Résistance aux antimicrobiens d’Escherichia coli chez des rats sauvages hongrois et caractérisation d’un plasmide ESBL de type CTX-M-1

Pourquoi les rats urbains comptent pour nos médicaments

La résistance aux antibiotiques est souvent présentée comme un problème des hôpitaux et des élevages, mais l’histoire ne s’arrête pas là. Les rats bruns qui vivent dans nos villes et autour des élevages partagent discrètement nos espaces, se faufilant dans les égouts, les parcs et les granges. Cette étude hongroise pose une question simple mais importante : ces rongeurs du quotidien contribuent-ils à propager des bactéries qui ne répondent plus à des médicaments importants, et si oui, dans quelle mesure ces microbes sont-ils apparentés aux souches qui posent problème aux médecins et aux vétérinaires ?

Suivre les passagers invisibles dans l’intestin des rats

Les chercheurs ont capturé des rats bruns et des rats noirs sur des sites publics, industriels et agricoles à travers la Hongrie et ont examiné les bactéries vivant dans leur gros intestin. Plutôt que de tester une seule souche bactérienne par animal, ils ont échantillonné plusieurs colonies d’Escherichia coli par rat pour saisir la diversité cachée à l’intérieur d’un même microbiote. Ils ont ensuite exposé ces bactéries à un panel d’antibiotiques couramment utilisés pour voir lesquelles survivaient, en se concentrant sur les médicaments dont la résistance est souvent portée par de petits éléments d’ADN mobiles capables de passer d’un microbe à l’autre.

Quelles bactéries résistantes aux médicaments portaient les rats

Environ un quart des 90 rats étudiés hébergeaient des E. coli capables de résister à au moins un antibiotique, et près d’un sur onze portait des souches résistantes à plusieurs familles de médicaments simultanément. Tous ces organismes résistants provenaient de rats bruns ; aucun n’a été trouvé dans l’échantillon plus petit de rats noirs. Le schéma le plus fréquent était la résistance conjointe à l’ampicilline, un médicament de type pénicilline, et à la tétracycline, un antibactérien de longue date en médecine humaine et vétérinaire. Les analyses génétiques ont montré que ces résistances étaient généralement liées à des gènes bien connus présents sur des plasmides — des molécules d’ADN circulaires que les bactéries s’échangent comme de petits clés USB, permettant à la résistance de se propager rapidement dans de bonnes conditions.

Une résistance de haut niveau rare mais préoccupante

Chez un rat urbain brun, l’équipe a trouvé quelque chose de plus inquiétant : une souche d’E. coli capable d’inactiver des céphalosporines de troisième génération puissantes, des médicaments souvent réservés aux infections graves. Cette capacité provenait d’un gène connu sous le nom CTX-M-1, membre d’une famille répandue d’enzymes qui neutralisent de nombreux antibiotiques modernes. En combinant des séquences d’ADN courtes et longues, les scientifiques ont reconstruit l’ensemble du plasmide — d’environ 92 000 lettres d’ADN — qui portait ce gène. En comparant sa séquence avec des plasmides d’E. coli et de Salmonella responsables de maladies humaines, ils ont constaté qu’il s’agissait d’une correspondance quasi exacte, ne différant que par quelques petits détails. Cela suggère qu’un même élément de résistance circule entre animaux, personnes et environnement.

Comment les bactéries de rat se rattachent aux souches humaines mondiales

Pour situer cette souche d’E. coli issue d’un rat dans l’arbre généalogique plus large, les chercheurs ont comparé son génome à des centaines de souches productrices de CTX-M isolées chez des patients humains dans 50 pays. La souche de rat représentait une lignée jusque-là non décrite, mais elle se trouvait au milieu de plusieurs branches humaines majeures connues pour provoquer des infections difficiles à traiter dans le monde entier. Bien que cette souche particulière ne portât pas les gènes de virulence supplémentaires associés à des formes sévères de maladie, sa parenté étroite avec des lignées épidémiques humaines montre que les frontières entre faune sauvage, animaux d’élevage et êtres humains sont poreuses en matière d’évolution bactérienne.

Ce que cela signifie pour la santé et l’environnement

Ce travail brosse un tableau nuancé. D’une part, la plupart des rats hongrois ne portaient pas les formes de résistance les plus alarmantes, et la menace globale qu’ils représentent semble similaire à celle rapportée dans d’autres pays. D’autre part, la découverte d’une souche d’E. coli de rat avec un plasmide CTX-M-1 semblable à celui trouvé chez l’humain et un arrière-plan génétique nouveau souligne comment la faune urbaine peut servir de réservoirs et d’étapes pour des gènes de résistance. Pour le grand public, le message est que la résistance aux antibiotiques est une question partagée, dans l’esprit du concept “One Health” : ce qui se passe dans les hôpitaux, les élevages et les égouts urbains est lié. Surveiller les rats et autres animaux urbains de façon continue aidera les scientifiques à repérer tôt les souches émergentes résistantes et à mieux comprendre comment ralentir la propagation de ces gènes problématiques entre espèces et écosystèmes.

Citation: Szmolka, A., Locsmándi, G., Makó, A. et al. Antimicrobial resistance of Escherichia coli in Hungarian wild rats and characterization of a CTX-M-1 type ESBL plasmid. Sci Rep 16, 8583 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-38191-6

Mots-clés: résistance aux antibiotiques, Escherichia coli, rats urbains, plasmides, one health