Défis pour renforcer le réseau de surveillance sentinelle pendant la pandémie de COVID-19 en Afrique

Pourquoi il est important de surveiller les nouveaux virus

La pandémie de COVID-19 a montré à quelle vitesse un virus peut se propager à l’échelle mondiale et combien il est crucial de repérer tôt les nouvelles variantes dangereuses. Cette étude examine comment 11 pays africains ont tenté de faire exactement cela : construire un système d’alerte partagé pour détecter les changements du coronavirus et suivre les infections respiratoires graves. Leur expérience offre un aperçu de la manière dont les systèmes de santé à ressources limitées peuvent se préparer à la prochaine grande flambée, au-delà du seul COVID-19.

Construire un réseau d’alerte précoce

En 2022, après la quatrième grande vague de COVID-19, le projet AFROSCREEN a contribué à mettre en place ou à renforcer des sites de santé « sentinelles » au Sénégal, en Guinée, en Côte d’Ivoire, au Togo, au Bénin, au Niger, au Cameroun, en République centrafricaine, au Burkina Faso, à Madagascar et en République démocratique du Congo. Plutôt que d’essayer de tester tout le monde, ces pays se sont concentrés sur des cliniques et des hôpitaux sélectionnés qui suivaient attentivement les patients présentant des signes de maladie respiratoire et prélevaient un échantillon pour tester le SARS‑CoV‑2. L’idée était de créer un réseau pratique et abordable capable de détecter rapidement des tendances inquiétantes ou de nouvelles variantes et d’alerter les autorités sanitaires nationales.

Qui a été compté et comment

L’équipe a utilisé des définitions simples et partagées afin que les résultats puissent être comparés entre pays. Les personnes présentant de la fièvre d’apparition brutale et des symptômes tels que toux ou mal de gorge étaient comptées comme ayant une infection respiratoire aiguë ; celles suffisamment malades pour être hospitalisées étaient classées comme infections respiratoires aiguës sévères. Dans chaque site sentinelle, les agents de santé prélevaient régulièrement des prélèvements nasaux ou pharyngés chez ces patients—jusqu’à 10 par semaine pour les cas moins graves, et chez chaque cas sévère—et les envoyaient aux laboratoires nationaux pour des tests PCR. Les échantillons positifs contenant suffisamment de virus étaient ensuite séquencés pour déterminer précisément quelle version du coronavirus était présente et si quelque chose de nouveau et potentiellement dangereux émergeait.

Ce que le réseau a révélé

Entre juillet 2022 et juin 2024, les 80 sites sentinelles accrédités ont signalé plus de 91 000 cas suspects, dont environ 19 500 patients ont effectivement été prélevés et testés. Seuls 1 505 de ces tests ont été positifs pour le SARS‑CoV‑2, soit un taux de positivité de 7,7 %, et seulement 12 décès ont été enregistrés parmi les personnes testées positives. La plupart des infections concernaient des adultes âgés de 15 à 50 ans, et il existait des différences entre pays quant aux populations les plus touchées et au nombre de sites impliqués. Dans l’ensemble, le réseau a observé un net déclin de la circulation du COVID‑19 après la mi‑2022, avec une positivité plus élevée au second semestre 2022 puis des niveaux très faibles par la suite. Lorsque les laboratoires ont séquencé le virus à partir des échantillons positifs, ils n’ont trouvé que des variantes d’Omicron et leurs sous‑lignées, comme XBB et JN.1, correspondant aux tendances observées ailleurs dans le monde et sans apparition d’une variante entièrement nouvelle dans ces pays.

Obstacles en coulisses

Créer et coordonner ce type de surveillance à travers 11 pays s’est avéré difficile, surtout alors que la pandémie était encore en cours. Les nations partaient de points de départ différents : certaines disposaient déjà de systèmes de suivi de la grippe et d’autres virus respiratoires, tandis que d’autres construisaient tout depuis le début. Cela a entraîné des différences dans l’emplacement des sites sentinelles, la fréquence des rapports et la régularité des tests des patients. Des défis techniques sont également apparus, depuis l’accès inégal aux fournitures de laboratoire et aux équipements de séquençage jusqu’aux retards dans le lancement d’une base de données partagée et sécurisée pour l’analyse en temps réel. Ces problèmes ont rendu difficile l’harmonisation des pratiques et l’exploitation complète du potentiel du réseau pendant la période étudiée.

Se préparer à la prochaine crise sanitaire

Bien que l’AFROSCREEN n’ait pas découvert de nouvelle variante ni de grande vague cachée de COVID‑19, il a accompli quelque chose de plus durable : il a aidé les pays à développer les compétences, les outils et les partenariats nécessaires pour surveiller les menaces futures. Les auteurs soutiennent que de tels systèmes de surveillance ne peuvent pas être improvisés une fois la crise déclenchée ; ils doivent être conçus, financés et testés pendant les périodes « inter‑pandémiques » plus calmes afin d’être prêts à passer à l’échelle rapidement lorsque nécessaire. Pour les populations vivant dans des pays à faibles revenus, ce type de réseau d’alerte précoce pourrait faire la différence entre une petite épidémie gérable et une épidémie dévastatrice, en permettant aux services de santé de détecter le danger plus tôt et de répondre plus vite.

Citation: Poublan, J., Kadio, K.JJ.O., Konu, R. et al. Challenges in strengthening sentinel surveillance network during COVID-19 pandemic in Africa. Sci Rep 16, 7255 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-36363-y

Mots-clés: surveillance COVID-19, sites sentinelles, santé publique en Afrique, variantes du virus, préparation pandémique