne; também são modelos fundamentais para entender genética, evolução e até doenças humanas. Este estudo fornece o primeiro genoma quase sem lacunas, "telômero a telômero" (T2T), do porco Neijiang, uma raça tradicional do Sudoeste da China. Ao ler esse genoma de ponta a ponta, os pesquisadores podem traçar como esses animais foram moldados pela história, pelo ambiente e pela seleção — e usar esse conhecimento para proteger porcos locais raros enquanto melhoram rebanhos futuros.

Um mapa detalhado de um porco tradicional chinês

O porco Neijiang é criado na província de Sichuan há cerca de 1.800 anos e é valorizado por sua alta fertilidade, rusticidade e formato distintivo da cabeça. Ainda assim, como muitas raças tradicionais, tem sido ofuscado por porcos comerciais modernos, colocando em risco sua diversidade genética. Genomas de referência anteriores para porcos baseavam‑se em raças europeias e diferem em cerca de 7% dos porcos asiáticos, limitando seu uso para estudar os animais locais da China. Neste trabalho, os cientistas combinaram métodos avançados de sequenciamento de DNA para construir uma referência altamente precisa especificamente para o Neijiang, denominada NJP-T2T.

Construindo um genoma de ponta a ponta

Para montar o NJP-T2T, a equipe usou leituras longas e precisas do sequenciamento PacBio HiFi, leituras ultra‑longas do Oxford Nanopore e mapas de contato 3D do genoma obtidos por Hi‑C. Primeiro criaram longos trechos contínuos de sequência de DNA e depois usaram dados de contato cromossômico para organizá‑los em 19 cromossomos (18 autossomos mais o cromossomo X). As leituras Nanopore foram então usadas para fechar quase todas as lacunas restantes, deixando apenas uma pequena lacuna de 500 bases em um cromossomo. O genoma final, com cerca de 2,55 bilhões de bases, apresenta excelente precisão e completude, superando a referência padrão de porco quando dados de raças chinesas e estrangeiras são alinhados a ele.

Regiões ocultas e famílias gênicas especiais

Uma vantagem de um genoma T2T é que ele revela regiões que antes estavam ausentes ou mal montadas, incluindo os trechos altamente repetitivos encontrados no centro (centrômeros) e nas extremidades (telômeros) dos cromossomos. Nos porcos Neijiang, os pesquisadores mapearam centrômeros em todos os cromossomos ao rastrear padrões como baixa densidade gênica, repetições densas e sequências satélite características, e confirmaram estruturas de telômeros em cada ponta cromossômica. Também identificaram mais de mil genes em regiões que genomas antigos haviam deixado irresolvidas. Comparando o Neijiang com outras raças de porco, o estudo encontrou 75 famílias gênicas e mais de 300 genes exclusivos dessa raça, muitos envolvidos na percepção do ambiente, imunidade, metabolismo e envelhecimento — traços que provavelmente sustentam sua robustez e adaptabilidade.

Da história populacional à fertilidade e formato da cabeça

Com esse genoma detalhado, a equipe examinou um rebanho de conservação de porcos Neijiang. Encontraram diversidade genética moderada e endogamia geralmente baixa, embora alguns indivíduos mostrassem sinais de endogamia passada, ressaltando a necessidade de manejo cuidadoso. Usando estudos de associação genômica ampla, vincularam locais específicos do DNA ao tamanho das ninhadas e ao número de leitões nascidos vivos, identificando genes envolvidos no desenvolvimento embrionário inicial como alvos promissores para a seleção. Também investigaram uma das características mais marcantes da raça: formas contrastantes de cabeça, que variam de um tipo curto e enrugado, conhecido como “cabeça de leão”, a uma forma mais longa e lisa. Ao comparar porcos com tipos de cabeça extremos, detectaram fortes sinais de seleção próximos a aglomerados de genes de receptores olfativos — genes que ajudam os porcos a cheirar. Vários desses genes olfativos são mais ativos em porcos com focinhos mais longos, sugerindo que mudanças nas práticas locais de alimentação e na dependência do olfato podem ter contribuído para a evolução do formato da cabeça.

O que isso significa para porcos e pessoas

Para não especialistas, a conclusão é que NJP-T2T é semelhante a um mapa de altíssima resolução de um porco regional raro. Ele mostra como séculos de criação e ambiente esculpiram o corpo e o comportamento do Neijiang e revela alavancas genéticas que influenciam fertilidade, resiliência e até a forma do crânio. Esse mapa ajudará a conservar uma raça chinesa de importância cultural, guiará programas de melhoramento mais precisos e sustentáveis e enriquecerá uma biblioteca crescente de genomas animais completos que aprofundam nosso entendimento da domesticação e adaptação.

Citação: Chen, D., Cui, S., Zhao, Z. et al. The Neijiang pig T2T genome reveals domestication history and germplasm traits of Southwest Chinese local breeds. Commun Biol 9, 278 (2026). https://doi.org/10.1038/s42003-026-09557-3

Palavras-chave: Porco Neijiang, montagem do genoma, domesticação, traços reprodutivos, morfologia da cabeça