Détection et génotypage de l’HPV buccal par séquençage de nouvelle génération dans une cohorte palestinienne en bonne santé : étude pilote

Pourquoi les microbes de votre bouche comptent

La plupart des gens ont entendu parler du papillomavirus humain (HPV) en raison de son lien avec le cancer du col de l’utérus, mais beaucoup moins savent que l’HPV peut aussi infecter la bouche et la gorge et contribuer à certains cancers de la tête et du cou. Cette étude, menée en Palestine, s’est intéressée de près à l’HPV présent dans la bouche d’adultes en bonne santé. En utilisant une technologie de lecture de l’ADN de pointe, les chercheurs ont voulu déterminer quels types d’HPV étaient présents, leur fréquence, et si une approche high-tech pouvait fonctionner de manière fiable dans des cliniques locales qui n’ont actuellement ni programmes de vaccination ni de dépistage contre l’HPV.

À la recherche d’un virus discret

L’HPV est une famille virale très commune comprenant plus de 200 types connus. Certains types provoquent principalement des verrues bénignes, tandis que d’autres sont considérés « à haut risque » parce qu’ils peuvent, au fil du temps, contribuer au développement de cancers du col, de l’anus ou de la bouche et de la gorge. Les infections buccales à HPV sont souvent asymptomatiques et peuvent persister silencieusement pendant des années, notamment chez les fumeurs ou les personnes immunodéprimées. En Europe et en Amérique du Nord, environ 5 à 7 % des personnes en bonne santé portent de l’HPV dans la bouche, mais les données provenant de Palestine étaient quasi inexistantes. Sans ces informations de base, il est difficile pour les autorités sanitaires de planifier des campagnes de vaccination, de concevoir des programmes de dépistage ou même d’évaluer l’ampleur réelle du problème local lié à l’HPV.

Prélèvements de joue, pas de prise de sang

Pour commencer à combler cette lacune, l’équipe a recruté 75 adultes qui se rendaient dans des cabinets dentaires du centre de la Cisjordanie, dans les villes de Ramallah et Bethléem. Tous avaient plus de 18 ans et déclaraient ne pas souffrir de maladies graves ni avoir d’antécédent de cancer. Les dentistes ont frotté délicatement des écouvillons stériles sur l’intérieur des joues, la langue et le plancher de la bouche pour collecter des cellules. Chaque participant a également répondu à un court questionnaire anonyme sur l’âge, le sexe, le tabagisme et la connaissance et le statut vaccinal vis-à-vis de l’HPV. L’étude était volontairement limitée et conçue comme une « pilote » : son objectif principal était de tester si une méthode de laboratoire sophistiquée pouvait détecter et identifier de manière fiable l’HPV dans des échantillons buccaux de cette population, et non de fournir des statistiques nationales définitives.

Transformer les cellules de la joue en indices génétiques

De retour au laboratoire, les chercheurs ont extrait l’ADN des écouvillons et utilisé un processus d’amplification en deux étapes, appelé PCR imbriquée, pour cibler un segment particulier du matériel génétique du virus nommé le gène L1. Cette région sert d’empreinte permettant de distinguer un type d’HPV d’un autre. Ils ont ensuite préparé l’ADN amplifié pour le séquençage de nouvelle génération (NGS), une technologie à haut débit qui lit des millions de courts fragments d’ADN en parallèle. À l’aide de logiciels en ligne librement disponibles, l’équipe a nettoyé les données brutes, extrait les lectures correspondant à leur cible HPV, et comparé ces séquences à des bases de données internationales pour déterminer précisément quels types d’HPV étaient présents. Pour réduire le risque de fausses alertes causées par de petites traces d’ADN parasites, un échantillon n’a été considéré comme véritablement positif que s’il contenait au moins 100 lectures de séquence presque identiques pour un type d’HPV donné.

Ce qu’ils ont trouvé dans des bouches saines

Sur les 75 personnes testées, 5 présentaient des preuves nettes d’infection buccale à l’HPV, soit un taux de 6,7 %, similaire aux rapports des États-Unis et d’Iran. Trois types différents d’HPV ont été identifiés : HPV‑18 chez deux personnes, HPV‑31 chez deux personnes et HPV‑38 chez une personne. Fait notable, l’HPV‑16 — le type le plus fortement associé aux cancers de la tête et du cou dans le monde — n’a été détecté dans aucun des échantillons. Les types trouvés incluent deux souches bien connues à haut risque (HPV‑18 et HPV‑31) et un type moins familier, HPV‑38, qui a été lié à certaines lésions cutanées et buccales. Grâce aux outils de comparaison génétique, les séquences virales palestiniennes se sont regroupées étroitement avec des souches de référence d’autres pays, confirmant la précision du génotypage. Comme seules cinq personnes étaient positives, l’étude ne permettait pas d’établir de manière fiable des liens entre l’infection à HPV et l’âge, le sexe, le tabagisme ou d’autres facteurs de mode de vie, et la plupart des participants infectés n’avaient même jamais entendu parler de l’HPV.

Premiers signes et leur signification

Cette petite étude ne peut pas nous dire exactement à quel point l’HPV buccal est répandu à l’échelle de la Palestine, mais elle montre que des types d’HPV à haut risque sont présents dans la bouche d’adultes par ailleurs sains et que le séquençage avancé de l’ADN peut être réalisé avec succès sur des échantillons locaux. L’apparition d’HPV‑38, qui n’est pas couvert par les vaccins actuels, et l’absence d’HPV‑16 dans ce petit groupe suggèrent que la composition des types d’HPV dans la cavité buccale peut différer de celle observée au niveau du col ou dans d’autres pays. Pour le grand public, le message principal est que l’HPV n’est pas seulement une question cervicale : il peut aussi infecter silencieusement la bouche, et les outils modernes permettent désormais de suivre ces infections avec plus de précision. Des études plus vastes et nationales pourraient s’appuyer sur ce travail pilote pour orienter les politiques vaccinales, sensibiliser le public et, en fin de compte, contribuer à prévenir de futurs cancers de la tête et du cou liés à l’HPV.

Citation: Safi, B., Khalid, M. & Nasereddin, A. Oral HPV detection and genotyping by next-generation sequencing in a healthy Palestinian cohort: pilot study. Sci Rep 16, 7282 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-37318-z

Mots-clés: HPV buccal, cancer de la tête et du cou, Palestine, génotypage HPV, séquençage de nouvelle génération