Caractérisation génétique et analyse génomique complète des virus grippaux B dans la province du Shandong entre 2015 et 2024

Pourquoi les virus grippaux locaux vous concernent

La grippe saisonnière est souvent considérée comme une maladie mineure, mais elle infecte discrètement des centaines de millions de personnes chaque année et peut être mortelle, en particulier chez les enfants et les personnes âgées. Cette étude suit l’évolution d’une branche de la famille des virus grippaux — la grippe B — sur près d’une décennie dans la province du Shandong, une région côtière densément peuplée de Chine. En lisant le code génétique des virus locaux, les chercheurs montrent dans quelle mesure les vaccins actuels correspondent aux souches réellement en circulation, quels groupes d’âge sont les plus touchés et où peuvent apparaître des signes d’émergence de la résistance aux médicaments.

Observer les vagues de grippe traverser une province

Entre 2015 et le début de 2024, des hôpitaux du Shandong ont prélevé des écouvillons buccaux et nasaux chez près d’un demi-million de personnes présentant une « maladie de type grippal » (fièvre plus toux ou mal de gorge). Environ un patient sur huit avait effectivement un virus grippal, et environ un tiers de ces infections était causé par la grippe B. L’activité grippale culminait généralement pendant les mois froids, mais le schéma a été perturbé pendant le pic de la pandémie de COVID-19, lorsque le port du masque et d’autres précautions ont fait chuter les détections de la grippe jusqu’à presque zéro. Lorsque la grippe a repris, les enfants d’âge scolaire (5–15 ans) étaient les plus susceptibles d’être testés positifs, tandis que les personnes de plus de 60 ans avaient les taux de détection les plus faibles, soulignant le rôle clé des enfants dans la propagation communautaire.

Deux branches de la grippe B et un changement de dominance

La grippe B existe en deux branches bien établies, nommées B/Victoria et B/Yamagata. Les deux circulaient dans le Shandong au début de l’étude, mais la branche Yamagata a progressivement disparu après 2018, reflétant les tendances observées à l’échelle mondiale. À partir de ce moment, presque toutes les détections de grippe B dans la province concernaient la branche Victoria. L’équipe a sélectionné 109 virus représentatifs — 76 Victoria et 33 Yamagata — et a séquencé l’intégralité des huit segments de leur génome ARN. Ces séquences ont ensuite été comparées aux souches vaccinales recommandées chaque année par l’Organisation mondiale de la Santé, ainsi qu’à des virus de référence provenant du monde entier, afin d’évaluer à quel point les virus locaux suivaient l’évolution globale.

Petits changements génétiques et grandes conséquences

La plupart des virus grippaux B du Shandong sont restés proches des souches vaccinales, mais d’année en année ils ont accumulé une série de petites mutations, en particulier dans deux protéines de surface appelées hémagglutinine (HA) et neuraminidase (NA). Ces protéines se trouvent à la surface du virus et constituent les principales cibles de notre système immunitaire et des antiviraux actuels. L’étude a relevé des modifications répétées en des « points chauds » de l’HA que les anticorps reconnaissent normalement. À plusieurs périodes, des groupes de virus présentaient quatre mutations ou plus dans ces sites, suffisantes pour être considérées comme des variants potentiels de « dérive antigénique » susceptibles d’affaiblir la protection vaccinale. Une mutation en position 197 de l’HA, affectant à la fois une cible du système immunitaire et la région de liaison au récepteur, est devenue particulièrement courante et a aussi supprimé une attache de sucre (« glycosylation ») pouvant modifier la façon dont la protéine est perçue par le système immunitaire.

Mélanges génétiques, réassortements et résistance aux médicaments

Au‑delà des mutations graduelles, l’étude a détecté des signes de remaniement génétique entre lignées virales. Un virus B/Victoria portait un gène interne issu de la branche B/Yamagata, preuve claire d’un réassortiment — un processus où deux virus co‑infectent une cellule et échangent des segments génomiques, pouvant générer de nouveaux variants. Les chercheurs ont aussi recherché des mutations associées à la résistance aux médicaments. Parmi les 109 virus, ils ont identifié un exemplaire portant une modification appelée H273Y dans la protéine NA, connue pour réduire la sensibilité aux antiviraux inhibant la neuraminidase tels que l’oseltamivir ; des tests en laboratoire ont confirmé une sensibilité réduite au médicament. D’autres gènes internes présentaient des mutations susceptibles d’influencer l’efficacité de la réplication virale ou l’évasion des réponses immunitaires précoces, bien que celles‑ci n’indiquent pas encore une résistance aux nouveaux antiviraux ciblant la machinerie polymérase.

Ce que cela implique pour les vaccins et la prévention

Dans l’ensemble, les virus de la grippe B circulant dans le Shandong entre 2015 et 2024 ressemblaient encore aux souches choisies pour les vaccins saisonniers, ce qui confirme l’intérêt de la vaccination annuelle. Pourtant, l’accumulation régulière de modifications dans des régions cibles du système immunitaire, la disparition d’une lignée majeure, les réassortiments occasionnels et l’apparition d’un virus résistant aux médicaments indiquent que la grippe B est loin d’être statique. Pour le grand public, le message est simple : la vaccination reste la meilleure protection, en particulier pour les enfants d’âge scolaire qui contribuent largement à la transmission. Pour les autorités sanitaires, l’étude souligne la nécessité d’une surveillance génétique continue des virus grippaux locaux, de mises à jour régulières de la composition vaccinale et d’un dépistage vigilant de la résistance antivirale afin que traitements et stratégies de prévention suivent le rythme d’un adversaire en constante évolution.

Citation: Wu, J., He, Y., Sun, L. et al. Genetic characterization and whole-genome sequencing-based genetic analysis of influenza B in Shandong Province during 2015–2024. Sci Rep 16, 5229 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-026-35291-1

Mots-clés: grippe B, surveillance génomique, dérive antigénique, résistance antivirale, efficacité vaccinale