マダガスカルの果実コウモリにおけるピコルナウイルスとサポウイルスの多様性を駆動する共進化と宿主交替

コウモリ由来ウイルスが私たちに関係する理由

コウモリは、他の動物や人間には危険になり得るウイルスと共存する驚くべき能力を持っています。これらのウイルスがどのように進化し、宿主間を移動するかを理解することは、将来の疾病リスクを予測するうえで重要です。本研究は、マダガスカルの果実コウモリが保有する腸管ウイルスの未知の世界を探り、コウモリとウイルスの古くからの関係性と、時折起こる宿主ジャンプが豊かで秩序あるウイルス生態系を生み出したことを示します。

島嶼のコウモリとその目に見えない寄生者たち

マダガスカルは、アフリカ大陸から数千万年にわたって隔絶されてきたことで独特の野生生物で知られます。同じ隔絶が、その動物たちに寄生するウイルスの形も作ってきた可能性があります。研究者らはマダガスカル固有の3種の果実コウモリに着目し、単純な問いを投げかけました：彼らはどんな腸管ウイルスを保有しており、それらはアフリカ大陸や他の動物で既に知られているウイルスとどのような関係にあるのか？対象はピコルナウイルスとサポウイルスの2つのウイルス科に絞られました。これらは多くの哺乳類で腸や肝臓の疾患を引き起こし得ますが、コロナウイルスのような注目株に比べコウモリではこれまであまり研究されていません。

コウモリの糞からウイルスゲノムを読み取る

数年にわたり研究チームはマダガスカル各地の洞窟や営巣地で800を超える糞便および尿サンプルを収集しました。個別のウイルスを一つずつ検出するのではなく、サンプル中の全ての遺伝物質を読み取る広範な「メタゲノミクス」手法を用い、高性能なコンピュータ解析でどの断片がどのウイルスに属するかを特定しました。その結果、13件の完全ゲノムと38件の部分ゲノムを再構築しました。これらの配列は、肝炎ウイルス様のヘパトウイルスやコブウイルスなど複数のピコルナウイルス類やサポウイルスを含む意外に多様なウイルスタイプに属しており、マダガスカルの果実コウモリ集団内で静かに循環していることが分かりました。

海を越えた系統樹

これらのウイルスの起源を理解するために、研究者らは新たに得られたゲノムを世界中の何百もの参照ウイルスと比較して系統樹を作成しました。繰り返し明らかになったのは、マダガスカルのコウモリ由来ウイルスは人や家畜のウイルスよりも、むしろ本土アフリカの近縁コウモリ種で見つかるウイルスと近縁であるという点です。例えば、マダガスカルのEidolon属やRousettus属のコウモリから得られたウイルスは、それらのアフリカの姉妹種であるEidolon helvumやRousettus aegyptiacus由来ウイルスのそばにクラスタリングしました。これは、ウイルス系統が長期間にわたりコウモリの系統に沿って追随してきたこと、すなわち共進化（co-speciation）と呼ばれるパターンを示唆しており、頻繁に多種間を跳び回っているわけではないことを示しています。

ウイルスが宿主を乗り換えるとき

とはいえ、物語は完全な忠実性だけではありません。ウイルス系統樹と宿主系統樹を比較し、ゲノムを混合の痕跡についてスキャンしたところ、宿主交替や組換えの痕跡が検出されました。これはウイルスが新たな宿主種に進入した瞬間や、関連ウイルスと遺伝断片を入れ替えた場面を示します。これらの事象は特に、ウイルスと宿主免疫系の相互作用や感染可能な種に影響することで知られる特定のゲノム領域で顕著でした。興味深いことに、たとえ一部のマダガスカルのコウモリ種が洞窟や採餌地を共有していても、研究者らは同一のウイルス株が今日それらの間で自由に循環している証拠をほとんど見ませんでした。むしろ各コウモリ種はそれぞれ独自のウイルス群を抱えている傾向があり、大半の種間ジャンプはより古い過去に起きたか、アフリカ本土とマダガスカル間のモザンビーク海峡を越えて起きた可能性を示唆しています。

人の健康にとっての意味

現時点で、これらのコウモリから明らかになったウイルス系統は人に感染することで知られる系統からは距離があります。これらは特定のコウモリ宿主に特化しており、長期にわたる共進化によって形作られ、時折の宿主ジャンプがあるにとどまるようです。とはいえ、リスクが全くないわけではありません。マダガスカルやアフリカの一部では人々が食用にコウモリを狩ることがあり、組換えイベントが新たでより適応力のあるウイルスの出現に先行する場合もあります。しかし本研究の主要なメッセージは、これらコウモリウイルスの多様化の多くが、絶え間ない無秩序な流出ではなく、ゆっくりとした共通の進化史に由来するという点です。その隠れた歴史を地図化することは、どのウイルス群が人間へ越境しやすいか、どれがコウモリの独自の島嶼マイクロバイオームにとどまる傾向があるかを判断するための重要な一歩です。

引用: Kettenburg, G., Ranaivoson, H.C., Andrianiaina, A. et al. Co-speciation and host-switching drives diversity of picornaviruses and sapoviruses in Malagasy fruit bats. Sci Rep 16, 6583 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-025-34969-2

キーワード: コウモリウイルス, マダガスカル, ウイルス進化, 宿主交替, 人獣共通感染症リスク