Épidémies de peste porcine africaine dans des élevages porcins allemands – expériences, considérations épidémiologiques et séquences génomiques

Pourquoi un virus porcin nous concerne tous

La peste porcine africaine est une maladie virale mortelle chez les porcs qui n’infecte pas les humains mais peut dévaster les élevages, les approvisionnements alimentaires et les économies rurales. Une fois le virus introduit dans un pays, il est notoirement difficile à éradiquer. Cette étude examine de près neuf foyers de peste porcine africaine dans des élevages porcins allemands entre 2021 et 2024, en s’interrogeant sur les voies d’introduction, la propagation au sein des troupeaux et ce que des analyses génétiques détaillées du virus peuvent révéler sur ses parcours.

La lutte de l’Allemagne contre une maladie porcine coûteuse

Après que la peste porcine africaine a atteint l’Europe depuis la région du Caucase en 2007, elle s’est largement propagée chez les sangliers et les porcs domestiques. L’Allemagne a détecté des sangliers infectés pour la première fois en 2020, et fin 2025 avait enregistré 18 foyers en élevages domestiques. Cet article se concentre sur neuf de ces foyers survenus en dehors d’un cluster particulier de 2024, offrant la première vue d’ensemble complète de leurs circonstances. Les élevages allaient de fermes familiales de deux porcs à de grandes unités commerciales comptant des milliers d’animaux et présentant généralement une bonne hygiène. Malgré ces différences, chaque foyer posait la même question gênante : comment un virus véhiculé principalement par les sangliers et par les déplacements de personnes a-t-il franchi les défenses des exploitations ?

Des exploitations différentes, des points faibles similaires

Les neuf foyers dessinent un tableau varié. Dans l’est de l’Allemagne, plusieurs élevages se situaient à l’intérieur ou à proximité de zones où des sangliers infectés avaient déjà été identifiés. Dans les petits élevages familiaux presque dépourvus de barrières protectrices, les enquêteurs ont estimé très probable que de l’herbe, de la litière ou de la terre contaminées introduites sur des bottes aient apporté le virus depuis le milieu sauvage jusqu’aux enclos. À l’inverse, certaines grandes exploitations bien clôturées et éloignées de tout cas connu de sanglier ont néanmoins été infectées. Dans ces cas, les enquêteurs ont suspecté ce qu’ils appellent des « introductions ponctuelles » liées à l’activité humaine : une petite défaillance d’hygiène, un équipement contaminé, ou des visiteurs et travailleurs saisonniers en provenance de pays touchés. Souvent, la voie exacte ne pouvait pas être prouvée, seulement classée du plus au moins probable.

Ce que révèlent les empreintes génétiques du virus

Pour dépasser les hypothèses éclairées, les chercheurs se sont tournés vers le séquençage du génome complet—la lecture du code génétique intégral du virus. En comparant chaque souche de foyer à un virus de référence et aux virus retrouvés chez les sangliers, ils ont pu les regrouper en « lignées » génétiques distinctes et identifier des mutations caractéristiques jouant le rôle de codes-barres. De nombreux foyers dans le Brandebourg et le Mecklembourg-Poméranie-Occidentale portaient les mêmes marqueurs génétiques que les virus de sangliers voisins, ce qui renforce l’idée que la pression d’infection provenant du paysage environnant a joué un rôle clé. Dans un cas frappant dans le sud de l’Allemagne, toutefois, le virus ne présentait aucun des marqueurs observés chez les sangliers du pays et correspondait étroitement à des souches provenant de Moldavie et d’Italie, indiquant une introduction distincte depuis l’étranger plutôt qu’une propagation silencieuse à l’intérieur de l’Allemagne.

Propagation lente à l’intérieur des élevages, conséquences rapides à l’extérieur

L’étude remet également en question l’image de la peste porcine africaine comme une maladie « rapide et violente ». Dans plusieurs élevages, une seule compartimentation ou un seul groupe de porcs était affecté—même des semaines ou des mois après l’arrivée probable du virus. Lorsque les porcs étaient répartis en unités clairement séparées et que l’hygiène interne de base était respectée, le virus se propageait étonnamment lentement entre ces unités. En revanche, dans les petites exploitations où tous les porcs se mélangeaient librement, chaque animal était bientôt infecté. Dans de nombreux cas, les vétérinaires ont d’abord traité des porcs malades pour des affections bactériennes présumées, retardant les tests pour la peste porcine africaine. Ce retard a non seulement accru le risque de propagation mais a aussi embrouillé les souvenirs des éleveurs concernant les mouvements de personnes et de matériels, rendant plus difficile la reconstitution de la manière dont le virus est entré initialement.

Enseignements pour protéger les élevages

Pour les lecteurs extérieurs au domaine vétérinaire, la principale leçon est à la fois dure et porteuse d’espoir. Il n’existe pas encore de vaccin contre la peste porcine africaine, la prévention repose donc presque entièrement sur la biosécurité—les habitudes quotidiennes qui empêchent que de la boue, des restes de viande ou des outils contaminés franchissent la porte de la ferme. Cette étude montre que les foyers peuvent frapper aussi bien de modestes enclos familiaux que des installations haute technologie, souvent par de petites défaillances faciles à négliger. Dans le même temps, l’appariement soigneux des génomes viraux entre sangliers et porcs domestiques démontre que les outils génétiques modernes peuvent aider les enquêteurs à retracer les voies d’infection probables et à distinguer les contaminations locales des introductions de longue distance. Les auteurs concluent que des règles d’hygiène strictes et appliquées de façon cohérente, une formation et une sensibilisation continues, et l’utilisation judicieuse du séquençage génomique offrent ensemble la meilleure chance de protéger les élevages porcins—et les moyens de subsistance qui en dépendent—contre cette maladie coûteuse.

Citation: Schulz, K., Calvelage, S., Rogoll, L. et al. African swine fever outbreaks in German pig holdings – experiences, epidemiological considerations and genome sequences. Sci Rep 16, 4350 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-36441-1

Mots-clés: Peste porcine africaine, élevages porcins, sanglier, biosécurité, séquençage du génome