Le génome T2T du porc Neijiang révèle l’histoire de la domestication et les caractères germinaux des races locales du Sud-Ouest de la Chine

Pourquoi le génome d’un porc importe pour les humains

Les porcs ne sont pas seulement une source majeure de viande ; ils sont aussi des modèles essentiels pour comprendre la génétique, l’évolution et même les maladies humaines. Cette étude présente le premier génome presque sans lacunes, « télomère-à-télomère » (T2T), pour le porc Neijiang, une race traditionnelle du Sud-Ouest de la Chine. En lisant ce génome de bout en bout, les chercheurs peuvent retracer la manière dont ces animaux ont été façonnés par l’histoire, l’environnement et l’élevage — et utiliser ces connaissances pour protéger les porcs locaux rares tout en améliorant les troupeaux futurs.

Une carte détaillée d’un porc chinois traditionnel

Le porc Neijiang est élevé dans la province du Sichuan depuis environ 1 800 ans et est apprécié pour sa grande fécondité, sa robustesse et la forme distincte de sa tête. Pourtant, comme beaucoup de races traditionnelles, il a été éclipsé par les porcs commerciaux modernes, mettant en péril sa diversité génétique. Les génomes de référence antérieurs pour les porcs étaient basés sur des races européennes et diffèrent d’environ 7 % des porcs asiatiques, ce qui limite leur utilité pour étudier les animaux locaux de Chine. Dans ce travail, les scientifiques ont combiné des méthodes de séquençage d’ADN de pointe pour construire une référence très précise spécifiquement pour le porc Neijiang, appelée NJP-T2T.

Assembler un génome de bout en bout

Pour assembler NJP-T2T, l’équipe a utilisé des lectures longues mais précises du séquençage PacBio HiFi, des lectures ultra-longues d’Oxford Nanopore, et des cartes de contacts 3D du génome issues de la technologie Hi-C. Ils ont d’abord créé de longs segments de séquence d’ADN continue, puis utilisé les données de contacts chromosomiques pour les organiser en 19 chromosomes (18 autosomes plus le chromosome X). Les lectures Nanopore ont ensuite permis de fermer presque toutes les lacunes restantes, ne laissant qu’une minuscule lacune de 500 bases sur un chromosome. Le génome final, d’environ 2,55 milliards de lettres d’ADN, présente une excellente précision et complétude, surpassant la référence porcine standard lorsque des données provenant de races porcines chinoises et étrangères y sont alignées.

Régions cachées et familles de gènes particulières

Un avantage d’un génome T2T est qu’il révèle des régions auparavant manquantes ou mal assemblées, y compris les étendues hautement répétitives trouvées au centre des chromosomes (centromères) et à leurs extrémités (télomères). Chez le porc Neijiang, les chercheurs ont cartographié les centromères sur tous les chromosomes en suivant des motifs tels qu’une faible densité génique, des répétitions denses et des séquences d’ADN satellite caractéristiques, et ont confirmé la structure des télomères à chaque extrémité chromosomique. Ils ont également identifié plus d’un millier de gènes dans des régions que les anciens génomes laissaient non résolues. En comparant le Neijiang avec d’autres races porcines, l’étude a identifié 75 familles de gènes et plus de 300 gènes uniques à cette race, dont beaucoup participent à la perception de l’environnement, à l’immunité, au métabolisme et au vieillissement — des caractères qui soutiennent probablement sa rusticité et son adaptabilité.

De l’histoire des populations à la fertilité et à la forme de la tête

Fort de ce génome détaillé, l’équipe a examiné un troupeau de conservation de porcs Neijiang. Ils ont trouvé une diversité génétique modérée et un niveau d’endogamie généralement faible, bien que certains individus montrent des signes d’endogamie passée, soulignant la nécessité d’une gestion prudente. À l’aide d’études d’association à l’échelle du génome, ils ont relié des sites d’ADN spécifiques à la taille des portées et au nombre de porcelets nés vivants, identifiant des gènes impliqués dans le développement embryonnaire précoce comme des cibles prometteuses pour la sélection. Ils se sont aussi penchés sur l’une des caractéristiques les plus frappantes de la race : des formes de tête contrastées, allant d’un type court et ridé dit « tête de lion » à une forme plus longue et lisse. En comparant des porcs aux formes de tête extrêmes, ils ont détecté de forts signaux de sélection près de grappes de gènes de récepteurs olfactifs — des gènes qui aident le porc à sentir. Plusieurs de ces gènes olfactifs sont plus actifs chez les porcs au museau plus long, ce qui suggère que des changements dans les pratiques d’alimentation locales et la dépendance à l’odorat ont pu contribuer à l’évolution de la forme de la tête.

Que signifie ceci pour les porcs et pour les humains

Pour les non-spécialistes, l’essentiel est que NJP-T2T ressemble à une carte ultra haute résolution d’un porc régional rare. Elle montre comment des siècles d’élevage et d’environnement ont façonné le corps et le comportement du Neijiang et révèle des leviers génétiques qui influencent la fertilité, la résilience et même la forme du crâne. Cette carte aidera à conserver une race chinoise d’importance culturelle, à orienter un élevage porcin plus précis et durable, et à enrichir une bibliothèque croissante de génomes animaux complets qui approfondissent notre compréhension de la domestication et de l’adaptation.

Citation: Chen, D., Cui, S., Zhao, Z. et al. The Neijiang pig T2T genome reveals domestication history and germplasm traits of Southwest Chinese local breeds. Commun Biol 9, 278 (2026). https://doi.org/10.1038/s42003-026-09557-3

Mots-clés: Porc Neijiang, assemblage du génome, domestication, caractères reproductifs, morphologie de la tête