Une enquête exploratoire sur la présence microbienne et cyanobactérienne sur les épibiontes cutanés et les lésions orofaciales chez le grand dauphin estuarien (Tursiops truncatus) par métabarcodage

Quand la peau du dauphin raconte une histoire

Les visiteurs et les habitants de la côte est de la Floride remarquent de plus en plus des dauphins à nez en bouteille présentant d’étranges taches brun clair sur la peau et, plus inquiétant encore, certains avec des lésions sévères autour de la bouche et de la mâchoire. Ces animaux vivent dans l’Indian River Lagoon, un estuaire magnifique mais fragilisé, affecté par la pollution et des efflorescences algales nuisibles. Cette étude pose une question apparemment simple mais aux larges implications pour la faune et les humains : quels micro-organismes vivent sur la peau endommagée de ces dauphins, et que révèlent-ils sur la santé des animaux et de leur environnement ?

Signes étranges dans un lagon en détresse

L’Indian River Lagoon est une voie d’eau longue et peu profonde, séparée de l’Atlantique par des îles-barrières. Sa configuration en grande partie close retient les nutriments et polluants qui s’écoulent depuis les terres. Au cours de la dernière décennie, le lagon a connu des mortalités de poissons à répétition, des disparitions de herbiers et des épidémies chez les dauphins. Presque tous les dauphins en liberté examinés lors d’enquêtes récentes présentaient une anomalie cutanée, y compris des dépôts brun clair qualifiés de « films algaux » et, chez certains juvéniles, une pourriture sévère des tissus de la bouche et des os de la mâchoire. Jusqu’à présent, personne n’avait systématiquement étudié si les organismes recouvrant ces lésions sont de simples passagers inoffensifs, des signes de stress environnemental ou des acteurs potentiellement responsables du déclin des dauphins.

Lire les empreintes microbiennes

Pour enquêter, les chercheurs ont prélevé 13 échantillons par écouvillonnage et tissulaires sur des plaques cutanées et des lésions buccales chez 11 dauphins échoués dans le lagon entre 2010 et 2022. Plutôt que d’essayer de cultiver les microbes en laboratoire, ils ont utilisé une méthode basée sur l’ADN appelée métabarcodage. Cette technique lit une petite « étiquette » génétique de chaque bactérie et microbe apparenté présent, permettant d’identifier de nombreuses espèces simultanément, y compris celles difficilement cultivables. L’équipe a ensuite comparé les communautés microbiennes trouvées sur les dépôts brun clair avec celles des lésions nécrotiques ou putréfiées de la bouche, et a mis en relation ces profils avec l’état corporel et l’histoire de vie de chaque dauphin.

Diversité inattendue sur une peau malade

Les lésions des dauphins hébergeaient des communautés microbiennes beaucoup plus riches et variées que la peau saine décrite dans des travaux antérieurs. Aucun type bactérien unique n’apparaissait dans tous les échantillons, mais certains groupes étaient courants chez plusieurs animaux. Beaucoup appartenaient à des genres incluant des espèces pathogènes connues chez l’homme, les poissons ou d’autres mammifères — tels que Burkholderia, Clostridium, Tenacibaculum, Porphyromonas, Treponema et Hathewaya. Certains d’entre eux sont associés à des ulcères, à l’érosion buccale et à la nécrose tissulaire chez d’autres hôtes, ce qui suggère que des processus similaires pourraient se produire chez les dauphins. La composition globale des microbes différait nettement entre les deux types de lésions : les « films algaux » brun clair hébergeaient généralement plus d’espèces bactériennes, tandis que les lésions orofaciales formaient leurs propres groupes distincts, notamment chez des mâles juvéniles émaciés.

Indices provenant des bactéries bleu-vert

L’équipe s’est également intéressée aux cyanobactéries, parfois appelées algues bleu-vert, qui peuvent prospérer dans des eaux riches en nutriments et polluées et produire occasionnellement des toxines. De l’ADN cyanobactérien a été détecté chez la plupart des dauphins, tant sur les plaques cutanées qu’autour de la bouche. De nombreux genres détectés se rencontrent typiquement dans des environnements eutrophes, hypoxiques ou pollués par des hydrocarbures, ce qui suggère un lien entre la dégradation de la qualité de l’eau et la colonisation cutanée des dauphins. Toutefois, l’étude n’a pas identifié une seule espèce de cyanobactérie responsable de tous les films, ni retrouvé une cyanobactérie décrite antérieurement chez des dauphins malades ailleurs. Cela suggère que les « films algaux » sont probablement des tapis microbiens mélangés plutôt que l’œuvre d’un seul coupable, et que certains colonisateurs pourraient encore être inconnus de la science.

Ce que cela signifie pour les dauphins et les humains

Bien que l’étude n’ait pas permis d’identifier une cause unique aux films brun clair ou aux dévastatrices lésions buccales, elle montre clairement que les dauphins de l’Indian River Lagoon portent sur leur peau des communautés microbiennes complexes et anormales — communautés qui comprennent de nombreux groupes ayant un passé pathogène. Ces résultats renforcent l’idée que l’environnement stressé du lagon et la santé compromise des dauphins créent des opportunités pour des microbes opportunistes de s’implanter. Étant donné que le lagon soutient d’importantes pêcheries, le tourisme et les activités récréatives, et qu’il a déjà été associé à de nombreuses infections humaines par des bactéries locales, comprendre ces mondes microscopiques dépasse l’exercice académique. Ce travail prépare le terrain pour utiliser les microbes cutanés du dauphin comme sentinelles de la santé des écosystèmes et du public, et souligne l’urgence de restaurer la qualité de l’eau dans cet estuaire emblématique.

Citation: Brown, A.O., Durden, W.N., McGovern, C. et al. An exploratory investigation into the microbial and cyanobacterial presence on skin epibiotia and orofacial lesions in estuarine common bottlenose dolphins (Tursiops truncatus) through metabarcoding. Sci Rep 16, 6727 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-37434-w

Mots-clés: dauphins à nez en bouteille, microbiome cutané, Indian River Lagoon, cyanobactéries, pollution marine