Détection du virus de la musaraigne de Wencheng et d’un cardiovirus chez de petits mammifères au Myanmar

Pourquoi les tout petits animaux comptent pour la santé humaine

La plupart d’entre nous pensent rarement aux souris, rats et musaraignes qui partagent nos villes, nos exploitations agricoles, et parfois nos maisons. Pourtant, ces petits mammifères peuvent abriter discrètement des virus qui sautent parfois chez l’homme, comme le monde l’a rappelé pendant la pandémie de COVID-19. Cette étude examine quels virus circulent chez des petits mammifères communs au Myanmar, un pays riche en biodiversité mais où la surveillance des maladies est limitée, et révèle deux virus remarquables qui passaient inaperçus.

Surveiller la faune là où humains et animaux se rencontrent

Les chercheurs ont travaillé sur plusieurs sites dans la région de Yangon et l’État de Kayin entre 2017 et 2018. Ces lieux ont été choisis parce qu’ils sont des zones de contact fréquent entre les personnes, les animaux domestiques et la faune sauvage, comme des villages proches d’aires protégées et une grotte. Les équipes de terrain ont capturé de manière animale des rats, souris et musaraignes en liberté, identifié les espèces et prélevé des écouvillons rectaux avant de relâcher les animaux. L’objectif était simple mais ambitieux : dresser un panorama sans biais du spectre complet des virus à ARN présents chez ces petits mammifères à la frontière homme–animal.

Utiliser des outils génétiques pour voir l’invisible

Plutôt que de tester un virus à la fois, l’équipe a utilisé le séquençage métagénomique de nouvelle génération, une méthode puissante qui lit des millions de fragments de matériel génétique par échantillon. En comparant ces fragments génétiques à de larges bases de données publiques, ils ont pu détecter des virus connus et des parents proches de virus inconnus. Des analyses informatiques sophistiquées ont ensuite reconstitué des génomes partiels et positionné les virus détectés sur des « arbres » évolutifs, permettant aux scientifiques de voir comment les découvertes du Myanmar se rapportent à des virus signalés ailleurs.

Une coronavirus de musaraigne révèle une aire plus étendue

Chez une musaraigne d’Asie du Sud-Est (Crocidura fuliginosa) provenant du parc national de Hlawga, l’équipe a identifié un coronavirus étroitement lié au virus de la musaraigne de Wencheng, découvert à l’origine chez des musaraignes domestiques en Chine. C’est la première fois que ce virus est signalé au Myanmar et chez cette espèce de musaraigne. Bien qu’on n’ait récupéré qu’une partie du génome viral, elle comprenait plusieurs gènes clés et montrait environ 90 % de similarité avec des séquences connues du virus de Wencheng. Sur les arbres évolutifs, le virus du Myanmar occupait sa propre longue branche au sein du même sous-groupe, ce qui suggère une lignée locale distincte et indique que la diversité des virus de musaraignes dans la région est plus grande qu’on ne le pensait.

Un virus de rat lié à des proches étrangers

Chez des rats bruns (Rattus norvegicus) du même parc, les chercheurs ont identifié un génome partiel d’un cardiovirus, un groupe de virus pouvant infecter des rongeurs et parfois des humains. Ce virus, nommé Hlawga-18, ressemblait le plus à des cardiovirus de rongeurs précédemment trouvés chez des rats sauvages en Chine, partageant là encore une forte similarité génétique sans être identique. Lorsqu’on l’a placé sur un arbre évolutif, Hlawga-18 s’est regroupé étroitement avec ces souches chinoises et est apparu proche d’un groupe de cardiovirus humains connus sous le nom de Saffold virus. Bien que l’étude n’ait pas pu déterminer si ce virus de rat peut infecter les humains, sa parenté avec des virus associés à l’homme en fait un candidat pour une surveillance accrue.

Ce que ces découvertes signifient pour les humains et la nature

Pour le grand public, le message principal est que les changements d’utilisation des terres, l’agriculture et l’expansion urbaine au Myanmar recomposent les communautés de faune sauvage d’une manière qui peut favoriser les petits mammifères porteurs d’une diversité de virus. En montrant qu’un coronavirus de musaraigne et un cardiovirus de rat circulent déjà dans des lieux où les gens vivent et travaillent, cette étude souligne l’importance d’une surveillance proactive et continue. Connaître les virus présents, leurs liens avec des agents pathogènes humains connus et leur répartition peut aider les autorités de santé publique à anticiper les risques de saut d’espèce futurs, plutôt que de ne réagir qu’après le début des épidémies.

Citation: Paoli, J.E., Aung, O., Lilak, A.A. et al. Detection of Wencheng shrew virus and cardiovirus from small mammals in Myanmar. Sci Rep 16, 8885 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-38406-w

Mots-clés: virus zoonotiques, petits mammifères, Myanmar, surveillance virale, rongeurs et musaraignes