Co-spéciation et changements d’hôte façonnent la diversité des picornavirus et des sapovirus chez les chauves-souris frugivores malgaches

Pourquoi les virus des chauves-souris nous concernent

Les chauves-souris ont une capacité surprenante à cohabiter avec des virus potentiellement dangereux pour d’autres animaux, y compris les humains. Comprendre comment ces virus évoluent et circulent entre hôtes est essentiel pour anticiper de futures menaces sanitaires. Cette étude explore un monde caché de virus intestinaux portés par des chauves-souris frugivores à Madagascar et montre comment des partenariats anciens entre chauves-souris et virus, associés à des sauts d’hôte occasionnels, ont créé un écosystème viral riche et très structuré.

Chauves-souris insulaires et leurs passagers invisibles

Madagascar est célèbre pour sa faune singulière, façonnée par des dizaines de millions d’années d’isolement vis-à-vis du continent africain. Ce même isolement a probablement influencé les virus présents chez ses animaux. Les chercheurs se sont concentrés sur trois espèces de chauves-souris frugivores endémiques de Madagascar et ont posé une question simple : quels virus intestinaux portent-elles, et comment ces virus se rattachent-ils à ceux déjà connus chez les chauves-souris africaines et d’autres animaux ? Ils ont ciblé deux familles virales, les picornavirus et les sapovirus, qui peuvent provoquer des maladies intestinales et hépatiques chez de nombreux mammifères, mais qui ont été beaucoup moins étudiées chez les chauves-souris que des groupes médiatisés comme les coronavirus.

Lire des génomes viraux à partir de crottes de chauves-souris

Sur plusieurs années, l’équipe a collecté plus de 800 échantillons fécaux et urinaires auprès de chauves-souris dans des grottes et des sites de repos autour de Madagascar. Plutôt que de rechercher un virus à la fois, ils ont utilisé un balayage métagénomique large de type ‘‘ADN’’ qui lit tout le matériel génétique présent dans un échantillon puis emploie des outils informatiques puissants pour identifier quelles séquences appartiennent à quels virus. À partir de cela, ils ont reconstruit 13 génomes viraux complets et 38 partiels. Ces séquences appartenaient à une gamme surprenamment large de types viraux, incluant plusieurs sortes de picornavirus — comme des hépatovirus et des kobuvirus — ainsi que des sapovirus, circulant discrètement dans les colonies de chauves-souris frugivores malgaches.

Arbres familiaux à travers les océans

Pour comprendre l’origine de ces virus, les scientifiques ont construit des « arbres familiaux » évolutifs en comparant les nouveaux génomes à des centaines de virus de référence du monde entier. À maintes reprises, ils ont constaté que les virus des chauves-souris malgaches étaient plus étroitement apparentés non pas à ceux des humains ou du bétail, mais à des virus trouvés chez des espèces de chauves-souris proches sur le continent africain. Par exemple, des virus provenant d’Eidolon et de Rousettus malgaches se regroupaient à côté de virus de leurs espèces sœurs africaines, Eidolon helvum et Rousettus aegyptiacus. Cela suggère que des lignées virales ont suivi les lignées de chauves-souris sur de longues périodes, un schéma connu sous le nom de co-spéciation, plutôt que de sauter constamment entre de nombreux hôtes différents.

Quand les virus changent de navire

L’histoire n’est toutefois pas celle d’une fidélité stricte. En comparant les arbres viraux et ceux des hôtes et en scrutant les génomes à la recherche de signes de mélange, l’équipe a détecté des empreintes de changements d’hôte et de recombinaison — des moments où un virus a colonisé une nouvelle espèce hôte ou a échangé des segments génétiques avec un virus apparenté. Ces événements étaient particulièrement visibles dans certaines régions du génome connues pour influencer la façon dont les virus interagissent avec le système immunitaire de l’hôte et les espèces qu’ils peuvent infecter. Fait intéressant, même si certaines espèces malgaches partagent les mêmes grottes et zones d’alimentation, les chercheurs ont trouvé peu de preuves que les mêmes souches virales circulent librement entre elles aujourd’hui. Au contraire, chaque espèce de chauves-souris tend à abriter son propre ensemble de virus, ce qui laisse entendre que la plupart des sauts inter-espèces se sont produits dans un passé plus lointain ou de l’autre côté du canal du Mozambique entre les chauves-souris africaines et malgaches.

Ce que cela signifie pour la santé humaine

Pour l’instant, les lignées virales mises au jour chez ces chauves-souris sont éloignées de celles connues pour infecter les humains. Elles semblent se spécialiser sur des hôtes chiropteres particuliers, façonnées par une co-évolution de longue date avec des sauts occasionnels. Cela ne signifie pas qu’elles ne présentent aucun risque : des populations à Madagascar et dans certaines régions d’Afrique chassent les chauves-souris pour se nourrir, et des événements de recombinaison peuvent parfois précéder l’émergence de nouveaux virus plus adaptables. Mais le message principal de ce travail est que la majeure partie de la diversification de ces virus de chauves-souris provient d’une histoire évolutive lente et partagée plutôt que d’un déversement constant et chaotique. Cartographier cette histoire cachée est une étape cruciale pour juger quels groupes viraux sont plus susceptibles de franchir la barrière humaine et lesquels se contentent de rester dans le microbiome insulaire unique des chauves-souris.

Citation: Kettenburg, G., Ranaivoson, H.C., Andrianiaina, A. et al. Co-speciation and host-switching drives diversity of picornaviruses and sapoviruses in Malagasy fruit bats. Sci Rep 16, 6583 (2026). https://doi.org/10.1038/s41598-025-34969-2

Mots-clés: virus de chauves-souris, Madagascar, évolution virale, changement d’hôte, risque zoonotique