Attentes en grappes : démêler les facteurs environnementaux de l’établissement du microbiome dans les écosystèmes viticoles

Pourquoi les microbes comptent pour votre verre de vin

Les amateurs de vin parlent souvent de « terroir » – la manière dont le sol, le climat et le paysage d’un lieu confèrent leur caractère aux vins. Cette étude ajoute un acteur caché mais puissant à cette histoire : les communautés microscopiques de champignons et de bactéries qui vivent dans les sols des vignobles, sur l’écorce des ceps, les feuilles et la peau des raisins. En suivant ces microbes dans des vignobles suisses sur plusieurs années, et en les reliant à la chimie, aux arômes et au goût, les chercheurs montrent que de tout petits organismes aident à expliquer pourquoi des vins issus de parcelles proches peuvent néanmoins conserver une identité propre.

Petite région, grandes différences

L’équipe s’est concentrée sur 12 vignobles de Chasselas regroupés sur seulement 2,5 kilomètres dans la région du Lavaux, surplombant le lac Léman. Parce que toutes les vignes partageaient le même cépage, le même porte-greffe et un style de culture général comparable, les différences résiduelles provenaient principalement du climat et de la topographie de chaque site – des éléments tels que la pente, l’altitude et l’exposition au soleil. Sur trois ans, ils ont enregistré la température et l’humidité, analysé la chimie des sols et des raisins, séquencé l’ADN microbien des sols, de l’écorce, des feuilles, des baies et du moût en fermentation, et ont même soumis de petites cuvées à des analyses chimiques et sensorielles avancées.

Quartiers microbiens distincts sur la vigne

La vigne s’est révélée être un patchwork d’habitats microbiens. Le sol et l’écorce hébergeaient des communautés riches et relativement stables qui différaient fortement d’un vignoble à l’autre mais changeaient peu d’une année sur l’autre. Les feuilles et les baies étaient plus capricieuses, leurs champignons variant sensiblement selon les saisons et les millésimes. Parmi tous les types d’échantillons, les champignons vivant sur la peau des raisins affichaient la signature la plus spécifique au site : même entre des parcelles séparées par une courte distance, l’association d’espèces fongiques était suffisamment distincte pour qu’un modèle d’apprentissage automatique puisse souvent prédire de quelle parcelle provenait un échantillon. À plus grande échelle, des baies provenant d’une autre région viticole suisse présentaient des communautés fongiques encore plus divergentes, confirmant que la localisation laisse une empreinte microbienne forte et cohérente.

Climat, pentes et émergence des levures clés du vin

Qu’est-ce qui pousse ces différences sur la peau des raisins ? L’étude met en évidence un partenariat entre le climat et le paysage. De légers changements d’humidité relative et de température, associés à des caractéristiques telles que l’altitude et la pente, ont orienté les communautés fongiques dans des directions différentes. L’humidité relative s’est avérée particulièrement importante : les parcelles plus humides favorisaient certaines familles de levures, dont Hanseniaspora, tandis que les parcelles plus fraîches ou plus sèches tendaient à favoriser Saccharomyces, la levure classique du vin. Ces levures n’apparaissaient pas ou ne disparaissaient pas simplement – leurs abondances suivaient la chimie du raisin, Hanseniaspora étant liée à des niveaux de sucre plus élevés et à une humidité plus importante, et Saccharomyces davantage associée aux acides organiques. En intégrant les données microbiennes dans des modèles prédictifs, les chercheurs ont pu estimer étonnamment bien l’humidité et la température typiques d’un vignoble, simplement à partir des champignons présents.

D’un monde microbien invisible aux arômes et saveurs

L’équipe a ensuite suivi l’histoire en cave. Les raisins de chaque parcelle ont été fermentés dans des conditions contrôlées et analysés avec des outils métabolomiques de pointe détectant des centaines de molécules liées aux arômes et aux saveurs. Les vins ont également été évalués par des dégustateurs entraînés pour des attributs tels que des notes d’agrumes, de fruits exotiques, la douceur et l’équilibre général. Les différences météorologiques d’une année sur l’autre ont émergé clairement dans les profils chimiques et sensoriels : 2021, plus frais et plus humide, a produit des vins différents des millésimes plus chauds et plus secs de 2022 et 2023. Certains microbes s’alignaient étroitement sur des composés aromatiques particuliers. Les espèces de Hanseniaspora étaient fortement associées à des volatils floraux et fruités et à des vins décrits comme ayant un caractère de fruits exotiques et un bon équilibre, tandis que Saccharomyces corrélait avec des acides d’origine végétale spécifiques pouvant favoriser la levure par rapport aux bactéries. Certains champignons liés aux maladies des plantes, en revanche, étaient associés à des arômes oxydatifs et moins intenses dans les vins finis.

Ce que cela signifie pour le vin et au-delà

Pour les non-spécialistes, la conclusion de l’étude est simple : les microbes sont une composante cruciale et dynamique du terroir. Même entre des vignobles voisins cultivant le même cépage, des différences subtiles de pente, d’humidité et de température favorisent des communautés microbiennes uniques sur la peau des raisins. Ces microbes interagissent ensuite avec la chimie du raisin et la fermentation pour façonner l’odeur et le goût du vin d’une année à l’autre. Plutôt que d’être un cachet régional fixe, le terroir microbien est mieux vu comme une expression vivante et changeante du lieu et de la saison. Comprendre cette couche cachée pourrait aider les viticulteurs à s’adapter aux variations climatiques, à affiner les pratiques de vignoble et à préserver le caractère distinctif de leurs vins – et les mêmes principes s’appliquent probablement à de nombreux autres aliments façonnés par la fermentation et les partenariats plante–microbe.

Citation: Flörl, L., Schönenberger, P., Rienth, M. et al. Grape expectations: disentangling environmental drivers of microbiome establishment in winegrowing ecosystems. npj Biofilms Microbiomes 12, 49 (2026). https://doi.org/10.1038/s41522-026-00915-x

Mots-clés: microbiome du vin, terroir, champignons de la vigne, levures et arôme, climat viticole