Présence du SARS-CoV-2 chez les cervidés aux États-Unis et dans les territoires américains

Quand un virus humain pénètre dans la forêt

La plupart d’entre nous considèrent la COVID-19 comme une maladie qui se transmet d’une personne à une autre, mais le virus responsable, le SARS-CoV-2, s’est également infiltré dans des populations animales sauvages. Cette étude suit la fréquence d’apparition du virus chez les cerfs et leurs proches parents à travers les États-Unis et leurs territoires. Comprendre ce qui se passe lorsqu’un virus humain s’établit chez la faune est essentiel pour savoir s’il peut évoluer de nouvelles façons et potentiellement revenir vers nous.

Un bilan national des cervidés sauvages

Pour évaluer l’ampleur réelle de l’infection, des scientifiques ont mené une vaste enquête de deux ans auprès des ongulés de la famille des cervidés. D’octobre 2021 à octobre 2023, ils ont prélevé des écouvillons nasaux et buccaux, ainsi que des échantillons sanguins, sur plus de 30 000 animaux dans 42 États, à Washington D.C., à Guam et dans les îles Vierges américaines. La plupart des animaux étaient des cerfs de Virginie (white-tailed deer), une espèce courante souvent proche des zones habitées, mais l’équipe a aussi échantillonné des cerfs mulets, des wapitis, des orignaux, des caribous, des cerfs axis, des cerfs des Philippines et des cerfs à queue noire de Sitka. De nombreux échantillons provenaient d’animaux prélevés par la chasse, d’animaux percutés sur la route ou d’animaux gérés dans le cadre de la faune sauvage, offrant ainsi un aperçu large sans perturber les hardes vivantes.

Ce que révèlent les écouvillons et le sang

Les écouvillons ont été testés pour déceler une infection active par le SARS-CoV-2 à l’aide d’un test génétique sensible détectant l’ARN viral, tandis que les gouttes de sang ont été examinées pour la présence d’anticorps neutralisants, qui indiquent que le système immunitaire de l’animal a déjà rencontré le virus. Globalement, environ 5,6 % des cervidés échantillonnés étaient infectés au moment des tests, et plus de 21 % portaient ces anticorps. Presque tous les résultats positifs provenaient des cerfs de Virginie, bien qu’un petit nombre de cerfs mulets, d’orignaux et de cerfs des Philippines ait aussi montré une exposition passée. Ce contraste — beaucoup plus d’animaux avec des anticorps que d’animaux avec le virus — suggère que l’infection a été fréquente au fil du temps, même si seule une fraction des animaux est infectée à un instant donné.

Montée et baisse de l’infection au fil du temps

Lorsque l’équipe a comparé la première année d’étude à la seconde, elle a observé un net déclin des infections. La première année, environ 12 % des cervidés échantillonnés étaient activement infectés ; la deuxième année, seulement environ 2 % l’étaient. Le taux d’anticorps a également diminué, mais de façon moins marquée, passant d’environ 32 % la première année à 16 % la deuxième année. De nombreux cerfs étaient négatifs au test viral mais positifs aux anticorps, indiquant qu’ils avaient déjà été infectés et s’étaient rétablis. Un groupe plus restreint présentait le schéma inverse — présence de virus sans anticorps détectables — ce qui correspond probablement à des infections très récentes ou primaires. Ensemble, ces profils reflètent une infection passée largement répandue et une immunité croissante dans les populations de cerfs.

Quelles variantes du virus se sont installées

Les chercheurs ont aussi séquencé le virus provenant des cerfs infectés pour identifier les variants en circulation. Au début de l’étude, la plupart des cerfs portaient le variant Delta, même si Delta avait en grande partie disparu des cas humains à ce moment-là. Un plus petit nombre portait des variants antérieurs tels qu’Alpha et Gamma, et seulement quelques cerfs présentaient Omicron lors de la première année. En revanche, durant la deuxième année, Omicron est devenu le variant le plus courant chez les cerfs, Alpha et Delta continuant d’apparaître chez certains animaux. Ce décalage entre les variants humains et ceux des cerfs suggère qu’une fois qu’une version du virus se transmet aux cerfs, elle peut continuer à circuler parmi eux même après que la population humaine soit passée à des variants plus récents.

Pourquoi cela compte pour les humains et la faune

L’étude montre que le SARS-CoV-2 s’est solidement implanté chez les cervidés sauvages dans une grande partie des États-Unis, mais elle apporte aussi un certain réconfort. À mesure que les infections humaines ont diminué et que l’immunité a augmenté chez les cerfs, les taux d’infection chez ces animaux ont également baissé. Dans le même temps, la présence de variants plus anciens et l’évolution des profils au fil du temps soulignent que le virus peut suivre sa propre trajectoire chez la faune, évoluer de façons différentes par rapport aux flambées humaines. Un suivi continu et à long terme des cerfs et d’autres animaux sauvages aidera les scientifiques à suivre ces changements, à comprendre à quelle fréquence le virus circule encore entre les humains et la faune, et à décider quelles mesures pourraient être nécessaires pour réduire les risques pour les deux parties.

Citation: Bevins, S.N., Chipman, R.B., Beckerman, S.F. et al. SARS-CoV-2 occurrence in cervids in the United States and US territories. Sci Rep 16, 5285 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-35967-8

Mots-clés: SARS-CoV-2 chez les cerfs, réservoirs fauniques, rebondement et retour d'espèce, COVID-19 chez les animaux, évolution du virus en milieu sauvage