Prévalence et schémas de résistance aux antimicrobiens chez les populations de la faune sauvage en Afrique : une revue systématique

Pourquoi les animaux sauvages sont importants pour la résistance aux antibiotiques

On parle souvent de la résistance aux antibiotiques dans les hôpitaux et les fermes, mais les animaux sauvages partagent les mêmes paysages, boivent la même eau et traversent les mêmes frontières que les personnes et le bétail. Cette étude rassemble des décennies de recherches dispersées pour poser une question simple mais essentielle : dans quelle mesure les bactéries résistantes aux antibiotiques sont‑elles présentes chez la faune sauvage africaine, et qu’est‑ce que cela nous dit sur l’environnement au sens large ? Les réponses importent pour quiconque s’intéresse à la sécurité alimentaire, à la conservation ou à l’efficacité future de médicaments vitaux.

Un regard à l’échelle du continent

Les auteurs ont procédé à une recherche systématique dans les principales bases de données scientifiques et ont examiné 4 802 articles pour identifier les études ayant testé des bactéries prélevées sur des animaux sauvages libres en Afrique. Seules 61 études, provenant de 21 des 54 pays africains, ont répondu aux critères. La plupart provenaient d’Afrique du Nord et de l’Ouest, avec relativement peu d’études dans les régions centrales ou australes, et presque aucune dans des habitats véritablement intacts. Les recherches se sont principalement appuyées sur des échantillons de crottes d’animaux, collectés de manière opportuniste dans des zones protégées ou à proximité de villages, de fermes et de décharges. Cette couverture inégale signifie que nous en savons beaucoup plus sur la faune vivant près des humains que sur les animaux des écosystèmes reculés.

Ce que les scientifiques ont trouvé chez les animaux sauvages

Dans l’ensemble des études, les chercheurs ont isolé 55 espèces bactériennes différentes à partir d’oiseaux, de singes, d’herbivores, de chauves‑souris, de rongeurs et d’autres animaux sauvages. Une bactérie intestinale commune, Escherichia coli, a été de loin la plus étudiée. Lorsque les auteurs ont combiné les données de 27 études qui rapportaient des comptes clairs d’isolats résistants et non résistants, ils ont constaté qu’environ 59 % des échantillons bactériens provenant de la faune africaine étaient résistants à au moins un antibiotique. En ne retenant que les travaux plus récents (après 2010), l’estimation monte à environ 65 %. Pour E. coli spécifiquement, environ six isolats sur dix présentaient une résistance. Plus inquiétant encore, près d’un quart des isolats testés dans un sous‑ensemble d’études résistaient à plusieurs classes d’antibiotiques simultanément, un schéma connu sous le nom de résistance multirésistante.

Animaux différents, risques différents

Le niveau de résistance variait nettement selon les groupes d’animaux, reflétant leurs modes de vie et leurs habitats. Les grands mammifères herbivores, qui se déplacent souvent dans des savanes relativement peu perturbées, affichaient la plus faible prévalence agrégée de bactéries résistantes, autour de 25 %. Les primates non humains, qui partagent fréquemment l’espace et parfois la nourriture avec les humains, présentaient un taux plus élevé, d’environ 35 %. Les oiseaux sauvages étaient en tête, avec une estimation de 93 % des isolats bactériens testés montrant une résistance. Beaucoup d’oiseaux s’alimentent dans des décharges, des rejets d’eaux usées ou des champs agricoles et peuvent parcourir de longues distances, ce qui en fait des vecteurs plausibles de microbes résistants à travers les régions et même les continents. Ces schémas suggèrent que le contact avec les activités humaines — par les déchets, l’eau et les zones de pâturage partagées — influence fortement où la résistance apparaît chez la faune sauvage.

Lacunes dans nos connaissances

Malgré des procédures de laboratoire globalement solides, les études présentaient des angles morts notables. La plupart utilisaient un échantillonnage de commodité — collectant les animaux ou les crottes les plus faciles d’accès — plutôt que des méthodes conçues pour représenter des populations entières. Peu d’études ont enregistré des détails écologiques tels que l’alimentation, les déplacements ou le niveau précis de contacts avec les humains et le bétail, rendant difficile la mise en relation claire entre la résistance et des comportements ou environnements spécifiques. La recherche s’est également concentrée sur des bactéries associées aux humains comme E. coli et Klebsiella, avec une attention limitée aux agents pathogènes qui affectent principalement la santé de la faune. Il reste donc incertain si les animaux sauvages constituent des réservoirs à long terme maintenant des bactéries résistantes, des « passagers » temporaires qui les récupèrent sur des sites contaminés, ou des sentinelles précoces signalant des points chauds de pollution.

Ce que cela signifie pour les humains et la planète

Pour un lecteur général, le message clé est que la résistance aux antibiotiques ne se limite pas aux hôpitaux ou aux fermes ; elle est tissée à travers les paysages et se retrouve chez de nombreuses espèces sauvages à travers l’Afrique. La revue indique que les bactéries résistantes et multirésistantes sont répandues chez la faune, surtout dans les zones fortement modifiées par l’activité humaine. Cependant, comme la plupart des données proviennent d’un échantillonnage biaisé près des établissements humains et d’un nombre limité de pays, nous manquons encore d’une image claire de ce que représente une résistance « normale » dans les écosystèmes intacts, ou de la fréquence des échanges de bactéries entre la faune, le bétail et les humains. Les auteurs soutiennent que la faune doit être considérée comme un acteur dépendant du contexte dans ce problème — parfois victime de la pollution, parfois potentielle porteuse, parfois sentinelle utile. Ils appellent à une surveillance mieux conçue à l’échelle du continent qui intègre la faune aux systèmes existants de surveillance humaine et vétérinaire. De tels efforts, estiment‑ils, seront indispensables pour comprendre où la résistance émerge, comment elle se propage et comment protéger à la fois la santé humaine et la biodiversité dans un environnement partagé.

Citation: Mwangi, J.W., Kimeu, A., Moodley, A. et al. Prevalence and patterns of antimicrobial resistance among wildlife populations in Africa: a systematic review. npj Antimicrob Resist 4, 9 (2026). https://doi.org/10.1038/s44259-025-00179-z

Mots-clés: résistance aux antimicrobiens, faune sauvage, Afrique, One Health, bactéries