Le régime et les facteurs environnementaux façonnent conjointement le microbiome intestinal, le resistome et le virulome des chauves‑souris urbaines

Pourquoi les chauves‑souris citadines comptent pour la santé humaine

À mesure que les villes s’étendent, les humains vivent plus près que jamais de la faune. Parmi nos voisins les plus négligés figurent les chauves‑souris qui se reposent sous les ponts et dans les bâtiments. Ces animaux parcourent chaque nuit les cieux urbains et ruraux, mangeant des insectes qui peuvent porter des traces de produits agricoles et d’antibiotiques. Cette étude pose une question d’actualité : comment la vie en ville et le régime alimentaire façonnent‑ils les microbes intestinaux des chauves‑souris — et les gènes qui peuvent rendre les bactéries résistantes aux médicaments ou plus virulentes — et quelles en sont les implications pour la santé publique ?

Ce que les scientifiques ont cherché à explorer

Des chercheurs du nord‑est de la Chine se sont intéressés à la pipistrelle asiatique tachetée, une espèce qui vit souvent en grandes colonies de maternité sur des structures urbaines. Ils ont collecté des échantillons fécaux de 60 chauves‑souris pendant la grossesse, la mise bas et la lactation, ainsi que dans des colonies rurales voisines et chez des subadultes. Plutôt que de rechercher des microbes isolés, ils ont utilisé des approches « méta‑omiques » — lisant tout l’ADN des échantillons — pour cartographier simultanément trois éléments : le microbiome intestinal (toutes les bactéries présentes), le « resistome » (les gènes de résistance aux antibiotiques) et le « virulome » (les gènes pouvant accroître la capacité des bactéries à provoquer des maladies). Ils ont aussi analysé le régime des chauves‑souris grâce à l’ADN d’insectes et mesuré des dizaines de résidus d’antibiotiques dans les fèces.

Ce qui vit dans l’intestin d’une chauves‑souris

L’équipe a constaté que les intestins de ces chauves‑souris urbaines regorgent de bactéries diversifiées ainsi que de nombreux gènes de résistance et de virulence, à des niveaux comparables à ceux observés dans des environnements pollués comme les eaux usées ou le fumier d’élevage. La plupart des bactéries intestinales appartenaient à quelques grands groupes, avec des genres tels que Clostridium, Klebsiella, Enterobacter, Lactococcus et Escherichia particulièrement fréquents. Les gènes de résistance couvraient un large éventail de classes d’antibiotiques, incluant la résistance aux poly‑médicaments et aux quinolones, tandis que les gènes de virulence étaient associés à des traits tels que l’adhésion aux tissus hôtes, la motilité et l’évasion du système immunitaire. Pourtant, lorsque les chercheurs ont examiné la localisation de ces gènes dans les génomes bactériens, la plupart se trouvaient sur les chromosomes ou sur des plasmides non mobiles et étaient rarement associés à des éléments génétiques mobiles, ce qui suggère que leur capacité à sauter entre bactéries est limitée.

La vie citadine, le lieu et le temps façonnent ce réservoir génétique caché

L’étude a ensuite comparé des chauves‑souris de deux sites ruraux avec celles de la ville. La géographie s’est avérée importante : les trois sites différaient nettement tant dans les communautés bactériennes que dans les profils de gènes de résistance et de virulence. Un site rural présentait en réalité la collection la plus riche de tels gènes, laissant penser que la pollution locale ou les pratiques agricoles y sont peut‑être plus intenses qu’à la ville voisine. Au cours de la saison de reproduction — de la fin de la grossesse au sevrage — la communauté intestinale des chauves‑souris a aussi évolué. Tant les gènes de résistance que de virulence ont généralement augmenté avec le temps, suivant les changements dans des groupes bactériens clés, en particulier Clostridium. Des analyses statistiques ont indiqué que ces schémas n’étaient pas aléatoires mais entraînés par des pressions environnementales constantes, plutôt que par un simple brassage fortuit.

Régime alimentaire et antibiotiques : des moteurs discrets

Parce que ces chauves‑souris sont de voraces insectivores, les chercheurs ont examiné comment l’alimentation et les résidus médicamenteux s’entrecroisent avec le réservoir génétique intestinal. Le barcoding de l’ADN a révélé que les chauves‑souris consommaient des insectes d’au moins 16 ordres, dominés par les mouches et les papillons de nuit. Le régime est devenu plus varié de la grossesse à la lactation, reflétant vraisemblablement des besoins énergétiques accrus et des changements saisonniers de la disponibilité des insectes. Les analyses chimiques ont montré que les fèces contenaient plusieurs classes d’antibiotiques, en particulier des sulfamides, des quinolones et des macrolides, avec des niveaux plus élevés chez les chauves‑souris urbaines que chez la plupart des rurales. La composition du régime correspondait fortement aux profils d’antibiotiques, suggérant que ce que mangent les chauves‑souris les expose à des résidus médicamenteux. En retour, des antibiotiques spécifiques corrélaient avec la présence et l’abondance de gènes de résistance correspondants — par exemple, les concentrations d’aminoglycosides augmentaient de concert avec les gènes de résistance aux aminoglycosides — indiquant que l’exposition aux antibiotiques par l’alimentation sélectionne des bactéries résistantes dans l’intestin.

Ce qui semble moins important

L’équipe a aussi étudié si des traits individuels des chauves‑souris — comme le sexe, l’âge, la taille corporelle ou le statut reproducteur — modifiaient le microbiome intestinal ou le contenu en gènes de résistance et de virulence. Dans leur ensemble, ces caractéristiques hôtes ont eu peu d’effet. Les subadultes, tout juste sevrés et commençant à se nourrir seuls, portaient déjà des profils de gènes de résistance et de virulence similaires à ceux des adultes. Les auteurs suggèrent que les dortoirs partagés, les larges déplacements nocturnes et l’exposition commune aux mêmes proies insectes et aux polluants environnementaux peuvent écraser les différences subtiles entre individus.

Ce que cela signifie pour les humains et les écosystèmes

Pour un lecteur non spécialiste, la conclusion principale est que les chauves‑souris vivant en ville ne sont pas seulement des régulateurs d’insectes : leurs intestins reflètent les pressions chimiques et microbiennes des environnements qu’elles fréquentent. Le régime et l’habitat, plus que la biologie propre des chauves‑souris, déterminent quels microbes et quels gènes de résistance ou de virulence prospèrent en elles. Bien que les gènes qu’elles portent semblent avoir une capacité limitée à se transférer entre bactéries, les résultats soulignent néanmoins le rôle des chauves‑souris comme sentinelles du transfert d’antibiotiques et de polluants provenant des fermes, des villes et des cours d’eau vers la faune. Surveiller ces animaux nous aide à comprendre comment notre usage d’antibiotiques et d’autres produits chimiques résonne dans les écosystèmes urbains — et peut, en fin de compte, revenir impacter la santé humaine.

Citation: Huang, L., Pu, YT., Zhao, YH. et al. Diet and environmental factors jointly drive the gut microbiome, resistome, and virulome of urban bats. npj Biofilms Microbiomes 12, 61 (2026). https://doi.org/10.1038/s41522-026-00930-y

Mots-clés: chauves‑souris urbaines, microbiome intestinal, gènes de résistance aux antibiotiques, pollution environnementale, santé unique de la faune