L’émergence et la propagation d’un nouveau type de séquence de Corynebacterium diphtheriae au Vietnam

Pourquoi cette histoire compte

La diphtérie est une maladie ancienne que beaucoup considèrent comme vaincue par la vaccination. Pourtant, ces dernières années elle a réapparu dans plusieurs régions du monde, y compris au Vietnam. Cette étude montre comment des scientifiques ont utilisé des outils ADN modernes pour suivre une nouvelle forme de la bactérie responsable de la diphtérie, comprendre son mode de propagation et vérifier si nos principaux antibiotiques et vaccins restent efficaces. Les résultats révèlent à la fois un germe qui évolue discrètement et des lacunes préoccupantes dans la vaccination de routine.

Un nouveau coupable apparaît

Des chercheurs vietnamiens et japonais ont examiné 21 prélèvements de la bactérie de la diphtérie recueillis chez des patients entre 2013 et 2024, la plupart provenant de deux récentes flambées dans les montagnes du nord du pays. En lisant le code génétique complet de chaque échantillon, ils ont découvert que 19 d’entre eux appartenaient à une famille génétique jamais décrite auparavant, qu’ils ont nommée ST1040. Les deux autres faisaient partie d’une famille connue, appelée ST244, retrouvée aussi en Europe. Toutes ces bactéries portaient le gène codant la toxine diphtérique, le poison qui peut endommager le cœur et les nerfs et rendre l’infection potentiellement mortelle.

Suivre les arbres généalogiques des germes

Pour identifier l’origine de la nouvelle famille ST1040, l’équipe a comparé son ADN à celui de bactéries diphtériques d’épidémies vietnamiennes plus anciennes et d’autres pays. Les échantillons ST1040 étaient presque identiques entre eux, ne différant que par une poignée de petites variations d’ADN, ce qui signale une propagation récente et rapide d’un clone unique. Leurs plus proches parents provenaient de Chine et d’Inde, suggérant que cette nouvelle famille est apparue au sein de la région Asie de l’Est et du Sud-Est. En revanche, les échantillons ST244 du Vietnam étaient étroitement liés à une souche retrouvée ensuite en Autriche, ce qui laisse supposer que cette famille plus ancienne se déplace plus facilement entre les continents ou partage une source commune à l’échelle mondiale.

Ce que disent les gènes sur les médicaments et la maladie

Les scientifiques ont aussi scruté les génomes bactériens à la recherche de gènes de résistance connus susceptibles d’affaiblir l’action des antibiotiques. De manière encourageante, aucun des 21 échantillons ne montrait de résistance à la pénicilline ou à l’érythromycine, les principaux médicaments utilisés contre la diphtérie. Cependant, plus des trois quarts portaient des gènes conférant une résistance à la tétracycline et à une association médicamenteuse courante, le triméthoprime/sulfaméthoxazole. De nombreux échantillons ST1040 présentaient aussi des mutations dans un gène associées à une résistance potentielle à la rifampicine, un autre antibiotique important, bien que cela n’ait pas pu être confirmé par des tests en laboratoire. Toutes les bactéries disposaient en outre d’outils génétiques facilitant leur adhésion aux cellules et la capture du fer dans l’organisme, ce qui souligne leur aptitude à provoquer des infections graves de la gorge.

Des fissures dans le bouclier vaccinal

Comme les vaccins contre la diphtérie ciblent la toxine et non la bactérie entière, l’équipe a également examiné les dossiers de vaccination des patients. Pour les 15 personnes disposant de données exploitables, aucune n’avait achevé le schéma pédiatrique complet de quatre doses avant de tomber malade. Dans 12 cas, les doses vaccinantes consignées ont en réalité été administrées après la détection de l’infection, dans le cadre d’une réponse d’urgence. Plusieurs patients sont tombés malades dans les jours ou les semaines suivant ces injections « de rattrapage » — trop tôt pour que l’organisme ait eu le temps de développer une protection. Pris ensemble, les éléments génétiques et les données de vaccination suggèrent que l’épidémie a été moins provoquée par un germe surpuissant que par des lacunes de la vaccination de routine, en particulier chez les adolescents et les jeunes adultes.

Ce que cela signifie pour la santé quotidienne

Pour le lecteur non spécialiste, le message clé est que la diphtérie n’est pas une maladie du passé. Une nouvelle famille étroitement apparentée de la bactérie s’est installée au Vietnam et, si nos traitements principaux restent efficaces, certains antibiotiques de secours pourraient ne plus être fiables. La plupart des patients affectés n’étaient pas complètement vaccinés avant l’exposition. Les auteurs de l’étude estiment que réagir aux flambées par des injections d’urgence n’est pas suffisant. Ils recommandent des programmes de vaccination de routine robustes, incluant des rappels pour les adolescents et les jeunes adultes, combinés à une surveillance génomique continue des bactéries. Selon eux, cette combinaison offre la meilleure chance d’empêcher la prochaine vague de cas de diphtérie.

Citation: Hoang, L.H., Hoa, L.M., Hai, P.T. et al. The emergence and spread of a novel sequence type of Corynebacterium diphtheriae in Vietnam. Sci Rep 16, 7576 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-38608-2

Mots-clés: diphtérie, surveillance génomique, résistance aux antibiotiques, lacunes vaccinales, épidémies au Vietnam