Dieta e fattori ambientali guidano congiuntamente il microbioma intestinale, il resistoma e il viruloma dei pipistrelli urbani

Perché i pipistrelli cittadini sono importanti per la salute umana

Con l'espansione delle città, gli esseri umani vivono più vicini che mai alla fauna selvatica. Tra i nostri vicini più trascurati ci sono i pipistrelli che si rifugiano sotto i ponti e negli edifici. Questi animali solcano ogni notte i cieli urbani e rurali, nutrendosi di insetti che possono trasportare tracce di prodotti chimici agricoli e antibiotici. Questo studio pone una domanda di grande attualità: in che modo la vita cittadina e la dieta modellano i microbi intestinali dei pipistrelli — e i geni che possono rendere i batteri resistenti ai farmaci o più patogeni — e cosa potrebbe significare tutto ciò per la salute pubblica?

Che cosa hanno voluto esplorare gli scienziati

I ricercatori nel nord-est della Cina si sono concentrati sul pipistrello vietnamita a macchie (Asian particolored bat), una specie che spesso vive in grandi colonie riproduttive su strutture urbane. Hanno raccolto campioni fecali da 60 pipistrelli durante gravidanza, parto e lattazione, e da colonie rurali vicine e da individui subadulti. Invece di cercare singoli microrganismi, hanno usato approcci “meta-omici” — leggendo tutto il DNA nei campioni — per mappare tre elementi contemporaneamente: il microbioma intestinale (tutti i batteri presenti), il “resistoma” (i geni di resistenza agli antibiotici) e il “viruloma” (i geni che possono aumentare la capacità dei batteri di causare malattia). Hanno inoltre ricostruito la dieta dei pipistrelli tramite DNA di insetti e misurato dozzine di residui di antibiotici nelle feci.

Cosa vive nell’intestino di un pipistrello

Il team ha scoperto che gli intestini di questi pipistrelli urbani sono pieni di batteri diversi e di numerosi geni di resistenza e virulenza, a livelli paragonabili a quelli osservati in ambienti inquinati come acque reflue o letame zootecnico. La maggior parte dei batteri intestinali apparteneva a pochi gruppi principali, con generi come Clostridium, Klebsiella, Enterobacter, Lactococcus ed Escherichia particolarmente comuni. I geni di resistenza coprivano una vasta gamma di classi di farmaci, incluse resistenze multidroga e ai chinoloni, mentre i geni di virulenza erano collegati a tratti come l’adesione ai tessuti dell’ospite, la mobilità all’interno del corpo e l’evasione del sistema immunitario. Tuttavia, esaminando dove questi geni si trovano nei genomi batterici, la maggior parte era localizzata su cromosomi o plasmidi non mobili e raramente associata a elementi genetici mobili, suggerendo che la loro capacità di trasferirsi tra batteri è limitata.

Vita cittadina, luogo e tempo modellano il pool genico nascosto

Lo studio ha poi confrontato pipistrelli provenienti da due aree rurali con quelli della città. La geografia si è rivelata importante: i tre siti differivano marcatamente nelle comunità batteriche così come nei modelli di geni di resistenza e virulenza. Un sito rurale mostrava in realtà la raccolta più ricca di tali geni, suggerendo che l’inquinamento locale o le pratiche agricole lì potrebbero essere più intense rispetto alla città vicina. Durante la stagione riproduttiva — dalla fine della gravidanza allo svezzamento — la comunità intestinale dei pipistrelli è cambiata. Sia i geni di resistenza sia quelli di virulenza sono generalmente aumentati nel tempo, seguendo i cambiamenti in gruppi batterici chiave, in particolare Clostridium. Le analisi statistiche indicano che questi schemi non sono casuali: sono guidati da pressioni consistenti dell’ambiente, piuttosto che da un rimescolamento dovuto al caso.

Dieta e antibiotici come motori silenziosi

Poiché questi pipistrelli sono voraci mangiatori di insetti, i ricercatori hanno esaminato come il cibo e i residui farmacologici si incrocino con il pool genico intestinale. Il DNA barcoding ha rivelato che i pipistrelli consumavano insetti appartenenti ad almeno 16 ordini, dominati da mosche e falene. La dieta è diventata più varia dalla gravidanza alla lattazione, probabilmente riflettendo bisogni energetici maggiori e cambiamenti stagionali nella disponibilità di insetti. Le analisi chimiche hanno mostrato che le feci contenevano diverse classi di antibiotici, in particolare sulfamidici, chinoloni e macrolidi, con livelli più alti nei pipistrelli urbani rispetto alla maggior parte di quelli rurali. La composizione della dieta corrispondeva fortemente ai profili antibiotici, suggerendo che ciò che i pipistrelli mangiano li espone a residui di farmaci. A loro volta, specifici antibiotici erano correlati alla presenza e all’abbondanza dei corrispondenti geni di resistenza — per esempio, le concentrazioni di aminoglicosidi aumentavano in parallelo con i geni di resistenza agli aminoglicosidi — indicando che l’esposizione alimentare agli antibiotici seleziona batteri resistenti nell’intestino.

Ciò che sembra contare meno

Il team ha anche indagato se tratti individuali dei pipistrelli — come sesso, età, dimensione corporea o stato riproduttivo — modificassero il microbioma intestinale o il contenuto di geni di resistenza e virulenza. Nel loro dataset, queste caratteristiche dell’ospite hanno avuto poca influenza. I pipistrelli subadulti, appena svezzati e che cominciavano a cercare cibo da soli, portavano già profili di geni di resistenza e virulenza simili agli adulti. Gli autori suggeriscono che i rifugi condivisi, gli ampi movimenti notturni e l’esposizione comune alle stesse prede insetto e agli inquinanti ambientali possono sovrastare sottili differenze tra individui.

Cosa significa per le persone e gli ecosistemi

Per un lettore non specialistico, la conclusione chiave è che i pipistrelli che vivono in città non sono solo controllori di insetti: i loro intestini rispecchiano le pressioni chimiche e microbiche degli ambienti che usano. Dieta e habitat, più che la biologia dei pipistrelli, indirizzano quali microbi e quali geni di resistenza o di virulenza prosperano al loro interno. Sebbene i geni che trasportano sembrino aver una capacità limitata di trasferirsi tra batteri, i risultati evidenziano comunque i pipistrelli come sentinelle del trasferimento di antibiotici e inquinanti da fattorie, città e corsi d’acqua alla fauna selvatica. Monitorare questi animali ci aiuta a capire come il nostro uso di antibiotici e di altre sostanze chimiche riverberi negli ecosistemi urbani — e come, in ultima analisi, possa ricadere sulla salute umana.

Citazione: Huang, L., Pu, YT., Zhao, YH. et al. Diet and environmental factors jointly drive the gut microbiome, resistome, and virulome of urban bats. npj Biofilms Microbiomes 12, 61 (2026). https://doi.org/10.1038/s41522-026-00930-y

Parole chiave: pipistrelli urbani, microbioma intestinale, germi di resistenza agli antibiotici, inquinamento ambientale, sanità unica della fauna selvatica