Co-speciazione e salti di ospite guidano la diversità dei picornavirus e dei sapovirus nei pipistrelli frugivori malgasci

Perché i virus dei pipistrelli ci riguardano

I pipistrelli hanno un’inaspettata capacità di convivere comodamente con virus che possono risultare pericolosi per altri animali, compreso l’uomo. Capire come questi virus evolvono e si spostano tra gli ospiti è fondamentale per anticipare future minacce sanitarie. Questo studio esplora un mondo nascosto di virus intestinali trasportati dai pipistrelli frugivori del Madagascar e mostra come antiche relazioni tra pipistrelli e virus, insieme a salti di ospite occasionali, abbiano creato un ecosistema virale ricco e fortemente strutturato.

Pipistrelli insulari e i loro passeggeri invisibili

Il Madagascar è famoso per la sua fauna peculiare, plasmata da decine di milioni di anni di isolamento dal continente africano. Questo stesso isolamento ha probabilmente modellato anche i virus che vivono nei suoi animali. I ricercatori si sono concentrati su tre specie di pipistrelli frugivori presenti solo in Madagascar e si sono posti una domanda semplice: quali virus intestinali ospitano e come si relazionano a quelli già noti nei pipistrelli africani e in altri animali? Hanno focalizzato l’attenzione su due famiglie virali, i picornavirus e i sapovirus, che possono causare malattie intestinali e epatiche in molti mammiferi ma sono stati studiati molto meno nei pipistrelli rispetto a virus più noti come i coronavirus.

Leggere i genomi virali dalle feci dei pipistrelli

Nel corso di diversi anni, il team ha raccolto oltre 800 campioni di feci e urine da pipistrelli in grotte e siti di roosting in tutto il Madagascar. Invece di cercare un virus per volta, hanno usato una scansione metagenomica ampia, che legge tutto il materiale genetico presente in un campione e poi utilizza potenti strumenti informatici per identificare quali frammenti appartengono a quali virus. Da questo lavoro hanno ricostruito 13 genomi virali completi e 38 parziali. Queste sequenze appartenevano a una gamma sorprendentemente ampia di tipi virali, inclusi diversi tipi di picornavirus — come hepatovirus e kobuvirus — oltre a sapovirus, tutti circolanti discretamente nelle colonie di pipistrelli frugivori malgasci.

Alberi genealogici attraverso gli oceani

Per capire da dove provenissero questi virus, gli scienziati hanno costruito “alberi” evolutivi confrontando i nuovi genomi con centinaia di virus di riferimento provenienti da tutto il mondo. Ripetutamente, hanno trovato che i virus nei pipistrelli malgasci erano più strettamente imparentati non con quelli umani o del bestiame, ma con virus trovati in specie di pipistrelli strettamente correlate del continente africano. Per esempio, i virus provenienti dai pipistrelli malgasci dei generi Eidolon e Rousettus si raggruppavano accanto a virus delle loro specie sorelle africane, Eidolon helvum e Rousettus aegyptiacus. Questo suggerisce che le linee virali hanno seguito le linee dei pipistrelli per lunghi periodi, un modello noto come co-speciazione, piuttosto che saltare continuamente tra molti ospiti diversi.

Quando i virus cambiano ospite

La storia non è però fatta di fedeltà assoluta. Confrontando gli alberi virali e degli ospiti e scandagliando i genomi alla ricerca di segni di mescolanza, il team ha rilevato tracce di salti di ospite e ricombinazione — momenti in cui un virus è passato a una nuova specie ospite o ha scambiato segmenti genetici con un virus affine. Questi eventi erano particolarmente evidenti in alcune regioni del genoma note per influenzare come i virus interagiscono con il sistema immunitario dell’ospite e quali specie possono infettare. Interessante è che, sebbene alcune specie di pipistrelli malgasci condividano grotte e aree di alimentazione, i ricercatori hanno osservato poche prove che gli stessi ceppi virali circolino liberamente tra di esse oggi. Piuttosto, ogni specie tende a ospitare il proprio insieme di virus, suggerendo che la maggior parte dei salti tra specie sia avvenuta in un passato più remoto o attraverso il canale del Mozambico tra pipistrelli africani e malgasci.

Cosa significa per la salute umana

Per il momento, le linee virali scoperte in questi pipistrelli sono distanti da quelle note per infettare l’uomo. Sembrano specializzate in particolari ospiti pipistrelliformi, plasmate da una co-evoluzione a lungo termine con soltanto salti occasionali. Questo non significa che non comportino alcun rischio — in Madagascar e in parti dell’Africa le persone cacciano i pipistrelli per alimentazione, e gli eventi di ricombinazione possono talvolta precedere l’emergere di nuovi virus più adattabili. Ma il messaggio principale di questo lavoro è che la maggior parte della diversificazione in questi virus dei pipistrelli deriva da una storia evolutiva condivisa e lenta, piuttosto che da continui e caotici travasi. Mappare quella storia nascosta è un passaggio cruciale per valutare quali gruppi virali hanno maggiore probabilità di saltare all’uomo e quali sono destinati a rimanere parte del microbioma unico dei pipistrelli insulari.

Citazione: Kettenburg, G., Ranaivoson, H.C., Andrianiaina, A. et al. Co-speciation and host-switching drives diversity of picornaviruses and sapoviruses in Malagasy fruit bats. Sci Rep 16, 6583 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-025-34969-2

Parole chiave: virus dei pipistrelli, Madagascar, evoluzione virale, salto di ospite, rischio zoonotico