L’impact climatique du Quaternaire récent sur le génome de la fraise des bois (Fragaria vesca), une plante herbacée vivace

Les fraises, voyageurs du temps

Les fraises des bois paraissent fragiles, mais leur ADN porte le récit robuste d’un long voyage à travers des périodes glaciaires et des climats changeants. En lisant cet enregistrement génétique, les scientifiques peuvent voir comment ces plantes ont réagi lorsque d’immenses nappes de glace ont avancé puis reculé sur l’Europe. Cette histoire compte aujourd’hui : les mêmes caractéristiques qui ont permis autrefois aux fraises de résister au froid extrême et aux changements d’habitat peuvent déterminer leur capacité à supporter le réchauffement climatique moderne.

Suivre la piste des baies à travers l’Europe

Les chercheurs ont séquencé 200 plants de fraise des bois récoltés en forêts, prairies et bords de route dans la majeure partie de l’Europe. Le génome de chaque plante contenait des indices sur les lieux de vie de ses ancêtres et sur leurs déplacements au gré des périodes de réchauffement et de refroidissement. En comparant ces génomes, l’équipe a découvert que les fraises européennes se répartissent en deux grandes familles : un groupe occidental s’étendant de l’Espagne à la Grande-Bretagne et à la Scandinavie occidentale, et un groupe oriental qui va des Balkans et de la Roumanie jusqu’à la Finlande et le nord de la Norvège. Les plantes d’Europe centrale et de Norvège portent souvent un mélange des deux, révélant des zones de contact anciennes où ces deux lignées se rencontrent et s’hybrident.

Cachettes glaciaires et havres de sécurité

Le schéma observé dans l’ADN renvoie à des « cachettes » répétées où les fraises ont survécu pendant les ères glaciaires. Lorsque les glaciers s’étendaient et que le climat se refroidissait, de nombreuses populations se rétrécissaient ou disparaissaient au nord, tandis que d’autres subsistaient dans le sud et le sud-est de l’Europe. Des populations particulièrement grandes et saines en Croatie, en Roumanie et en Lituanie semblent remonter à de tels refuges durables. Ces populations centrales ont conservé une diversité génétique relativement élevée et des effectifs stables au cours de plusieurs cycles glaciaires, servant de réservoir à partir duquel l’espèce a pu recoloniser le continent lorsque les conditions se sont améliorées.

Les populations en marge sous pression

Les fraises vivant aux limites de l’aire de répartition — comme en Ibérie, en Islande et dans l’extrême nord de la Norvège — racontent une autre histoire. Leurs génomes montrent des signes de forte consanguinité et d’effondrements de population répétés, particulièrement durant les phases les plus froides de la dernière glaciation. Certaines populations septentrionales semblent avoir survécu dans de minuscules « microrefuges » proches de l’Arctique, s’accrochant en conditions rudes puis se développant rapidement lors du réchauffement. Ces groupes petits et isolés portent aujourd’hui une très faible diversité génétique, ce qui les rend à la fois spécialement adaptés aux environnements extrêmes et potentiellement vulnérables au réchauffement rapide moderne.

Reconstruire le réseau européen de la fraise

Lorsque les dernières nappes glaciaires se sont retirées et que la période chaude de l’Holocène a commencé, les fraises des bois ont recolonisé le nord en plusieurs vagues. Les données génétiques suggèrent que l’Ouest et l’Est de l’Europe ont majoritairement été recolonisés à partir de sources méridionales différentes — l’Ouest depuis l’Ibérie et l’Italie, l’Est depuis les Balkans et les régions voisines. Au fil du temps, une chaîne de populations grandes et partiellement mélangées s’est formée de la Méditerranée jusqu’à la Scandinavie méridionale, l’Europe centrale jouant le rôle de passerelle où se rencontrent et se mêlent les gènes d’est et d’ouest. Ce réseau vivant contribue encore aujourd’hui à maintenir la santé génétique de l’espèce, même si la fragmentation actuelle des habitats et la déforestation commencent à le fragiliser.

Ce que cela implique pour l’avenir

En considérant les génomes des fraises comme des archives historiques, l’étude montre comment les oscillations climatiques passées ont scindé l’Europe en régions génétiques occidentales et orientales, avec des populations centrales robustes et des marges fragiles. Pour le grand public, le message clé est que toutes les populations de fraises ne se valent pas : quelques grands groupes, riches en diversité génétique dans le sud-est et le centre de l’Europe, soutiennent discrètement la survie et l’adaptabilité de l’ensemble de l’espèce. Protéger ces populations centrales et les corridors qui les relient sera crucial si les fraises des bois — et les nombreuses autres plantes qui partagent leurs habitats — doivent faire face aux changements climatiques accélérés des siècles à venir.

Citation: Toivainen, T., Salonen, J.S., Kirshner, J. et al. The Late Quaternary climate impact on the genome of the woodland strawberry (Fragaria vesca), a perennial herb. Commun Biol 9, 263 (2026). https://doi.org/10.1038/s42003-026-09539-5

Mots-clés: fraise des bois, refuges glaciaires, adaptation des plantes au climat, génomique des populations, biodiversité européenne