Le paysage du microbiome intestinal chez des patientes récemment diagnostiquées avec un cancer du sein invasif et un carcinome canalaire in situ (CCIS)

Pourquoi les minuscules habitants de l’intestin comptent pour le cancer du sein

La plupart d’entre nous considèrent le cancer du sein comme une maladie limitée au sein, mais cette étude suggère que les milliards de microbes vivant dans nos intestins peuvent contenir des indices importants sur le comportement de la maladie. En examinant de près la composition bactérienne des échantillons de selles de femmes atteintes d’un cancer du sein précoce ou d’une affection précancéreuse appelée carcinome canalaire in situ (CCIS), les chercheurs ont cherché à savoir si certains profils microbiens étaient associés au stade ou au type de cancer. Si tel est le cas, les microbes intestinaux pourraient un jour aider les médecins à prédire le risque, à adapter les traitements ou même devenir des cibles pour de nouvelles thérapies.

Qui a été étudié et ce que l’équipe a mesuré

Les chercheurs ont analysé les selles de 278 femmes prises en charge dans des centres anticancer majeurs avant qu’elles ne subissent une chirurgie ou des traitements systémiques comme la chimiothérapie. Trente-six avaient un CCIS, une prolifération pré-invasive confinée aux canaux lactifères, et 242 avaient un cancer du sein invasif de stade I à III. L’équipe a utilisé le séquençage métagénomique du génome entier, une méthode haute résolution qui lit le matériel génétique de tous les microbes présents, ce qui leur a permis de répertorier les espèces bactériennes présentes et les voies métaboliques que ces microbes pouvaient réaliser. Ils ont ensuite comparé la diversité microbienne globale et la présence ou l’abondance d’espèces et de fonctions spécifiques selon les stades du cancer et les sous-types biologiques.

Comment le CCIS se compare au cancer du sein invasif

Une question clé était de savoir si l’environnement intestinal était déjà différent lorsqu’une femme a un CCIS par rapport au moment où la maladie a franchi la paroi du canal et est devenue invasive. De façon surprenante, le paysage microbien global était très similaire entre ces groupes. Les mesures standard de diversité — combien de types de microbes sont présents et à quel point ils sont représentés de manière équilibrée — ne différaient pas de façon significative. Les chercheurs n’ont pas non plus identifié d’espèces bactériennes individuelles ou de voies métaboliques qui séparaient clairement le CCIS de la maladie invasive. Dans les deux groupes, des habitants familiers du « bon intestin » tels que Faecalibacterium et diverses espèces de Bacteroides et Ruminococcus dominaient.

Liens entre microbes intestinaux, stade du cancer et type de tumeur

Lorsque l’équipe s’est concentrée uniquement sur les femmes présentant un cancer du sein invasif, des schémas plus subtils ont émergé. Ils ont observé que la structure communautaire globale des microbes intestinaux différait selon certaines caractéristiques tumorales. Les femmes porteuses d’un sous-type tumoral particulier, à la fois positif pour les récepteurs hormonaux et HER2 positif, présentaient un profil microbien intestinal distinct par rapport aux autres sous-types, même si les mesures de diversité de base restaient similaires. L’étude a également examiné l’âge, l’indice de masse corporelle et le stade du cancer. Bien que ces facteurs n’affectent pas fortement les mesures de diversité générales, ils étaient liés à l’abondance d’espèces spécifiques. Notamment, une bactérie, Bacteroides ovatus, était plus abondante chez les femmes atteintes d’un stade III que chez celles de stade I, ce qui laisse penser que certains microbes peuvent être associés à des cancers plus avancés.

Indices métaboliques cachés dans l’activité microbienne

Au-delà de la présence des microbes, les investigateurs se sont demandé ce que ces communautés pouvaient être en train de faire. En utilisant un outil appelé HUMAnN3, ils ont inféré les voies métaboliques microbiennes et les ont comparées entre les stades du cancer invasif. Ils ont constaté que les stades plus avancés, en particulier le stade III, étaient enrichis en voies impliquées dans la synthèse de certains acides aminés et de composés liés aux nucléotides. Il s’agit de blocs de construction pour les protéines et l’ADN dont ont besoin les cellules qui se divisent rapidement, y compris les cellules cancéreuses. Les auteurs proposent que, à mesure que les tumeurs croissent et modifient l’environnement interne de l’organisme, le microbiome intestinal puisse évoluer vers des communautés performantes dans la production de ces métabolites, contribuant potentiellement à la progression du cancer — même si les données actuelles ne permettent pas d’établir une relation de cause à effet.

Ce que cela signifie et les étapes suivantes

Cette étude suggère que, si le microbiome intestinal ne distingue pas nettement la maladie pré-invasive de la maladie invasive précoce du sein, il montre des différences plus nuancées liées au sous-type tumoral et au stade, ainsi que des changements dans les capacités métaboliques microbiennes. Ces résultats sont limités par le nombre modeste de cas de CCIS, l’absence d’échantillonnages répétés dans le temps et le manque d’informations sur des facteurs comme l’alimentation, les médicaments et l’utilisation de probiotiques, qui peuvent tous influencer les microbes intestinaux. Néanmoins, ce travail s’ajoute aux preuves croissantes que nos habitants intestinaux portent des signatures de la biologie du cancer. À l’avenir, des études plus vastes et de plus longue durée pourraient révéler si les profils microbiens intestinaux aident à prédire qui répondra le mieux à des traitements spécifiques ou présentera un risque plus élevé de récidive — et si la modification du microbiome pourrait devenir une composante de la prise en charge du cancer du sein.

Citation: Sammons, S.L., Kuntz, T.M., DiLullo, M. et al. The landscape of the intestinal microbiome among patients with newly diagnosed invasive breast cancer and ductal carcinoma in situ (DCIS). npj Breast Cancer 12, 54 (2026). https://doi.org/10.1038/s41523-026-00922-3

Mots-clés: microbiome intestinal, cancer du sein, carcinome canalaire in situ, Bacteroides ovatus, métabolisme du cancer