El genoma T2T del cerdo Neijiang revela la historia de la domesticación y rasgos de germoplasma de razas locales del suroeste de China

Por qué importa el genoma de un cerdo para las personas

Los cerdos no solo son una fuente importante de carne; también son modelos clave para entender la genética, la evolución e incluso las enfermedades humanas. Este estudio proporciona el primer genoma casi sin huecos, "de telómero a telómero" (T2T) del cerdo Neijiang, una raza tradicional del suroeste de China. Al leer este genoma de extremo a extremo, los investigadores pueden rastrear cómo estos animales fueron moldeados por la historia, el entorno y la cría, y aprovechar ese conocimiento para proteger cerdos locales raros mientras mejoran las futuras piaras.

Un mapa detallado de un cerdo tradicional chino

El cerdo Neijiang se ha criado en la provincia de Sichuan durante unos 1.800 años y se valora por su alta fertilidad, resistencia y su distintiva forma de cabeza. Sin embargo, como muchas razas tradicionales, ha sido eclipsado por cerdos comerciales modernos, lo que pone en riesgo su diversidad genética. Los genomas de referencia anteriores para cerdos se basaban en razas europeas y difieren alrededor de un 7% respecto a los cerdos asiáticos, lo que limita su utilidad para estudiar los animales locales de China. En este trabajo, los científicos combinaron métodos avanzados de secuenciación de ADN para construir una referencia altamente precisa específicamente para el cerdo Neijiang, llamada NJP-T2T.

Construir un genoma de extremo a extremo

Para ensamblar NJP-T2T, el equipo usó lecturas largas pero precisas de la secuenciación PacBio HiFi, lecturas ultralargas de Oxford Nanopore y mapas de contacto 3D del genoma mediante la tecnología Hi-C. Primero crearon largos tramos continuos de secuencia de ADN y luego usaron datos de contacto cromosómico para ordenarlos en 19 cromosomas (18 autosomas más el cromosoma X). Las lecturas de Nanopore se emplearon después para cerrar casi todas las brechas restantes, dejando solo una pequeña laguna de 500 bases en un cromosoma. El genoma final, de aproximadamente 2,55 mil millones de letras de ADN, presenta una excelente precisión y completitud, superando al genoma de referencia estándar cuando se alinea con datos de razas de cerdos chinas y extranjeras.

Regiones ocultas y familias génicas especiales

Una ventaja de un genoma T2T es que revela regiones que antes faltaban o estaban mal ensambladas, incluidas las secuencias altamente repetitivas que se encuentran en los centros (centrómeros) y extremos (telómeros) de los cromosomas. En los cerdos Neijiang, los investigadores cartografiaron centrómeros en todos los cromosomas rastreando patrones como baja densidad génica, repeticiones densas y secuencias de ADN satélite características, y confirmaron las estructuras teloméricas en cada extremo cromosómico. También identificaron más de mil genes en regiones que los genomas anteriores habían dejado sin resolver. Al comparar Neijiang con otras razas porcinas, el estudio encontró 75 familias génicas y más de 300 genes exclusivos de esta raza, muchos implicados en la percepción del entorno, la inmunidad, el metabolismo y el envejecimiento: rasgos que probablemente respaldan su rusticidad y capacidad de adaptación.

De la historia poblacional a la fertilidad y la forma de la cabeza

Con este genoma detallado, el equipo examinó una piara de conservación de cerdos Neijiang. Encontraron una diversidad genética moderada y, en general, bajo nivel de endogamia, aunque algunos individuos mostraron señales de endogamia pasada, lo que subraya la necesidad de una gestión cuidadosa. Mediante estudios de asociación genómica amplia, relacionaron sitios de ADN específicos con el tamaño de camada y el número de lechones nacidos vivos, identificando genes implicados en el desarrollo embrionario temprano como objetivos prometedores para la cría selectiva. También estudiaron una de las rasgos más llamativos de la raza: las formas contrastantes de la cabeza, que van desde un tipo «cabeza de león» corta y arrugada hasta una forma más larga y lisa. Al comparar cerdos con tipos de cabeza extremos, detectaron fuertes señales de selección cerca de clústeres de genes de receptores olfativos: genes que ayudan al cerdo a oler. Varios de estos genes olfativos están más activos en cerdos con hocicos más largos, lo que sugiere que cambios en las prácticas locales de alimentación y una mayor dependencia del olfato podrían haber impulsado la evolución de la forma del cráneo.

Qué supone esto para los cerdos y las personas

Para el público general, la conclusión es que NJP-T2T equivale a un mapa de ultra alta resolución de una raza porcina regional y rara. Muestra cómo siglos de agricultura y entorno han esculpido el cuerpo y el comportamiento del Neijiang y revela palancas genéticas que influyen en la fertilidad, la resiliencia e incluso la forma del cráneo. Este mapa ayudará a conservar una raza china de importancia cultural, orientará una cría porcina más precisa y sostenible, y añadirá a una biblioteca creciente de genomas animales completos que profundizan nuestra comprensión de la domesticación y la adaptación.

Cita: Chen, D., Cui, S., Zhao, Z. et al. The Neijiang pig T2T genome reveals domestication history and germplasm traits of Southwest Chinese local breeds. Commun Biol 9, 278 (2026). https://doi.org/10.1038/s42003-026-09557-3

Palabras clave: cerdo Neijiang, ensamblaje genómico, domesticación, rasgos reproductivos, morfología de la cabeza